1. Aceh dinyatakan sebagai Daerah Operasi Milter

Operasi militer Indonesia di Aceh 1990-1998 atau juga disebut Operasi Jaring Merah adalah operasi kontra-pemberontakan yang diluncurkan pada awal 1990-an sampai 22 Agustus 1998 melawan gerakan separatis Gerakan Aceh Merdeka (GAM) di Aceh. Selama periode tersebut, Aceh dinyatakan sebagai "Daerah Operasi Militer" (DOM), dimana Tentara Nasional Indonesia diduga melakukan pelanggaran hak asasi manusia dalam skala besar dan sistematis terhadap pejuang GAM maupun rakyat sipil Aceh. Operasi ini ditandai sebagai perang paling kotor di Indonesia yang melibatkan eksekusi sewenang-wenang, penculikan, penyiksaan dan penghilangan, dan pembakaran desa.

2. Pembredelan Media Cetak

Tanggal 21 Juni 1994, beberapa media massa seperti Tempo, deTIK, dan editor dicabut surat izin penerbitannya setelah mereka mengeluarkan laporan investigasi tentang berbagai masalah penyelewengan oleh pejabat-pejabat Negara. Pembredelan itu diumumkan langsung oleh Harmoko selaku menteri penerangan pada saat itu. Meskipun pada saat itu pers benar-benar diawasi secara ketat oleh pemerintah, namun ternyata banyak media massa yang menentang politik serta kebijakan-kebijakan pemerintah.

3. Matinya Film Nasional

Di periode ini perfilman Indonesia bisa dikatakan mengalami mati suri dan hanya mampu memproduksi 2-3 film tiap tahun. Selain itu film-film Indonesia didominasi oleh film-film bertema seks yang meresahkan masyarakat. Kematian industri film ini juga ditunjang pesatnya perkembangan televisi swasta.

4. Kecelakaan Pesawat Garuda Indonesia & Silk Air

Dalam sejarah penerbangan nasional, musibah kecelakaan pesawat terbang terparah terjadi di tahun 1997 dengan korban di Penerbangan GA 152 berjumlah 222 orang dan 12 awak serta Penerbangan 185 menewaskan 97 penumpang dan 7 awak kabin.

5. Kaburnya "Legenda Buronan Indonesia"

Edy Tansil adalah seorang pengusaha keturunan yang memiliki nama asli Tan Tjoe Hong/Tan Tju Fuan yang menjadi narapidana dan harus mendekam selama 20 tahun di penjara Cipinang atas kasus kredit macet Bank Bapindo yang merugikan negara senilai 565 juta dollar (1.5 T rupiah dengan kurs dollar saat itu). Edy Tansil dilaporkan kabur dari penjara pada tanggal 4 Mei 1996 dan sejak itu keberadaan dari Edy Tansil seperti raib ditelan bumi.

6. Kekalahan Timnas Sepakbola di Sea Games 1997

Pada Sea Games Jakarta 1997 di depan 100.000 suporter merah putih, timnas kita kalah secarat tragis melalui drama adu penalti. Padahal dibabak penyisihan sampai semifinal, timnas yang motori trio Fachry Husaini, Bima Sakti dan Ansyari Lubis ini bermain bagusdengan mengalahkan Malaysia 4-0 Laos 5-2 dan Singapura 2-1.

7. Krisis Moneter 1997

Pada Juni 1997, Indonesia terlihat jauh dari krisis. Rupiah mulai terserang kuat di Agustus. Pada 14 Agustus 1997, pertukaran mengambang teratur ditukar dengan pertukaran mengambang-bebas. Rupiah jatuh lebih dalam. IMF datang dengan paket bantuan 23 miliar dolar, tapi rupiah jatuh lebih dalam lagi karena ketakutan dari hutang perusahaan, penjualan rupiah, permintaan dolar yang kuat. Rupiah dan Bursa Saham Jakarta menyentuh titik terendah pada bulan September. Inflasi rupiah dan peningkatan besar harga bahan makanan menimbulkan kekacauan di negara ini. Pada Februari 1998, Presiden Suharto memecat Gubernur Bank Indonesia, tapi ini tidak cukup. Suharto dipaksa mundur pada pertengahan 1998 dan B.J. Habibie menjadi presiden. mulai dari sini krisis moneter indonesia memuncak.

8. Lepasnya Provinsi Timor Timur

Timor Timur merupakan sebuah wilayah bekas koloni Portugis yang dianeksasi oleh militer Indonesia menjadi sebuah provinsi yang pernah menjadi bagian Indonesia antara 17 Juli 1976 sampai 19 Oktober 1999. Pada tanggal 9 Juni 1998, Presiden B.J Habibie mengeluarkan kebijakan berupa pemberian status khusus dengan otonomi luas. Akan tetapi pada tanggal 27 Januari 1999 Menteri Luar Negeri Ali Alatas mengumumkan keputusan dalam Sidang Kabinet Paripurna bidang Politik dan Keamanan mengenai pemberian “Opsi II” yang berhubungan dengan pemberian tanggapan atas otonomi luas apabila pemberian status khusus itu ditolak oleh mayoritas masyarakat Timor Timur maka jalan yang akan diambil selanjutnya adalah Pemerintah Republik Indonesia akan mengusulkan kepada Sidang Umum MPR hasil Pemilu yang baru terpilih agar Timor Timur dapat berpisah dari Negara Kesatuan Republik Indonesia secara baik-baik, damai, terhormat, tertib, dan konstitusional. Lepasnya Timor-timur dari Indonesia tidak lepas dari dukungan politik Australia.

9. Kerusuhan Etnis di Ambon

Konflik dan pertikaian yang melanda masyarakat Ambon sejak Januari 1999 telah berkembang menjadi aksi kekerasan brutal yang merenggut ribuan jiwa dan menghancurkan semua tatanan kehidupan bermasyarakat. Kerusuhan Ambon (Maluku) yang semula menurut pemahaman kalangan masyarakat awam sebagai sebuah tragedi kemanusiaan yang disebabkan oleh suatu tindak/peristiwa kriminal biasa, ternyata berdasarkan fakta-fakta yang ditemukan di lapangan adalah merupakan sebuah rekayasa yang direncanakan oleh orang atau kelompok tertentu demi kepentingannya dengan mempergunakan isu SARA dan beberapa faktor internal didaerah (seperti kesenjangan ekonomi, diskriminasi dibidang pemerintahan dll) untuk melanggengkan skenario yang ditetapkan.

10. Kerusuhan Mei 1998

Kerusuhan Mei 1998 adalah kerusuhan yang terjadi pada 13 Mei-15 Mei 1998. Kerusuhan ini diawali oleh krisis finansial Asia dan dipicu oleh tragedi Trisakti di mana empat mahasiswa Universitas Trisakti ditembak dan terbunuh dalam demonstrasi 12 Mei 1998. Pada kerusuhan ini banyak toko dan perusahaan dihancurkan oleh amuk massa—terutama milik warga Indonesia keturunan Tionghoa. Konsentrasi kerusuhan terbesar terjadi di Jakarta, Bandung, dan Surakarta. Terdapat ratusan wanita keturunan Tionghoa yang dirudapaksa dan mengalami pelecehan seksual dalam kerusuhan tersebut.