Amien Rais menikah dengan Kusnasriyati Sri Rahayu. Dari pernikahannya, Amien dikaruniai lima orang anak, yaitu Ahmad Hanafi Rais, Hanum Salsabiela Rais, Ahmad Mumtaz Rais, Tasnim Fauzia, dan Ahmad Baihaqi. Tanggal 8 Oktober 2011 Putra Amien Rais, Ahmad Mumtaz Rais menikah dengan Futri Zulya Safitri