Cerita dimulai ketika seekor monster rubah ekor sembilan atau disebut Kyuubi menyerang Konoha, sebuah desa shinobi yang terletak di negara Api. Kekacauan terjadi di desa Konoha dan korban banyak berjatuhan. Akhirnya ada seseorang yang berhasil melenyapkan Kyuubi dengan menyegel sebagian chakra Kyuubi itu ke tubuhnya sendiri dan sisanya disegel ke tubuh Naruto, orang yang berhasil menyegel monster rubah ekor sembilan itu dikenal sebagai Yondaime Hokage, Hokage ke-4 atau Minato Namikaze yang tidak lain adalah ayah dari Naruto. Penyegelan itu menggunakan jurus Dewa Kematian sehingga risikonya adalah kematian Hokage ke-4 sendiri.

Hakke no Fūin Shiki, segel Kyuubi di perut Naruto.

Dua belas tahun kemudian, diceritakan seorang anak bernama Naruto Uzumaki yang sering membuat onar di desa Konoha. Naruto melakukan hal itu karena menginginkan perhatian dari penduduk desa yang menjauhinya karena rubah di tubuhnya atau disebut sebagai wadah monster berekor atau Jinchuuriki. Naruto tidak mengetahui hal itu, karena Hokage ke-3 melarang penduduk desa Konoha menceritakan serangan Kyuubi tersebut.

Naruto kemudian ditipu oleh Mizuki, seorang pengkhianat Konoha untuk mencuri gulungan rahasia peninggalan Tobirama Senju (Hokage ke-2), Naruto yang polos melakukan hal tersebut dan berhasil mencuri serta mempelajari jurus seribu bayangan. Setelah tahu bahwa dia dimanfaatkan, Naruto menolak memberikan gulungan tersebut. Lalu, Mizuki menceritakan serangan Kyuubi yang telah menghancurkan Konoha dan menimbulkan banyak korban berjatuhan, termasuk orang tua Iruka. Iruka adalah guru Naruto di akademi yang mana merupakan orang yang pertama kali mengakui keberadaan Naruto, karena dulu Iruka pernah mengalami hal yang sama yaitu hidup tanpa orang tua, dan selalu diselimuti kesendirian. Kemudian Iruka menolong Naruto, namun Iruka terluka parah karena terkena shuriken Mizuki. Naruto yang marah melihat hal itu, sehingga mampu mempraktikkan jurus seribu bayangan yang telah ia pelajari dari gulungan tersebut. Mizuki yang kalah jumlah hingga babak belur karena pukulan bayangan Naruto. Setelah pertarungan tersebut, Iruka memberikan ikat kepalanya kepada Naruto sebagai pengakuan bahwa Naruto pantas menjadi seorang ninja, sehingga Naruto sah menjadi Genin. Sebelumnya, Naruto tidak diizinkan menjadi seorang ninja, bahkan lebih buruknya lagi, Naruto pernah dilarang bersekolah di akademi.

Kehidupan Naruto sebagai Genin pun dimulai dengan terbentuknya Tim 7 yang beranggotakan Naruto, Sasuke Uchiha dan Sakura Haruno, dengan Kakashi Hatake sebagai guru mereka. Saat menjalankan tes dengan Kakashi, Naruto, Sasuke dan Sakura nyaris tidak lulus. Karena melihat kekompakan tim antara Naruto dan Sasuke maka Kakashi pun meluluskan mereka, dengan alasan yang pernah dikatakan temannya yaitu Obito dari klan Uchiha, "Orang yang tidak taat pada peraturan adalah sampah tetapi orang yang membiarkan temannya menderita lebih hina daripada sampah!" Misi Naruto dan kawan-kawan dimulai, yaitu melindungi Tazuna dan arsitek lainnya selama pembangunan jembatan di negeri Air berlangsung. Naruto, Sakura, Sasuke dan Kakashi berhadapan dengan dua ninja kuat pelarian dari negeri kabut yaitu Haku dan Zabuza yang dikirim oleh seorang gangster kaya raya untuk menghentikan pembangunan jembatan oleh penduduk negeri Air yang miskin. Pertarungan sengit terjadi, Haku hendak menyerang Naruto tetapi malah terkena Sasuke yang melindungi Naruto. Mengira Sasuke tewas, Naruto marah serta segel chakra Kyuubi terbuka, sehingga chakra merah pun keluar membuat Haku kewalahan. Kakashi yang hendak menghabisi Zabuza dengan jurus Raikiri mengenai Haku yang melindungi Zabuza. Karena terharu atas pengorbanan Haku dan merasa dikhianati oleh pihak gangster yang malah mencoba membunuhnya, Zabuza pun mengamuk dan membunuh ketua gangster dengan kunai kecil di mulutnya. Akhir pertarungan Zabuza tewas di samping Haku. Penduduk negeri Air pun menamai jembatan baru itu dengan nama jembatan Naruto sebagai tanda terima kasih dan penghargaan kepada Naruto yang telah membangkitkan semangat penduduk negeri Air.