Menurut Putri (2017) mikroorganisme merupakan ilmu yang dapat mengetahui bagaimana organisme terkecil itu hidup dengan sedemikian kecil hanya dengan melihatnya dengan menggunakan mikroskop. Kelompok mikro digolongkan menjadi 5 kelompok mikro organisme, 5 kelompok mikro organisme itu ialah protozoa, bakteria, jamur ( cendawan), alga, serta virus. Karenanya mikroorganisme berdekatan daur hidupnya dengan bakteriologi, virology, mikologi, dan parasitology.
Menurut Lestari (2018) makanan yang berfermentasi merupakan makanan yang pertumbuhannya dibantu oleh mikroba maupun enzim yang telah mengalami banyak perubahan secara kimiawi yang dapat memberikan ciri khusus pada suatu makanan tersebut. Tahap fermentasi yang lebih akurat dibanding dengan pengawetan lainnya yang menggunakan metode energi yang sangat rendah. Ada beberapa manfaat fermentasi atau mikroba pangan bagi makanan yaitu akan menjadikan makanantersebut lebih bergizi dilihat dari fermentasi yang dihasilkanya, lalu akan mudah dicerna, lebih aman, dan dapat memberikan flavor yang lebih baik.
Menurut penelitian Nurjanah (2006) dalam BPOM pangan merupakan hal yang sangat penting bagi kelangsungan hidup manusia, dimana persediaan pangan yang menyangkut jumlah dan keamanan dari pangan tersebut. Pada dasarnya mikroba pada makanan mendukung dengan adanya nutrisi yang terkandung dalam makanan tersebut. Beberapa mikroba patogen juga bersifat motil dimana mampu hidup pada celah dan dapat berkembang biak dengan baik. Peran mikroba pada manusia ada yang menguntungkan da nada juga merugikan. Misalnya mikroba berperan  dalam proses penyusunan dan pengolahan bahan senyawa organik dalam halnya makanan dengan itu menghasilkan bermacam produk yang berguna bagi manusia. Ada beberapa produk dengan olahan yang menggunakan peran mikroba sebagai bahan yang berbiomasa dalam pembuatan bahan baku.
Dan tak banyak juga mikroba yang merugikan manusia seperti pembusukan dan mengkontaminasi makanan sehingga banyak menyebabkan kerugian pada produksi pangan yang dikelola.
Tak hanya itu mikroba yang berukuran kecil ini juga memiliki banyak kegunaan dengan daur hidupnya yang beratio dengan luas permukaan yang volume yang tinggi, dan memiliki daya reproduksi yang sangat cepat dibandingkan dengan organisme lainnya, mikroba juga dapat menghasilkan senyawa toksik bagi lingkungan sekitar dan mikroba juga dapat dengan mudah berkembangbiak di ruang laboratorium dengan substrat yang simple.
Mikroorganisme berperan dalam permentasian bahan baku makanan dan minuman yang mampu meningkatkan nilai gizi pada makanan tersebut seperti kedelai menjadi tempe yang memiliki nilai gizi yang sangat tinggi dan mudah untuk dibuat. Lalu ada juga susu yang bisa di buat menjadi yoghurt, dengan sumper energy dan protein dengan mengkonsumsi jamur seperti jamur hitam, jamur merang dsb.
Lalu ada juga proses dimana mikroorganisme ini dirombak dengan senyawa organik yang dinamakan dengan proses fermentasi dimana senyawa yang dalam kondisi aerob menghasilkan produk dengan konsentrasi asam organik yang tinggi sepertik alcohol dan gas.
Menurut penelitian  Yulistiani (2013) Dari jenis dan proses fermentasi yang didasari dari sumber mikroorganisme dalam proses fermentasi terdapat tiga cara yang dilakukan yaitu fermentasi dengan melakukan fermentasi yang alami dan spontan dengan kata lain, makanan yang diolah dalam proses fermentasi biasanya dengan metode tanpa pemanasan dengan contoh singkong yang difermentasikan dengan proses gatot dan susu kerbau untuk pembuatan dadih. Bahan yang digunakan akan mengandung mikroba yang di dapatkan dari proses fermentasi. Dimana keadaan yang diatur dengan pertumbuhan mikrobia yang diinginkan akan  mengalami pertumbuhan yang lambar mikrobia dalam berasosiasi. Yang kedua ada proses fermentasi dengan menggunakan metode starter dimana metode ini menyesuaikan dengan kondisi pertumbuhan mikroorganisme yang digunakannya. Ada beberapa sampel fermentasi dari metode ini yaitu pembuatan yoghurt. Lalu yang ketiga ada proses fermentasi terkendali dalam artinya makanan yang akan digunakan dalam metode ini melewati tahap- tahap tertentu seperti hal nya dengan proses pemanasan, lalu diinokulasi dengan bahan yang murni dengan konsentrasi kira-kira 10^(6 )sel per mililiternya.
Menurut penelitian Faridah (2019) mikroorganisme dapat berinteraksi dengan sesame mikroorganisme yang lainya, dengan dampak yang bermacam macam yang menguntungkan dan merugikan. Tetapi kebanyaan mikroorganisme ini banyak dimanfaatkan pada dunia bioteknologi. Dalam xiao at.al (2010)  Mikroorganisme ini juga dikelola menjadi makanan yang bisa diambil dari sekelompok bakteri dan jamur. Bakteri yang biasanya digunakan adalah spesies Actinobacteriaceae seprti Bifidobacterium thermophilum.
Menurut penelitian Faridah (2019) dalam prajapati et.al fermentasi juga dikenal dengan salah satu pengawetan makanan yang sudah lama digunakan di dunia ini. Dengan pengawetan yang menggunakan bahan makanan mentah yang telah digunakan pada zaman Neolitik sekita 1000 tahun sebelum M.
Menurut penelitian Faridah (2019) dalam Ross et.al pengawetan makanan dengan fermentasi terjadi ketika pembentukan metabolit penghambat seperti etanol, asam organic ( asam laktat, asam asetat, asam format, dan asam propionat) dan bakteriosin.
Jika di tinjau dengan segi kesehatanya, produk fermentasi mampu meningkatkan daya cerna dan kualitas nutrisi makanan tak lebih lagi juga meningkatkan nilai gizi makanan itu sendiri. Makanan fermentasi di Indonesia dapat dikelompokkan dengan empat berdasarkan tahap fermentasi yaitu fermentasi asam laktat dimana itu terdapat bua, sayur, susu, singkong, dan daging. Lalu ada fermentasi jamur dimana seperti kacang dan kedelai. Yang ketiga ada fermentasi alkohol beras, singkong. Dan terakhir ada fermentasi kadar garam yang tinggi yaitu ikan, kecap, dan tauco.
Menurut penelitian Poesponegoro (1997) dalam bauman sejauh ini telah banyak berkembang konsep pengendalian mutu pangan dari bidang mikrobiologi yang juga dikenal dengan Hazard Analysis and critical control point (HACCP)  yang telah diterapkan di dunia perindustrian manufacturing pangan dengan tujuan untuk mempekecil dampak terjadinya pertumbuhan atau peningkatan populasi mikroorganisme di dalam bahan pangan selama distribusi dan penyimpanan.
Hal tersebut menunjukkan kebutuhan mikrobiologi terhadap bahan pangan untuk keamanan dan kualitas yang dihasilkan.pada umumnya beberapa orang telah menelaah bagaimana bahan pangan yang bertujuan untuk menentukan bagaimana keamanan, pengukugan bagaiman penjagaan kualitasnya,dan juga untuk standarisasi pada bahan pangan tersebut.
Dalam pokok analisa mikrobiologi pangan ada beberapa aspek yang mencakup dari bahan pangan tersebut ialah mendeteksi dan menganalisa tingkat pencemaran tinja pada bahan pangan, kedua ada menganalisa tingkat perlakuan yang diperlukan agar bagan pangan aman untuk di konsumsi. Lalu yang ketiga menjamin kemudahan proses pada tahapan dalam pengelolaan bahan pangan. Lalu yang ke empat ada melokalisasi dengan sebab timbulnya kerusakan kualitas pangan, yang terakhir ada kemurnian mikrobiologis yang telah di produksi dan telah menunjukkan terjaganya kemurnian dari bahan pangan tetsebut di dalam system distribusi dan penyampaiannya langsung kepada konsumen.
Menurut penelitian Atma (2016) dalam BPOM standar pernyaratan kriteria mikrobiologi untuk sebagian besar bahan dan produk pangan. Kriteria mikrobiologi pangan bervariasi tergantung dari jenis pangannya. Pada dasarnya kriteria mikroba yaitu memiliki nilai mikroba yang bernilai lempeng total, dengan total kangang dan kamir, serta bakteri koliform.
Menurut penelitian Atma (2016) pertumbuhan mikroorganisme pada produk berbahan baku jahe pada dasarnya memiliki sifat antimikroba. Sari jahe nyatanya menurunkan koloni bakteri pada ikan.
Menurut penelitian Nurjanah (2006) dalam sago et al. proses pengolaham makanan sama halnya dengan pengaruh suhu yang digunakan. Memiliki faktor yang sangat penting bagi pertumbuhan  mikroorganisme makanan. Makanan yang segar dan tanpa pengolahan dengan suhu tinggi, dengan contohnya seperti salad, yang banyak mengandung mikroba yang tinggi, apalagi tanpa adanya pengemasan dari produk. Mikroba perusak pangan dan patogen yang sering ditemukan di dalam produk dengan jenis bakteri yang berbentuk spora Bacillus cereus, bakteri gram positif Staphylococcus aureus.
Mikroba membutuhkan kisaran suhu tertentu untuk dapat tumbuh. Suhu pertumbuhan optimum merupakan kemungkinan yang dimana pertumbuhan mikrobanya tercepat selama kurang lebih 24 jam.
Bakteri psikrofil dapat tumbuh pada suhu refrigerator sehingga menyebabkan  kerusakan pada pangan. Pada halnya dengan jamur psikrofil bagian luar dagingnya dan buah yang dihasilkan disimpan dengan suhu yang rendah. Penyimpanan bahan pangan pada suhu yang dingin tidak sepenuhnya merupakan cara yang baik untuk proses mikroba pangan.  Misalnya pada pisang buah ini hanya dapat disimpan pada suhu dibawah 18˚C. Sedangkan sayuran disimpan dengan suhu yang rendah yaitu sekitar 10˚C.
Jadi jumlah dan jenis mikroba yang terdapat pada bahan pangan itu di pengaruhi oleh beberapa sebab diantaranya adalah:
Factor intrinsic dan ekstrinsik
Lingkungan yang ada di sekitar pangan
Kualitas mikrobiologi pada bahan pangan tersebut pada cara pengolahannya
Dampak saniasi selama penanganan dan pengolahannya
Kondisi dan penyimpanan pada suatu produk
Menurut penelitian Yuniastri (2018) dalam wulandari et al. mikroorganisme memiliki perananyang sangat penting terutama pada saat pengolahan bahan mentah sehingga menjadi bahan atau produk setengan jadi dikarenakan adanya enzim yang terdapat dalam mikroorganisme tersebut. Banyaknya manfaat dari mikroorganisme ini diantaranya adalah starter produk pangan sehingga fungsinya mampu menghambat kerusakan dan pembusukan pada bahan pangan. Tetapi ada juga mikroorganisme yang memiliki andil yang membuat kerusakan pada bahan pangan itu sendiri. Seperti pembusukan pada bahan pangan karena itu akan terjadinya proses pembusukan karena pengolahan yang kuran tepat sehingga menimbulkan mikroorganisme patogen, sehingga hal itu menyebabkan terjadinya pencemaran mikroba dalam bahan pangan.
Agar menghindari pembusukan atau pencemaran pada bahan pangan memiliki dua factor yaitu factor pertama hiegene dan sanitasi yang dimana factor ini baik untuk menjadi factor menghindari cemaran mikroorganisme pada bahan pangan.
Pembuatan pangan dengan menggunakan suhu yang tinggi yang bertujuan mengurangi kadar air dalam bahan pangan. Yang berguna untuk membunuh mikroorganisme pada bahan bangan sehingga bisa meyimpan bahan pangan lebih lama. Ada dual yang penting dalam pengolahan bahan pangan dengan kualitas yang baik dan akan menjadi pusat perhatian bagi masyarakat.
Beberapa mikroorganisme pengolahan bahan pangan dengan menggunakan suhu yang panas pemilihannya didasarkan dengan sifat bahan pangan yang dimana proses dan derajat pemanasan yang dibutuhkan. Pada pengolahan panas terjadinya denaturasi protein yang mengakibatkan rusaknya enzim dan proses metabolism yang dikendalikan oleh enzim mikroorganisme.
Kondisi suhu yang tinggi dapan disesuaikan dengan jenis mikroorganismenya sehingga kombinasi waktu dan suhu yang spesifik dalam setiap pengolahannya fungsi dari kombinasi suhu yang spesifik membantu meminimalisir terjadinya destruksi terhadap banyak vitamin, dengan aroma dan zat warna yang terdapat dalam bahan pangan tersebut. Sehingga bahan dan pangan tersebut dapat bertahan lebih lama.
Ketahanan mikroorganisme pada suhu yang tinggi dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu dengan meliputi pertumbuhan sel dan perkembangan sporanya dengan meliputi usia, suhu, dan media kulturnya. Dalam kondisi suhu yang tinggi misalnya pada pH bahan pangan, aktivitas air, komposisi bahan pangan, media partumbuhan dan kondisi inkubasi yang digunakan. Bentuk spora pada umumnya jauh lebih tahan panas dibanding dengan sel vegetative.
Mikroorganisme jenis sel vegetative yang jarang muncul pada bahan olahan suhu panas (tinggi) adalah mikroba Bacillus subtilis, campylobacter jejuni, dan masih banyak lagi. Mikroorganisme jenis spora yang terdapat pada produk olahan suhu yang tinggi yaitu Clostridium botulinum 62A dengan nilai-D 0,61-2,48 dan Bacillus cereus, dll.
Reaksi biokimia dengan pangan segar dihambat dengan adanya pendinginan atau pengurangan suhu dengan perubahan enzimatik dan memperlambat laju respirasi dan penuaan pangan segar.
Suhu yang rendah dapat mencegah pertumbuhan mikroorganisme mesofilik dan semua mikroorganisme termofilik yang memiliki suhu pertumbuhan 30 – 40 ˚C. sebagian besar mikroorganisme jenis ini terdapat pada ikan perairan dalam.
Menurut penilitian Martoyo (2018) fermentasi dimanfaatkan untuk mengubah bahan pangan organic yang terkandung dan memiliki manfaat sebagai nilai tambah dengan bantuan mikroorgnisme senyawa metabolit primer dan metabolit sekunder memiliki kondisi lingkungan yang terkontrol fermentasi bertujuan untuk mengawetkan bahan pangan khususnya bahan yang mudah rusak dan bersifat musiman.
Aktivitas enzimatis mikroba dapat memecahkan komponen pangan selama proses fermentasi enzim amylase,protease dan lipase yang terdapat dalam mikroba merupakan komponen yang menghidrolisis bahan pangan menjadi komponen sederhana seperti contoh komponen asam amino,karbondioksida,alokohol,peptide dan asam lemak
Secara biokimia fermentasi dapat diartikan sebagai metabolism yang berlangsung secara anaerob atau kondisi yang tidak membutuhkan oksigen.ketika pemecahan bahan organic khususnya glukosa dapat bertindak sebagai pendonor electron maupun akseptorelektro dalam jumlah energy dalam bentuk ATP
Keberadaan mikroorganisme memiliki peranan yang sangan penting dalam meningkatkan mutu bahan pangan yang patogen cara pengolahan yang baik sesuai dengan standart mampu mengurangi pencemaran mikroorganisme patogen agar terciptanya hasil pangan yang selain bermutu.