Pada awal permainan kammu akan menentukan siapa karakter dalam anime Yu-Gi-Oh! yang akan kamu pilih yaitu Yugi atau Seto Kaiba.dengan seiring berkembangnya permainan, kamu akan menemukan banyak karakter anime Yu-Gi-Oh di game ini seperti judai, Jounochi dll.Sebenarnya tidak ada karakter terbaik di game ini, yang ada adalah karakter dengan deck terbaik dan skill terbaik sesuai gameplay deckmu. Apabila kamu memilih Yugi maka kamu akan menggunakan deck yugi yang didalamnya ada dark magician, begitupula apabila kamu menggunakan Seto Kaiba maka kamu akan menggunakan deck Kaiba yang didalamnya ada Blue Eyes White Dragon.

Misi Sangat Penting pada game ini. Banyak misi yang akan kamu jalani untuk mendapatkan hadiah yang berguna sekaligus membuka stage baru yang berguna unntuk mendapatkan karakter baru dan tentu deck baru. Maka dari itu pada awal-awal permainan usahakan selalu fokus pada penyelesaian misi untuk mendapatkan karakter yang kamu ingin kan. Selain Mendapatkan Character kita juga mendapatkan item yang sangat berguna. 

Setiap kali kamu menggunakan charachter yang kamu inginkan maka character tersebut akan semakin bertambah expnya. hingga pada lvl tertentu dapat membuka skill khusus dari character tersebut, sebagai contoh yuki judai pada level 4 apabila Life Points 2000 atau dibawahnya maka kartu skyscrapper akan aktif dengan sendirinya.

Ini sebenarnya hal yang wajib bagi semua permainan Yu-Gi-Oh. Aturlah deckmu sesuai dengan gameplay yang bisa bersaing di game. Jangan sampai terlalu banyak spell atau terlalu banyak monster, aturlah seseimbang mungkin. Di duel links biasanya formasi deck itu
15 monster 10 trap 5 spell card. jangan terlalu banyak memasukan, kartu karena akan menghambat persentasi kesempatan mendapatkan kartu yang akan digunakan.