Setelah kejatuhan Granada pada 1492, kebanyakan Muslim berharap ini hanya menjadi kemunduran kecil karena mereka berharap bahwa bala bantuan pasukan Muslim dari Afrika akan datang dan mendirikan kembali pemerintahan Muslim. Kerajaan baru Spanyol dibawah pimpinan Ferdinand dan Isabella ternyata memiliki rencana lain.

Pada Maret 1492, kerajaan Spanyol menandatangani dekrit pertama kali yang memerintahkan semua Yahudi keluar dari negara itu. Ratusan ribu Yahudi diusir dari Spanyol. Sebagai empati, Sultan Beyazid II dari Kekhilafahan Usmani mengirim kapal angkatan lautnya untuk menyelamatkan Yahudi dari pemusnahan etnik di Spanyol dan membawanya ke Istanbul.

Kebijakan penguasa Spanyol atas Muslim tidak banyak berbeda. Pada 1492, masih ada sekitar 500 ribu Muslim diseluruh Spanyol. Hanya saja, Gereja Katolik memprioritaskan perpindahan agama mereka ke Nasrani.

Upaya pertama perpindahan agama dilakukan melalui penyuapan. Para pemeluk Islam ditawari hadiah, uang dan tanah jika mau berpindah agama. Namun, upaya ini tidak cukup berhasil, banyak dari pemeluk baru Nasrani berbalik kembali ke Islam setelah mendapatkan hadiah.

Ketika yakin bahwa kaum Muslimin Spanyol lebih terikat kepada Islam ketimbang kekayaan, maka penguasa Spanyol mengambil pendekatan baru. Pada 1499, Kardinal Francisco Jimenez de Cisernos dikirim ke Spanyol untuk mempercepat proses perpindahan agama. Pendekatannya adalah mengintimidasi Muslim. Semua manuskrip yang ditulis dalam bahasa Arab dibakar (kecuali medis). Muslim yang menolak berpindah agama dikirim ke penjara. Garis kebijakan Cicernos adalah “jika orang kafir (Muslim) tidak dapat diajak menuju jalan keselamatan, maka mereka harus dipaksa”.

Penindasan dan gangguan akhirnya membawa konsekuensi yang tak diinginkan. Kaum Muslimin mulai melakukan perlawanan. Kaum Muslimin di Granada melakukan protes terbuka dan mengancam akan menggulingkan kekuasaan Katolik dan menggantinya dengan kekuasaan Muslim. Raja Spanyol dengan dukungan Cisernos akhirnya bertindak. Mereka hanya memberi dua pilihan kepada kaum Muslimin; pindah agama atau mati. Hampir semua penduduk Granada memilih berpindah agama, walaupun masih tetap meyakini Islam secara diam-diam.

Pasukan Kristen sering menyerang kota-kota di Granada dalam rangka pemaksaan agama. Kalangan pemberontak Muslim, tidak selalu bersenjata lengkap atau terlatih sebagaimana pasukan Kristen. Pembunuhan dan pemaksaan agama menjadi pemandangan umum. Kalangan Muslim di seluruh Granada akhirnya melakukan perlawanan. Mereka memerangi pasukan Kristen di pegunungan Alpujarras, Spanyol selatan, sehingga menyulitkan mereka. Para pemberontak Muslim sendiri tidak memiliki rencana atau kepemimpinan yang jelas. Mereka hanya bersatu dalam rangka menyelamatkan keyakinan dan melawan penguasa Kristen.

Menjelang 1502, para perlawanan mulai melemah. Ratu Isabella mengeluarkan perintah penghentian toleransi atas semua Muslimin di Spanyol. Semua Muslim harus secara resmi memeluk Kristen, meninggalkan Spanyol atau dibunuh. Banyak dari mereka yang melarikan diri ke Afrika Utara atau memilih bertempur hingga mati. Namun, kebanyakan beralih agama, sementara masih tetap menjaga Islam secara sembunyi-sembunyi.

Penduduk Muslim Spanyol bersembunyi hingga 1502. Mereka harus menyembunyikan keyakinannya dari penguasa Spanyol agar tidak dibunuh. Para “pemeluk baru” Nasrani ini dikenal dengan nama Morisco. Mereka diawasi secara ketat oleh tentara Kristen.

Para pejabat pemerintah Spanyol ditempatkan untuk melakukan pengawasan. Penduduk Morisco harus membuka pintunya pada Kamis malam dan Jumat pagi, agar para prajurit tidak melihat mereka mandi, aktivitas yang dulunya mereka kerjakan menjelang ibadah shalat Jumat. Setiap Muslim yang ketahuan membaca Alqur’an atau wudhu dapat dibunuh. Karena alasan ini, mereka dipaksa beribadah secara sembunyi-sembunyi, karena khawatir ketahuan.

Dengan cara demikian, mereka dapat mempertahankan keyakinan Islam selama puluhan tahun. Sementara aktivitas terbuka seperti shalat berjamaah, zakat dan ibadah haji tidak dilakukan, kecuali mereka yakin dengan keamanannya.

Meskipun pelbagai upaya dilakukan warga Morisco untuk menyembunyikan keyakinannya, Raja Kristen tetap mencurigai jika mereka masih memeluk Islam. Pada 1609, lebih 100 tahun setelah kaum Muslimin Morisco dalam persembunyian keimanannya, Raja Philip menandatangani keputusan bahwa semua Morisco harus keluar dari Spanyol. Mereka hanya diberikan waktu 3 hari untuk berkemas dan naik kapal menuju Afrika Utara atau Kekhalifahan Usmani.

Dalam rentang itu, mereka sering diperlakukan semena-mena oleh pasukan Kristen. Harta benda mereka dijarah dan anak-anak mereka diculik untuk dididik Nasrani. Beberapa penduduk Morisco bahkan dibunuh untuk sekedar perburuan dalam perjalanan mereka menuju pantai. Mereka dipaksa membayar pajak untuk dibiarkan hidup. Banyak para pelaut yang merudapaksa, membunuh dan mencuri harta benda warga Morisco yang naik ke kapal mereka menuju tempat pengungsian. Intoleransi keagamaan ini dapat disebut sebagai praktik genosida dan aksi terorisme. Pemerintah Spanyol secara sengaja merendahkan dan menyengsarakan mereka dalam perjalanan mereka keluar dari Spanyol.

Dalam keadaan semacam itu, kaum Muslimin Morisco pada akhirnya berani menjalankan ibadahnya secara terbuka. Untuk pertama kali dalam 100 tahun lebih, adzan kembali dikumandangkan secara terbuka di seluruh penjuru Spanyol, berbarengan kaum Muslimin meninggalkan kampung halamannya.

Mayoritas penduduk Morisco ingin tetap tinggal di kampung halamannya. Bahkan setelah pengungsian, banyak dari mereka yang kembali ke Spanyol dan rumah-rumah mereka secara diam-diam. Namun upaya mereka gagal.

Menjelang 1614, setiap warga Morisco telah terusir, dan Islam hilang dari semenanjung Iberia. Dari 500 ribu penduduk menjadi kosong sama sekali dalam waktu 100 tahun. Seorang Padri Dominika Portugis, Damian Fonseca menyebut pengusiran itu sebagai “Holocoust yang direstui”. Dampak migrasi besar-besaran atas Spanyol sangat besar, ekonomi mereka terpukul karena banyak tenaga kerja yang hilang dan pajak penghasilan anjlok.

Di Afrika Utara, pemerintah Muslim mencoba membantu ratusan ribu pengungsi. Namun, tidak banyak yang dapat diulurkan. Selama berabad-abad, para pengungsi Morisco di Afrika Utara mencoba berasimilasi dengan masyarakat, namun mereka tetap mempertahankan identitas unik Andalusia mereka .

Hingga kini, kawasan pemukiman di kota-kota Afrika Utara masih tetap mempertahankan identitas Morisco dan menjaga warisan kejayaan Muslim Spanyol. Eksistensi mereka mengingatkan kita kisah bersejarah semenanjung Iberia di bawah naungan Islam dan sekaligus kisah tragis salah satu genosida terbesar dalam sejarah Eropa yang pernah tercatat dalam sejarah.