Gerakan separatis, radikalisme dan pemberontakan bersenjata merupakan ancaman terhadap sistem pertahanan negara, yang bersifat nirmiliter dan berskala nasional. Penyelesaiannya ancaman ini menjadi tanggung jawab seluruh masyarakat Indonesia. Sementara itu, peran negara sebagai aktor penyelesaian ini merujuk pada otoritas politik yang sah dan secara operasional memobilisasi kekuatan militer, termasuk di dalamnya civil society. Untuk itu, ancaman disintegrasi yang berupa gerakan separatisme dan radikalisme masih menjadi ancaman nyata dan membahayakan bagi persatuan dan kesatuan bangsa. Bangsa Indonesia merupakan negara dengan banyak multikultur itu bisa dilihat segi ras, agama, bahasa, suku dan adat istiadat. Keanekaragaman tersebut juga mengandung potensi konflik yang jika tidak dikelola dengan baik dapat mengancam keutuhan, persatuan dan kesatuan bangsa, seperti gerakan separatisme berbau radikalisme dan kedaerahan yang ingin memisahkan diri dari NKRI. Hal ini bisa diakibatkan dari ketidakpuasan dan perbedaan kepentingan berujung terjadinya disintegrasi bangsa. Ancaman disintegrasi bangsa dibeberapa wilayah NKRI, memang sudah tidak begitu kuat lagi dan bahkan tidak mendapatkan dukungan sebagian masyarakat. Namun, bangsa Indonesia harus tetap waspada karena dibeberapa wilayah dalam dan luar negari masih menyimpan sel-sel ancaman disintegrasi yang bisa bangkit kembali. Ancaman sel-sel tersebut saat ini masih mencari bentuk penyamaran kedalam bentuk masalah agama, sosial dan budaya (Gafatar dan lain-lainya).

Untuk itu, diperlukan ketahanan nasional bangsa dalam memberantas sel-sel tersebut. Dengan cara apa ? yang paling mudah adalan jangan terpengaruh dan ikut dalam kegiatan ilegal/diluar aturan pemerintah. Sementara itu, dalam menghadapi ancaman gerakan separatisme, pemerintahan Indonesia yakin bahwa penyelesaian masalah ini hanya dapat dilakukan secara menyeluruh dan damai jika masyarakat sadar bahwa kita semua adalah satu bangsa dan satu tanah air yakni N.K.R.I. Terkait gerakan separatisme Papua, pemerintah harus terus mengupayakan untuk menyelesaikan permasalahan separatisme ini, baik melalui kegiatan represif terhadap kelompok bersenjata maupun persuasif melalui upaya meningkatkan keadilan dan kesejahteraan masyarakat, sehingga penyelesaian ini dapat diselesaikan secara komprehensif dan menyeluruh dalam kerangka otonomi khusus. Selain itu, disamping terus menjaga keamanan di Papua dan endemi separatisme di Indonesia, sangat diperlukan upaya untuk menangkal propaganda negatif yang dilakukan oleh gerakan separatis diluar negeri dan meningkatkan upaya diplomasi untuk meyakinkan masyarakat internasional akan pentingnya menjaga kedaulatan Indonesia.

Langkah kebijakan yang ditempuh dalam upaya pencegahan dan penanggulangan separatisme adalah pemulihan kondisi keamanan dan ketertiban serta menindak secara tegas para pelaku separatisme bersenjata yang melanggar hak-hak masyarakat sipil, peningkatan kualitas pelaksanaan otonomi daerah dan desentralisasi serta demokratisasi, peningkatan deteksi dini dan pencegahan awal potensi konflik dan separatisme. Artinya, penyelesaiannya bercirikan lengkap, luas, dan menyeluruh. Menggunakan semua perangkat yang ada dengan mengefektifkan fungsi-fungsi pembangunan nasional. Melibatkan semua elemen bangsa dan negara karena semua warga negara bertanggung jawab atas keutuhan NKRI. Menggabungkan seluruh potensi yang ada dan menggunakan pendekatan yang holistik di semua bidang. Dengan kata lain, penyelesaian komprehensif berarti penyelesaian yang bersifat “semesta”. Tujuan dari penyelesaian secara holistik adalah agar permasalahan dua ancaman itu dapat dipangkas dan dicabut hingga ke akar-akarnya, tanpa meninggalkan ancaman lain dalam bentuk laten.

Jika ancaman tersebut masuk kategori ancaman nirmiliter, maka penyelesaiannya pun menggunakan Operasi Militer Selain Perang (OMSP). Sifat nirmiliter ini jelas melibatkan semua warga negara dengan mengoptimalkan fungsi-fungsi pembangunan nasional, misalnya dengan pendekatan keadilan dan kesejahteraan (prosperity approach) –selain pendekatan pertahanan dan keamanan (security approach). Oleh karena itu, pengenalan terhadap budaya menjadi kunci untuk menemukan pintu masuk pendekatan yang akan dipilih. Di sinilah perlunya keterlibatan dan peran aktif dari tokoh-tokoh masyarakat, tokoh agama, adat, dan komponen lainnya dalam masyarakat. Penyelesaian dalam memberangus gerakan separatis dan pemberontakan bersenjata memang tepat sekali jika menggunakan penyelesaian secara komprehensif. Jika dilihat dari kacamata Sistem Pertahanan Negara (Sishanneg), penyelesaian ini bersifat “semesta”. Artinya, tidak hanya sekadar komprehensif, melainkan komprehensif-integral –yaitu lengkap, luas, sekaligus menyeluruh.