Teori yang paling banyak digunakan berdasarkan seluruh temuan dan petunjuk yang ada untuk menjelaskan fenomena ini menyampaikan bahwa Austronesia berasal dari Taiwan dan Pantai Cina bagian Selatan. Kawasan tersebut oleh beberapa ahli linguistik dianggap sebagai tempat asal bahasa proto-Austronesia. Disamping itu, secara arkeologis daerah tersebut menghasilkan bukti pola subsistensi bercocok tanam dan aspek budaya Austronesia lainnya yang paling tua di kawasan ini berupa beliung persegi dan gerabah, seperti yang ditemukan di situs Hemudu di Teluk Hangzou, Propinsi Zhejiang yang berumur 7000 tahun. (Bellwood, 1995).

Kebudayaan neolitik ini kemudian menyebar ke selatan melewati Filipina, Borneo, Sulawesi, dan Indonesia Timur. Kebudayaan Lapita bahkan merambah Kepulauan Melanesia dan Polinesia bagian barat hingga berujung di Kepulauan Bismarck di Tonga dan Samoa yang dipertanggali antara 3300 hingga 2800 BP (Spriggs, 1999). Fenomena inilah yang oleh Bellwood, Spriggs, dan beberapa peneliti lain diasosiasikan dengan persebaran bahasa Austronesia di sepanjang area tersebut hingga mencapai Hawaii, Easter Island, dan New Zealand.

Penelitian dalam perspektif linguistik banyak dilakukan oleh Robert Blust pada dekade 1970 hingga 1980an. Setelah meninggalkan Taiwan, penutur bahasa Malayo-Polynesia menduduki Filipina dan sebagian besar Indonesia. Hingga kini terdapat beberapa kesamaan terkait kebudayaan yang dimiliki oleh para pewaris penutur bahasa Austronesia. Bentuk rumah panggung banyak ditemukan pada masyarakat tradisional Austronesia, seperti; Rumah Gadang (Minangkabau), Tongkonan (Toraja), Lamin (Dayak). Sedangkan jika mengacu pada bukti linguistik, kosa kata Austronesia mengenai rumah dan unsur-unsur pemukiman lainnya ditemukan di seluruh kawasan barat hingga timur persebarannya. Istilah Rumaq (rumah –Indonesia) bahkan sudah muncul sejak awal perkembangan bahasa Austronesia di Taiwan (Blust, 1984-1985). Data linguistik tersebut senada dengan temuan arkeologis yang berhasil diungkap di Xitou, Kequitou, dan Tanshishan di Fujian, situs Hemudu di Zhejiang dan di Guangdong. Kesimpulan yang diperoleh mengindikasikan bahwa masyarakat Austronesia sudah mengenal sistem perumahan terbuka sejak 5200 tahun yang lalu. (Bellwood, 2000). Persebaran bahasa Austronesia secara masif di wilayah Asia Tenggara dan Kepulauan Pasifik ini tidak dapat dianggap sekedar dampak dari interaksi pertukaran dan perdagangan yang terjadi, namun juga tentu menyangkut proses migrasi manusia di dalamnya (Bellwood, 1984). Bentuk budaya pertanian yang dibawa oleh penutur bahasa Austronesia secara keseluruhan dapat mendukung kepadatan penduduk yang jauh lebih tinggi daripada berburu-mengumpulkan makanan dan jelas merupakan perekonomian yang dapat memanfaatkan, bahkan mendorong bertambahnya tenaga kerja anak-anak dan remaja Meskipun di masa lalu para petani yang menghuni bentang alam terbatas kadang terpaksa harus mengendalikan pertumbuhan penduduk atau memperbanyak hasil secara intensif (Bellwood, 2000).

Di Pasifik, budaya rumah panggung yang berada di pesisir dan sebaran gerabah, tungku tanah, dan bekas perapian juga mengindikasikan persebaran budaya Lapita. (Spriggs, 1995). Bukti tersebut diperkirakan merupakan wujud interaksi antara penutur Austronesia dengan penduduk asli Melanesia menghasilkan artefak yang antara lain berupa; gerabah, beliung persegi, pahat batu poles, batu penumbuk biji, artefak kerang conus, kail kerang, dan denah rumah berbentuk persegi (Spriggs, 1997). Di Kepulauan Melanesia dan Polynesia bagian barat, kebudayaan Lapita dapat ditarik pada pertanggalan 3800 hingga 3300 tahun yang lalu. Pergerakan budaya yang membawa gerabah Lapita ke Kepulauan Pasifik ini dianggap sangat cepet, sehingga mendapat julukan express train (Diamond, 1988). Terdapat dua pendapat mengenai asal persebaran budaya neolitik ke Kepulauan Pasifik. Yang pertama diperkenalkan oleh Larson (2007) yang mengatakan bahwa budaya ini dibawa dari Taiwan hingga jauh ke selatan yang kemudian disempurnakan dengan temuan gerabah Lapita di Filipina (Luzon bagian utara) dan Kepulauan Mariana (Hung dkk, 2011., Bellwood, 2011). Pendapat kedua dikemukakan oleh Spriggs (2011) yang mengatakan bahwa kebudayaan tersebut berasal dari Asia Tenggara Daratan melalui Melanesia dan baru kemudian sampai ke Kepulauan Bismarck.

Masyarakat penutur bahasa Austronesia sendiri mengalami kesulitan ketika mencapai wilayah Pulau Papua/Irian Jaya. Mereka bertahan dan menetap di wilayah pesisir. Hal ini kemungkinan besar disebabkan karena kelompok masyarakat asli yang mendiami daratan ini sudah sangat terstruktur sehingga kehadiran orang asing cukup sulit untuk diterima. Namun bukan berarti pertukaran budaya sama sekali tidak terjadi. Sebelum kedatangan masyarakat Austronesia, Papua tidak mengenal budaya tembikar, sedangkan pada perkembangannya hingga kini masyarakat papua dapat memanfaatkan tembikar dengan baik (Muller, 2008).