Negara Kesatuan Republik Indonesia adalah sebuah negara kepulauan yang bercirikan nusantara dengan wilayah yang batas-batas dan hak-haknya ditetapkan dengan undang-undang. Hal ini tercantum dalam Amandemen UUD 1945 Bab IX A mengenai Wilayah Negara yang terdapat dalam Pasal 25A. Banyaknya kasus pelanggaran hukum di wilayah perbatasan seperti penyelundupan, kegiatan terorisme, pengambilan sumber daya alam oleh warga negara lain, dan banyaknya nelayan Indonesia yang ditangkap oleh polisi negara lain karena nelayan Indonesia melewati batas wilayah negara lain akibat tidak jelasnya batas wilayah negara.

Masalah perbatasan wilayah Indonesia bukan lagi menjadi hal baru saat ini. Sejak Indonesia menjadi negara yang berdaulat, perbatasan sudah menjadi masalah yang bahkan belum menemukan titik terang sampai saat ini. Permasalahan perbatasan tersebut tidak hanya menyangkut batas fisik yang telah disepakati namun juga menyangkut cara hidup masyarakat di daerah tersebut, misalnya para nelayan tradisional atau kegiatan lain di sekitar wilayah perbatasan.

Kawasan perbatasan memiliki nilai strategis bagi suatu Negara dalam mendukung keberhasilan pembangunan, hal tersebut di karenakan kawasan perbatasan merupakan representative nilai kedaulatan suatu Negara. Bermula dari kawasan perbatasan akan mendorong perkembangan ekonomi, sosial budaya dan kegiatan masyarakat lainnya yang akan saling mempengaruhi antara Negara, sehingga berdampak pada strategi kemanan dan pertahanan Negara. Kawasan perbatasan suatu Negara merupakan manifestasi utama kedaulatan wilayah Negara.
Indonesia adalah negara kepulauan dengan jumlah pulaunya yang mencapai 17.499 pulau dan luas wilayah perairan mencapai 5,8 juta km2, serta panjang garis pantai yang mencapai 81.900 km2.

Dua pertiga dari wilayah Indonesia adalah laut, implikasinya, hanya ada tiga perbatasan darat dan sisanya adalah perbatasan laut. Ada 10 negara tetangga yang perairannya berbatasan langsung dengan wilayah Nusantara. Mereka adalah Malaysia, Singapura, Thailand, India, Filipina, Vietnam, Papua New Guinea, Australia, Republik Palau dan TimorLeste. Batas darat wilayah Republik Indonesia berbatasan langsung dengan negara-negara Malaysia, Papua Nugini dan Timor Leste. Sedangkan wilayah laut Indonesia berbatasan dengan 10 negara, yaitu India, Malaysia, Singapura, Thailand, Vietnam, Filipina, Republik Palau, Australia, Timor Leste dan Papua Nugini. Wilayah perbatasan laut pada umumnya berupa pulau-pulau terluar yang jumlahnya 92 pulau dan termasuk pulau-pulau kecil.

Dari ketiga batas wilayah darat Negara, perbatasan antara Indonesia dengan Malaysia Timur (Serawak dan Sabah) di wilayah pulau Kalimantan, merupakan batas Negara yang memiliki kompleksitas permasalahan tertinggi, wilayah perbatasan Indonesia-Malaysia di Kalimantan membentang sepanjang ± 1.840 km (mencakup wilayah Propinsi Kalimantan Timur, Kalimantan Utara ± 1.035 km dan Kalimantan Barat ± 805 km), dengan bentang garis perbatasan yang panjang antar kedua Negara memunculkan berbagai persoalan yang memilki nilai strategis keutuhan dan keamanan kedua Negara, diantaranya

Pertama penentuan batas darat yang belum sepenuhnya di sepakati rujukan agreement kedua negara adalah pada konvensi pemerintah kolonial Belanda dan Inggris Raya tahun 1891, 1915, dan 1928 yang hingga saat ini masih terdapat 10 titik OBP (Outstanding Boundary Problems) yang berdampak pada kehidupan sosial ekonomi masyarakat di perbatasan yang mengancam kedulatan negara

Kedua sejak dibukanya pintu perbatasan (border gate) di beberapa titik di Kalimantan, ternyata telah memperlihatkan kepada masyarakat Indonesia, khususnya masyarakat di sekitar perbatasan dan masyarakat Indonesia pada umumnya, kesenjangan pembangunan infrastrukur dikawasan perbatasan antar kedua negara sangat jauh berbeda, yang berdampak pada kesenjangan sosial, ekonomi dan kesejahteraan antara masyarakat perbatasan di Indonesia dan di Malaysia,

Ketiga permasalahan kehidupan ekonomi yang menunjukan perbedaan yang sangat menonjol mengakibatkan munculnya kegiatan ekonomi iegal di antaranya illegal logging, TKI dan penyelundupan lainnya seperti penyelundupan manusia (human trafficking), eksploitasi sumber daya alam secara tidak beraturan, lemahnya system pengawasan, semangat otonomi mengenai status dan kewenangan penanganan, serta gejala degradasi nasionalisme. Permasalahan perbatasan yang cukup rumit dan kompleks ini, kurang mendapatkan perhatian yang serius dari pemerintah atau pemangku kepentingan. Penanganan perbatasan selama ini belum dilakukan secara optimal dan kurang terpadu, seringkali terjadi tarik menarik kepentingan antara berbagai pihak yang menangani wilayah perbatasan baik secara horizontal, sektoral maupun vertikal.

Hal lain yang cukup memprihatinkan dan tidak kalah pentingnya adalah keadaan masyarakat yang tinggal di sekitar daerah perbatasan yang seakan lepas dari perhatian pemerintah pusat maupun daerah, Kondisi di lapangan memperlihatkan banyak kebijakan pengelolaan perbatasan negara yang tidak saling mendukung dan/atau kurang sinergis satu sama lain. Selama ini penanganan terhadap masalah-masalah yang muncul seputar perbatasan masih bersifat ad-hoc, parsial dan sporadis oleh instansi atau lembaga yang berbeda-beda dengan motivasi dan kepentingan yang berbeda beda pula, belum ada kesamaaan tekad serta visi dari pemerintah daerah selaku perpanjangan tangan dari pemerintah pusat untuk membangun dan memprioritaskan daerah perbatasan.

Selain itu Pulau-pulau terluar biasanya adalah daerah terpencil, miskin bahkan tidak berpenduduk dan jauh dari perhatian pemerintah. Keberadaan pulau-pulau ini secara geografis sangatlah strategis, karena berdasarkan pulau inilah batas negara kita ditentukan. Pulau-pulau ini seharusnya mendapatkan perhatian dan pengawasan serius agar tidak menimbulkan permasalahan yang dapat menggangu keutuhan wilayah Indonesia, khususnya pulau yang terletak di wilayah perbatasan dengan negara negara yang tidak/belum memiliki perjanjian (agreement) dengan Indonesia.

Ada beberapa kondisi yang membahayakan keutuhan wilayah jika terjadi pada pulau-pulau terluar, diantaranya hilangnya pulau secara fisik akibat abrasi, tenggelam, atau karena kesengajaan manusia seperti pengerukan pasir illegal, hilangnya pulau secara kepemilikan akibat perubahan status kepemilikan akibat pemaksaan militer atau sebagai sebuah ketaatan pada keputusan hukum seperti yang terjadi pada kasus berpindahnya status kepemilikan Sipadan dan Ligitan dari Indonesia ke Malaysia serta hilangnya secara sosial dan ekonomi, akibat praktek ekonomi dan sosial dari masyarakat di pulau tersebut. Misalnya pulau yang secara turun temurun didiami oleh masyarakat dari negara lain atau masyarakat yang lebih memilih bergabung dengan Negara tetangga karena lebih disejahterakan dsb.

Kondisi diatas memberikan gambaran bahwa masih lemahnya kekuatan politik penganggaran yang masih berbasis pada konstituen atau lumbung suara bagi anggota legislative, dan penyediaan anggaran Pemerintah untuk pembangunan infrastrukur relative kecil dibandingkan kebutuhan sebenarnya dan VISI Percepatan pembangunan kawasan perbatasan belum sepenuhnya sejalan.

Masalah perbatasan tidak hanya berada dalam lingkup wilayah kedaulatan, tetapi juga merupakan suatu pola pikir (mindset), terutama berkenaan dengan keterpencilan dan keterbelakangan. Dalam perspektif Tanah-Air, semua daerah adalah pusat dan tidak ada daerah atau kawasan pinggiran. Namun, Indonesia tidak mengenal struktur pusat dan daerah sebagai ikatan sub-ordinasi, melainkan sebagai suatu kesatuan yang mencerminkan delegasi dan pembagian kekuasaan dalam mengelola bangsa dan negara yang memiliki bentangan wilayah yang sedemikian luas untuk mencapai tujuan bersama, seperti kesejahteraan yang merata.

Oleh karenanya Pengelolaan perbatasan harus lebih terarah, terpadu, terpogram dan terkendali yang didukung visi dan misi yang jelas, grand design dan master plan, serta rencana aksi dan implementasi yang didukung oleh seluruh eleman dan komitmen yang tinggi dari pemerintah, dengan mengutamakan pemberdayaan potensi kawasan perbatasan yang meliputi unsur sumber daya manusia, sumber daya alam, dan unsur nilai-nilai kearifan local serta kebudayaan daerah. Serta perlu adanya kemauan dan pemahaman bersama untuk percepatan pengembangan kawasan perbatasan agar tidak ada tumpang tindih kebijakan dan aturan serta program dari semua kementerian/lembaga terkait dalam pengelolaan perbatasan.