The Japanese Macaque atau kera/monyet Jepang termasuk spesies monyet asli Jepang. Monyet Jepang ini juga memiliki julukan ”Snow Monkey” karena dapat hidup di daerah bersalju. Uniknya monyet ini memiliki kebiasaan mandi bareng di sumber air panas dan main bola salju

Hewan imut ini nih yang menginspirasi tokoh Pikachu di anime Pokemon. Emang kawaii sih >.<. Northern Pika merupakan spesies dari Pika, hampir mirip tikus tapi bukan tikus loh ya . Hewan ini tinggalnya di daerah pegunungan. Untungnya populasi Northern Pika masih stabil, tidak terancam punah.

Sidat jepang (Anguilla japonica) adalah sejenis sidat dari familia Anguillidae yang ditemui di Jepang, Korea, Vietnam, Laut Cina Timur dan Filipina utara. Seperti sidat-sidat lainnya, sidat jepang adalah ikan katadromus, menghabiskan sebagian hidupnya di air tawar dan air laut. Sidat jepang diketahui memiliki sisik terkecil di dunia. Sidat Jepang dalam bahasa Jepang biasa disebut Unagi

Bajing atau tupai jepang (Sciurus lis) adalah spesies endemik di Jepang. Bajing jepang tersebar di Pulau Honshū, Shikoku, dan Kyūshū. Baru-baru ini, populasinya di Honshu bagian barat daya dan Shikoku menurun, dan yang di Kyushu lenyap. Salah satu penyebab punahnya spesies ini adalah pembalakan liar oleh kegiatan manusia

Kucing iriomote (Prionailurus bengalensis iriomotensis) adalah subspesies kucing kuwuk yang endemik di Pulau Iriomote, Jepang. Pulau ini merupakan habitat terkecil dari semua jenis kucing liar di dunia.. Kucing iriomote masuk ke dalam kategori Kritis oleh IUCN sejak tahun 2008, karena populasinya berjumlah kurang dari 250 ekor dan terus menurun, serta semua individu hanya berada dalam satu subpopulasi. Pada tahun 2007, diperkirakan hanya ada 100–109 individu yang tersisa.
Sekarang kira kira tinggal berapa ya?

Burung ini telah punah dari sebagian besar habitat aslinya . Hingga abad ke-19, Ibis Jepang dapat ditemukan di berbagai tempat di Asia Timur, namun populasinya menyusut drastis pada awal abad ke-20. Populasi dalam program konservasi (data September 2009): RRC: sekitar 600 ekor, Jepang: 112 ekor, Korea Selatan: 2 ekor.
Ibis Jepang mempunyai nama Nipponia nippon menjadikan burung ini sering dipakai sebagai simbol Jepang. Meskipun demikian, Nipponia nippon bukan burung nasional Jepang (Phasianus versicolor adalah burung nasional Jepang)

adalah hewan yang dilaporkan ada di Jepang tapi belum pernah bisa dibuktikan. Bentuknya seperti ular namun berperut gendut mirip botol dengan ekor yang kecil mirip ekor tikus. Hewan ini dilaporkan pernah "dilihat" saksi mata di berbagai tempat di Jepang, kecuali di Hokkaido dan Kepulauan Ryukyu. Hingga kini, tsuchinoko belum pernah berhasil ditangkap orang karena saksi mata menjadi takut, atau hewan ini lebih dulu melarikan diri.
Di daerah Kanto, penduduk menyebutnya sebagai bachihebi. Beberapa pemerintah daerah di Jepang menawarkan hadiah uang dalam jumlah besar bagi orang yang berhasil menangkap tsuchinoko. Hadiah uang sebesar 100 juta yen pernah ditawarkan kota Itoigawa, Niigata.