Seperti agama-agama besar lainnya yang mengalami skisma (perpecahan) besar, demikian juga Manichaeisme. Meskipun kita tidak memiliki catatan yang cukup memadai mengenai skisma besar Manichaeisme ini, namun setidaknya kita memperoleh gambaran yang cukup bisa dipahami terkait skisma besar ini.

Seperti yang telah kita bahas sebelumnya, Manichaeisme tersebar jauh ke timur (Afghanistan, Pakistan, India, hingga Cina) dan jauh ke barat (Syria, Mesir, Libia, Yunani, hingga Romawi) dari gereja induknya di Persia, yaitu Gereja Manichaean Babylonia yang terletak di Mahoze (Al-Mada'in). Menurut tradisi Manichaeisme, penyebaran Manichaeisme ke timur dipelopori oleh rasul Mani yang bernama Ammo (w. ?), sedangkan penyebaran ke barat dipelopori oleh rasul Mani yang bernama Adda (w. ?). Masih menurut tradisi, Ammo menyebarkan Manichaeisme sampai ke Tu-lu-fan (Turpan), sedangkan Adda menyebarkan Manichaeisme sampai ke Roma. Keduanya juga membangun gereja pusat yang berada di bawah otoritas langsung Gereja Manichaean Babylonia yang dikepalai oleh Archegos/Risgola Hinna. Ammo membangun Gereja Manichaean Sogdiana di Sogdiana yang terletak di wilayah Uzbekistan, sedangkan Adda membangun Gereja Manichaean Alexandria di Alexandria yang terletak di Mesir. Berdasarkan analisis sejarah, penyebaran ke barat lebih cepat dibandingkan penyebaran ke timur, akan tetapi eksistensi Manichaeisme di barat jauh lebih singkat daripada di timur (lihat bab Persebaran Manichaeisme ke Barat). Sejak kematian Mani sampai sekitar tahun 370an, Manichaeisme menjadi agama mayoritas di sepanjang tepi pantai Afrika utara, membentang dari Alexandria, Kirene, Karthago, Calama, Mileve, Numidia, Hippo, dstnya. Di seberangnya, Eropa timur, meskipun tidak mendominasi, namun Manichaeisme dianggap sebagai ancaman bagi gereja-gereja di Yunani dan Italia. Setidaknya, mereka membentuk komunitas dan sempat membangun gereja pula di Roma, Milan (Mediolanum), Tesalonika, dan Syrmia serta Pannonia. Begitupula kepulauan seperti Sisilia, Sardinia, dan Corsica. Belum lagi di Syria yang juga sangat banyak berdiri gereja-gereja Manichaean, seperti di Philadelphia (Amman), Damaskus, Palmyra/Zenobia, Kilikia, Edessa, dan Nisibis. Sepanjang 100 tahun pertama Manichaeisme ini, komunitas Manichaean di barat senantiasa berpolemik dengan komunitas Kekristenan. Tidak lama di tahun 420-430an, Manichaejsme mengalami kemunduran pesat di tepian Afrika utara dan Eropa timur. Setidaknya untuk di Afrika utara, hanya tersisa Gereja Manichaean Alexandria yang menjadi pusat Manichaean di barat. Di Eropa timur nyaris tidak lagi ditemui jemaat Manichaean. Komunitas Manichaean hanya bertumbuh di Mesir dan Syria, meskipun tidak sepesat seperti di awalnya.

Hal ini berbanding terbalik dengan persebaran di timur. Jika komunitas Manichaean di barat sering terlibat polemik sektarian dan konflik dengan Kekristenan, namun komunitas Manichaean di timur cenderung lebih adem. Selama 30 tahun pertama, komunitas Manichaean di pusatnya (Babylonia) mengalami persekusi oleh pemerintah Sassan dan dikucilkan oleh komunitas Zoroastrian. Dan pada 30 tahun pertama itu, Gereja Manichaean Sogdiana berdiri dan menampung jemaat-jemaat pengungsi dari Persia dan Mesopotamia (Iran dan Iraq). Selama 100 tahun pertama, hanya diketahui Gereja Manichaean Sogdiana yang berdiri di wilayah timur, tepat di tepian Jalur Sutra. Pada abad ke-9, Ibnu Nadim mencatat bahwa bangunan Gereja Manichaean Sogdiana sangat indah dan arsitekturnya bergaya Parthia, dihiasi dengan taman-taman bunga yang luas dan tiang-tiang putih besar, dengan tangga memanjang berbentuk punden. Keberadaan gereja ini sangat mencolok di jalur perdagangan bersejarah itu. Akan tetapi, keberadaan gereja-gereja Manichaean di timur sepanjang abad ke-3 ini hanya sedikit. Pada 100 tahun pertamanya itu, hanya Sogdiana yang diketahui telah terbangun gereja Manichaean. Pada abad selanjutnya, setidaknya telah terdapat 3 (tiga) gereja Manichaean, yaitu di Bactria (Balkh), Transoxiana (Amu Darya), dan Taxila (Takshashila). Keberadaan gereja Manichaean di timur menggemuk di abad ke-5. Manichaeisme telah tersebar dan membangun gereja-gereja di Arachosia, Margiana (Merv), Fergana, Indus (Sindhu), dan Mathura. Ke arah timur laut, gereja Manichaean ditemukan di tanah Shaka (Sargat, Massagetae, Kangju, Wusun, Khotan). Tidak lama setelah Islam muncul, bangsa Uyghur melakukan konversi besar-besaran dari Taoisme menjadi Manichaeisme. Orang-orang Uyghur membangun kuil-kuil Manichaean di Shaoxing, Yangzhou, Nanjing, dan Jingzhou sejak tahun 768. Di masa pemerintahan Dinasti Tang abad ke-10, Kuil Manichaean Cao'an telah terbentuk di Fujian, daerah paling timur di Cina. Meskipun mereka minoritas di Cina, namun perlu dipertimbangkan pula bahwa komunitas Buddhis tampak terbuka dengan Manichaean. Tidak jarang ditemui sinkretisme antara Buddhisme dengan Manichaeisme. Belum lagi dengan banyaknya penganut Manichaean timur yang menjadi pertapa pengembara, dimana mereka tergerak oleh gerakan pertapaan Śramaṇa yang memungkinkan mereka luwes berinteraksi dengan Buddhis. Berbagai karya seni Manichaean di timur ditemukan berlimpah-ruah sepanjang abad ke-5 sampai ke-10. Mulai dari kaligrafi, anyaman, motif kain, hingga lukisan dan patung "Trio Buddha-Yesus-Mani" ditemukan. Bahkan, keterbukaan masyarakat Buddhis terhadap Manichaeisme ini tidak mengganggu doktrin-doktrin ortodoksi Buddhisme, meskipun memang tidak dapat disangkal pula jika sinkretisme Buddhisme-Manichaeisme tidak dapat dihindari sebagai konsekuensi dari inklusifitas. Setidaknya, untuk gereja-gereja Manichaean di timur selain Cina ini merupakan gereja-gereja asuhan Gereja Manichaean Sogdiana. Dalam catatan-catatan timur, terutama Persia dan Cina, nama Ammo lebih banyak ditulis daripada Adda. Beberapa sutra berbentuk dialog antara Mani dan Ammo juga ditemui, media penyampaian dalam bentuk dialog dua arah ini lebih menarik bagi masyarakat timur ketimbang penyampaian dalam bentuk khotbah/orasi yang relatif searah seperti di masyarakat barat.

Pada abad ke-7, Islam muncul dan secara mengejutkan terjadi perubahan geopolitik yang sangat cepat. Kaum Muslim awal menaklukan berbagai wilayah utama Jalur Sutra di Timur Tengah. Wilayah-wilayah penting Byzantium di Timur Tengah berhasil direbut, mulai dari Yerusalem, Alexandria, Syria, termasuk Edessa dan Nisibis, bahkan sejauh Armenia. Demikian juga seluruh wilayah kedaulatan Sassan berhasil direbut, sehingga mengakhiri eksistensi kemaharajaan Sassan selama lebih dari 3 (tiga) abad. Pada tahun-tahun selanjutnya, pengaruh Arab mendominasi Persia dan Mesopotamia. Hingga abad selanjutnya, dinasti 'Abbasiyyah berhasil membangun peradaban baru dan menjadi pusat filsafat dan ilmu pengetahuan, termasuk diskursus seputar teologi (kalam) dan polemik sektarian (firaq/firqah). Jemaat Manichaean juga turut terlibat dalam diskursus kalam dan polemik firqah, yang kelak juga menimbulkan skisma. Setidaknya, skisma Manichaean terbagi menjadi 2 (dua) skala:

1. Skisma minor (yang berakhir kemenangan satu pihak);
   
2. Skisma mayor (yang berakhir pada keterpisahan berkelanjutan).

Skisma minor yang tercatat terjadi di masa-masa awal penaklukan Muslim awal. Ibnu Nadim mencatat pada masa pemerintahan khalifah Al-Walid bin 'Abdul-Malik dari dinasti 'Umayyah (memerintah: 705-715), terjadi skisma Manichaean antara 2 (dua) kubu:

1. Kubu Al-Mihriyyah di Mahoze (Al-Mada'in) yang memegang gereja induk, Gereja Manichaean Babylonia;
   
2. Kubu Al-Miqlashiyyah di Denavar (Dinawar) yang memegang Gereja Manichaean Denavar.

Penyebutan nama/istilah kedua kubu ini oleh Ibnu Nadim berdasarkan kesaksian tokoh-tokoh Manichaean sendiri, dimana nama Al-Mihriyyah artinya "Pengikut Mihr/Mehra". Mehra (w. ?) adalah seorang uskup besar Manichaean yang menjadi Archegos/Risgola yang hidup di masa pemerintahan Al-Walid bin 'Abdul-Malik. Sedangkan nama Al-Miqlashiyyah artinya "Pengikut Miqlash/Miklas". Miklas (w. ?) juga adalah seorang uskup besar Manichaean yang menjadi kepala patriarkh Gereja Manichaean Denavar. Ibnu Nadim mencatat bahwa skisma ini berpusat pada topik seputar masa jabatan seorang Archegos/Risgola. Sepeninggal Mani, seorang yang terpilih menjadi Archegos akan menjabat jabatan tsb hingga meninggal. Tradisi ini dianggap sebagai bentuk penghormatan atas kemartiran/kesyahidan Sisin (w. circa 291/292), Archegos pertama. Sisin wafat terbunuh atas perintah Maharaja Bahram II dari Dinasti Sasan (memerintah: 274-293) ketika persekusi terhadap Manichaean memuncak. Kematiannya tidak hanya diimani sebagai martir, namun juga dijadikan hari besar/perayaan keagamaan oleh Manichaean, yaitu Puasa Ganda. Sehingga, jabatan Archegos menjadi sakral, dan seorang Archegos dianggap sebagai bentuk pengabdian seumur hidup seorang Elect kepada jemaat Manichaean. Pandangan ini ditolak oleh uskup Miklas dari Denavar, dimana Miklas menuntut agar diadakan konsili untuk menentukan masa jabatan Archegos. Tidak jelas motif penolakan tsb, namun banyak sejarahwan bersepakat skisma ini adalah konflik perebutan/pewarisan jabatan Archegos. Bisa jadi, Miklas tidak senang dengan Mehra dan ingin menjadi Archegos, atau bisa juga Mehra sendiri yang memimpin cukup sewenang-wenang. Ibnu Nadim mencatat bahwa ada seorang mantan sekretaris/panitera Mehra yang bernama Zoht-Hormizd/Zad Hurmuz yang membelot kepada Miklas. Zoht-Hormizd pada mulanya adalah seorang Hearer yang kaya-raya. Namun, dia menyerahkan seluruh harta-bendanya secara sukarela kepada Jenderal Al-Hajjaj bin Yusuf Ats-Tsaqafi (w. 714) yang waktu itu masih berkantor di Al-Mada'in, dan dia memilih menjadi Elect. Sejak itu, Zoht-Hormizd mengabdi menjadi panitera di Gereja Manichaean Babylonia. Zoht-Hormizd kemudian berkawan akrab dengan Al-Hajjaj. Dengan harta yang dia hibahkan kepada Al-Hajjaj itu, Al-Hajjaj berhasil merebut Khorasan. Sebagai balas jasanya, Al-Hajjaj mendirikan Gereja Manichaean Khorasan untuk Zoht-Hormizd. Dia pun menjadi uskup di gereja tsb. Ketika polemik dimulai antara Mehra dan Miklas, Zoht-Hormizd merasa lebih condong kepada pendapat Miklas bahwa jabatan Archegos seharusnya tidak seumur hidup. Dia menulis surat kepada Miklas yang berisi pernyataan untuk bersekutu dengannya (semacam bai'at). Sepeninggal Zoht-Hormizd, Gereja Manichaean Khorasan sepenuhnya pro dengan Miklas.

Skisma minor antara Al-Mihriyyah dengan Al-Miqlashiyyah berakhir dengan kemenangan kubu Al-Mihriyyah di masa pemerintahan khalifah Al-Manshur dari 'Abbasiyyah (memerintah: 754-775). Kemenangan ini diraih berkat Abu Hilal Ad-Daihuri (w. ?). Daihuri adalah uskup Gereja Manichaean Selucia-Ctesiphon. Dia memindahkan Gereja Manichaean Babylonia dari Al-Mada'in ke Tesifon/Ctesiphon (Thaisafun). Tidak diketahui bagaimana caranya dia memenangkan rivalitas skisma minor ini, apakah melalui perdebatan publik atau dengan kekuatan politik kedekatan dengan khalifah Al-Manshur. Yang jelas, Daihuri kemudian menjadi Archegos. Namun, Ibnu Nadim mencatat bahwa persatuan kembali Manichaean ini tidak berlangsung lama. Di masa kepausan Daihuri, terdapat seseorang bernama Bozurmehr (w. ?) yang saat itu dianggap melakukan bid'ah oleh Daihuri. Dia banyak menciptakan ritual dan peraturan tarekat baru dalam Manichaeisme. Dia membangun sekte/persekutuan sendiri, dan sektenya terus berkembang. Bidat Bozurmehr ini berhasil ditumpas oleh Abu Sa'id Raha (w. ?), Archegos Gereja Manichaean di masa pemerintahan khalifah Al-Mahdi (memerintah: 775-785). Tidak jelas apakah maksud dari ditumpas itu dibunuh, dihancurkan, diadili, atau dikalahkan dalam debat.

Kemenangan Al-Mihriyyah atas Al-Miqlashiyyah pada skisma minor telah berevolusi menjadi skisma mayor. Sepanjang abad ke-7 dan ke-8, secara bertahap keduanya telah terbentuk mazhab berbeda. Ibnu Nadim mencatat kedua mazhab tsb adalah mazhab Babili (Babylonia) yang ortodoks dan mazhab Dinawari (Denavar) yang puritan. Pada tahun 808, ditemukan sebuah surat dari Gereja Manichaean Sogdiana di Sogdiana kepada Gereja Manichaean Babylonia (gereja pusat) di Seleucia-Ctesiphon yang mengecam keras doktrin-doktrin Babili. Dari surat tsb, diketahui bahwa Gereja Manichaean Sogdiana yang menjadi pusat penyebaran Manichaeisme di timur menganut mazhab Dinawari. Pada intinya, mazhab Dinawari meyakini hal-hal sebagai berikut:

1. Bahwa Gereja Manichaean Babylonia sebagai gereja pusat dituduh telah menyimpang dari ajaran Manichaeisme. Penyimpangan tsb di antaranya: (1) tidak lagi konsisten dalam melaksanakan sembahyang harian (agapta); (2) banyak Elect yang melanggar pantangan, termasuk menuduh mereka mengkonsumsi daging seperti Muslim; dan (3) melelang jabatan Archegos. Penyimpangan ini dalam pandangan mereka adalah disebabkan karena mereka terlalu mengadopsi terlalu banyak budaya Arab dan terlalu dekat dengan penguasa 'Abbasiyyah;
   
2. Bahwa The Hearers memiliki kesempatan sama dengan The Elects secara spiritual, yaitu bahwa seorang Hearer tetap dapat membebaskan diri dari kebinasaan, dapat membebaskan roh terangnya dari kuasa roh gelap, selama mereka bertekad untuk melaksanakan seluruh ibadah dan syari'at Manichaeisme meskipun tidak mampu melaksanakan semuanya. Hal ini didasari atas kepercayaan bahwa Nabi Mani telah memberikan kesempatan yang sama kepada jemaat-jemaatnya di masa kenabiannya dulu;
   
3. Bahwa Puasa Ganda pada Puasa Lima Hari adalah ajaran yang baru diadakan sepeninggal Nabi Mani dan tidak pernah diajarkan oleh Mani. Gereja Manichaean Babylonia selama ini telah mengkultuskan kemartiran Sisin yang dinilai tidak berhubungan dengan kesalehan/kezuhudan yang diajarkan oleh Nabi Mani;
   
4. Ammo merupakan rasul utama Mani dan membawakan ajaran Nabi Mani yang masih murni. Mazhab ini meyakini bahwa Gereja Manichaean Babylonia telah terpengaruh oleh agama Islam dan budaya Arab, sehingga mereka telah dianggap menyimpang dari "ajaran terang". Dalam sudut pandang sosio-relijius, mazhab Babylonia dikategorikan sebagai Manichaean ortodoks, sedangkan mazhab Denawari dikategorikan sebagai Manichaean puritan. Mengenai perpecahan ini akan dijelaskan lebih rinci nanti. Sekarang kita melihat persebaran Manichaeisme ke barat yang memberikan dampak besar bagi perkembangan Kekristenan.