Di antara menteri hasil reshuffle jilid II yang paling mengundang kontroversi adalah Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan (Menko Polhukam) Wiranto. Sepak terjang masa lalu di militer menjadi alasan utama resistensi tersebut. Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan (KontraS) mengatakan nama Wiranto masuk di dalam sebuah laporan khusus setebal 92 halaman yang dikeluarkan oleh Pengadilan Distrik Dili yang disponsori Badan Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) di bawah mandat “Serious Crimes Unit”.

Laporan itu menyatakan bahwa mantan ajudan Presiden Soeharto pada 1987-1991 ini gagal untuk mempertanggungjawabkan posisinya sebagai komandan tertinggi dari semua kekuatan tentara dan polisi di Timor Leste untuk mencegah terjadinya kejahatan terhadap kemanusiaan, serta saat itu ia juga dianggap gagal menghukum para pelaku.

Tiga organisasi HAM lain juga mempermasalahkan Jenderal Wiranto terkait kasus serupa yakni Tapol yang berbasis di Inggris, ETAN (East Timor and Indonesia Action Network), dan Watch Indonesia!.

Dalam laman resmi ETAN, John M. Miller, Rabu (27/07/2016), menyebut penunjukan Wiranto sebagai “penghinaan”. Dia menambahkan, “Jokowi jelas-jelas mengabaikan semua tuntutan terkait akuntabilitas dan keadilan untuk penjahat HAM masa lalu.”

“Presiden Jokowi harus membatalkan keputusan terkait Wiranto dan membawanya ke pengadilan,” kata Basilisa Dengen from Watch Indonesia!.

“Dengan memasukkan pelanggar HAM ke jabatan kunci terkait kemanan, Presiden Jokowi telah melukai rasa keadilan,” imbuh Adriana Sri Adhiati dari TAPOL.

Oleh sebab itu, ketiga organisasi HAM tersebut sepakat menyerukan supaya Presiden Jokowi membuktikan komitmennya untuk menjunjung tinggi hak asasi manusia dan menyelesaikan pelanggaran HAM di masa lalu.

Benarkah PBB anggap Wiranto penjahat HAM?
Wiranto sendiri menolak asumsi bahwa dirinya merencanakan kejahatan kemanusian. “Saya berani bersumpah di hadapan seluruh rakyat Indonesia bahwa saya selaku Menhankam/Pangab sewaktu proses jajak pendapat di Timor Timur itu berlangsung tidak pernah terpikir merencanakan. Apalagi, memerintahkan untuk melakukan berbagai kejahatan seperti pembunuhan, penyiksaan, penculikan dan pengusiran atau langkah-langkah lain yang dianggap sebagai suatu kejahatan terhadap kemanusiaan,” ucap Wiranto saat konferensi pers di Jakarta pada 26 Februari 2003.

Dalam kesempatan tersebut, Wiranto menegaskan pula bahwa tim kuasa hukumnya tidak menemukan satu pun produk hukum dari PBB yang menyatakan dirinya dan rekan-rekannya sebagai penjahat kemanusiaan.

Dari hasil penelusuran, memang ditemukan semacam relis yang dikeluarkan oleh Serious Crime Unit (SCU) yang memuat “Crimes against humanity charges for former Indonesia Minister of Defence, Top Indonesian Military Commanders dan East Timor Governor”.

Wiranto membantah jika SCU adalah bentukan resmi PBB. Menurut Wiranto, SCU didirikan oleh UNTAET (pemerintahan transisional Timor Timur bentukan PBB) sebagai bagian dari kantor Kejaksaan Agung Timor Timur yang didirikan di bawah UUD Republik Demokratik Timor Leste. “Artinya, SCU dibentuk guna kepentingan pengadilan Timor Timur sendiri, serta berlaku untuk warga Timor Timur. SCU bukan representasi PBB untuk urusan pengadilan internasional,” tegas Wiranto.

Pada Mei 2004, BBC pernah memuat laporan terkait kasus ini dengan judul Wiranto warrant in doubt. Dalam laporan tersebut, pemerintah Timor Leste melalui jaksa agung, Longuinhos Monteiro, justru meminta surat penangkapan tersebut dicabut. Pemerintah Timor Leste justru yang secara serius ingin kasus ini dihentikan.

Pemimpin Timor Leste dinilai khawatir permasalahan ini akan mengganggu usaha untuk membangun kembali hubungan baik dengan Indonesia.

Dalam draft yang dikeluarkan oleh International Crisis Group yang diterbitkan di Dili/Brussels, 18 April 2011 disebutkan bahwa PBB lepas tangan terkait perintah penangkapan Wiranto dengan tuduhan melakukan kejahatan serius. PBB tak ikut ambil bagian dengan dalih bahwa surat penangkapan tersebut adalah produk hukum lokal. Jaksa agung saat itu juga dilaporkan mengubah surat dakwaan. Dia membantah melakukannya atas tekanan politik.

Nama Wiranto juga tidak pernah masuk dalam daftar buronan pihak Interpol. Panel khusus tersebut juga akhirnya ditutup dan hanya bisa mengadili tiga kasus kejahatan berat, yang Wiranto luput darinya.

Penolakan penunjukan dirinya sebagai Menko Polhukam oleh sejumlah pihak dianggap sebagai opsi yang biasa oleh Wiranto. “Itu biasa, setiap saya muncul selalu ada reaksi seperti itu (penolakan),” ujarnya di Kantor Kemenko Polhukam, di Jakarta