Aplikasi antrian gratis biasa nya tidak menawarkan bantuan apabila suatu saat terjadi masalah pada saat menggunakan aplikasi. Sedangkan aplikasi antrian berbayar, biasanya menyediakan customer service apabila terjadi masalah pada sistem dan dapat memberikan bantuan teknis. Hal ini harus dipertimbangkan jika workflow usaha yang anda miliki sangat bergantung pada sistem antrian yang bebas masalah. Masalah pada instalasi juga biasanya menjadi hal yang harus dipertimbangkan, hardware apa saja yang dibutuhkan dan bagaimana cara kerja aplikasi yang kadang sulit untuk dimengerti oleh orang awam.

Setiap aplikasi pasti memerlukan sumber daya untuk pengembangannya dan maintenance, aplikasi antrian berbayar mendapatkan sumber daya tersebut dari uang yang dibayarkan oleh pelanggannya. Aplikasi antrian yang gratis biasanya mendapatkan sumber daya nya dari iklan dan donasi. Aplikasi antrian gratis bias saja pemgembangan dan maintenance nya berhenti karena tidak memiliki sumber daya yang cukup untuk melakukan nya. Sistem antrian biasanya juga dilihat oleh pelanggan, akan mengganggu apabila terdapat iklan pada saat pelanggan sedang mengambil nomor antrian.

Aplikasi antrian gratis biasanya tidak menyediakan atau menjual hardware yang memang sudah disiapkan untuk digunakan dalam sistem antrian. Anda harus menyiapkan sendiri hardware yang dibutuhkan, hal ini memiliki resiko hardware yang anda beli tidak dapat menjalankan aplikasi antrian gratis tersebut. Sedangkan pada sistem antrian berbayar, biasanya hardware dan softwarenya dijual secara paket ataupun jika hanya softwarenya, pelanggan akan diarahkan untuk membeli hardware dengan spesifikasi yang cocok.