Squaresoft berencana untuk membuat sequel terbaru bernama Chrono Break dan telah mendaftarkan merek dagang nama game tersebut di Amerika Serikat, Eropa, dan Jepang. Akan tetapi, Squaresoft membatalkan proyek tersebut karena banyak pengembang game serial Chrono sebelumnya yang mengundurkan diri dari perusahaan Squaresoft. Menurut produser Square Enix (nama perusahaan sekarang), Hiromichi Tanaka pada tahun 2007 berkata bahwa serial Chrono tidak dapat dilanjutkan apabila orang - orang yang terlibat dalam game serial Chrono sebelumnya tidak diikutsertakan, sehingga membuat jiwa alur cerita game serial Chrono akan hilang.
Kembali tentang game Chrono Cross. Game ini hanya dapat dimainkan oleh satu orang dengan karakter protagonis yang wajib dimainkan bernama Serge (nama aslinya). Nama karakter yang dapat dimainkan dalam permainan ini dapat kita ubah sesuka kita selama jumlah karakter tidak melebihi batas yang ditentukan. Dalam permainan, pemain menggunakan hingga 3 karakter sekaligus dalam 1 tim seperti halnya game - game RPG buatan Squaresoft sebelumnya. Pemain dapat pula mengganti susunan anggota tim-nya hanya pada tempat - tempat tertentu dimana pemain dapat menyimpan hasil permainannya seperti pada peta dunia Chrono Cross atau meletakkan karakter di dalam piramida kecil berwarna hijau yang diberi nama Record of FATE. Jumlah karakter yang dapat dimainkan berjumlah 45 karakter ditambah 3 karakter lain dalam extra game setelah pemain menyelesaikan permainan ini.

Sistem pertarungan game RPG ini tergolong unik pada saat itu. Seperti permainan RPG pada umumnya, pemain akan bertarung apabila grup pemain menyentuh musuh atau setelah dialog alur cerita antara karakter yang dimainkan pemain dengan karakter musuh selesai dan karakter harus melawan lawannya untuk melanjutkan permainan. Yang menjadikannya unik adalah, setelah pemain memilih lawan untuk menyerang, pemain harus memilih satu dari tiga kekuatan pukulan serangan. Semakin kuat serangan, semakin kecil peluang serangan mengenai dan melukai musuh. Peluang serangan dapat mengenai musuh akan meningkat apabila serangan sebelumnya dapat mengenai musuh dalam sekali serangan. Kemudian, penggunaan jurus - jurus setiap karakter yang dinamakan "Element" hanya dapat digunakan sekali dalam setiap pertarungan kecuali beberapa jurus penyembuh tertentu yg dapat menghilang jumlahnya jika dipakai atau menggunakan jurus tertentu agar semua jurus dapat digunakan kembali. Element yang digunakan pemain memiliki warna - warna tertentu sebagai simbol elemen jurus yang digunakan. Kekuatannya akan meningkat apabila jurus dengan elemen tertentu bertemu lawan elemen jurusnya. Kemudian pada akhir permainan, pemain akan mendapatkan Element unik yang penggunaannya sangat khusus yang bernama "Chrono Cross" yang namanya merupakan nama video game ini. Biasanya, game RPG memiliki sistem level yaitu penanda bahwa kekuatannya telah meningkat setelah melawan musuh - musuh dan telah memenuhi poin experience untuk menambah poin level untuk meningkatkan kekuatan karakter yang dapat dimainkan, akan tetapi, pada Chrono Cross. Level pemain tidak bertambah berdasarkan jumlah poin experience untuk meningkatkan poin level, melainkan dengan melawan musuh terkuat pada setiap tempat - tempat tertentu yang disebut Boss. Apabila pemain berhasil mengalahkan musuh, kekuatan pemain akan meningkat pula tanpa harus meningkatkan level, tetapi dalam jumlah yang lebih sedikit.

Berdasarkan cerita dalam permainan ini, Serge adalah seorang remaja 17 tahun (berdasarkan data diri dalam game) dari desa nelayan bernama Arni, di kepulauan El Nido. Serge hidup dengan damai seperti biasanya, kemudian pada suatu pagi, Serge menemui tetangganya, gadis teman lamanya bernama Leena yang mana telah ia janjikan membuat kalung dari sisik bernama Komodo (bukan komodo di dunia nyata) tetapi Serge lupa karena bangun tidur kesiangan. Serge menyetujui permintaan gadis tersebut untuk mendapatkan sisik hewan tersebut lalu menemuinya di pantai bernama Opassa. Saat menemui Leena di pantai, mereka berdua berbincang sebentar, tiba - tiba Serge mendengar ada yang memanggilnya tetapi hanya dia yang dapat mendengar suara tersebut. Setelah itu, tiba - tiba ia pingsan dan gadis teman lamanya menghilang. Setelah kembali ke desa-nya, ia menemukan bahwa desanya berubah dalam waktu sekejap. Serge kemudian menemui Leena kembali, tetapi Leena berkata bahwa Serge sebetulnya sudah meninggal 10 tahun lalu karena diterkam macan hitam. Tidak memepercayai hal tersebut, dia mendatangi tanjung berjurang dan melihat tulisan batu coral di tanjung tersebut menunjukkan bahwa Serge telah meninggal 10 tahun lalu. Kemudian, seseorang mendatanginya untuk menangkap dirinya, saat itu pula seorang gadis bernama Kid muncul membantu Serge melawan orang yang ingin menangkapnya. Setelah itu, mereka bertualang untuk mencari fakta yang sesungguhnya tentang keanehan tersebut. Game ini memiliki beberapa ending berdasarkan alur cerita yang pemain jalani, dikatakan bahwa terdapat 12 ending yang dapat diraih pemain.

Game ini mendapatkan respon positif yang luar biasa dari para penggila game di seluruh dunia karena keunikan cara bermain permainan ini, detail grafis 3 dimensi yang sangat bagus pada saat itu, serta alur cerita yang menyentuh, efek suara, latar suara dan latar belakang permainan yang memukau, serta mengandung unsur filosofi yang dalam dan men-satirkan keadaan di dunia nyata. Berikut adalah hasil penilaian game ini dari beberapa kelompok kritikus.