Pada tahun 20017 (7 tahun setelah perang), Jepang mengalami kekalhan dan dikuasai oleh Kerajaan Britania. Kemenangan Britania melawan Jepang, karena memiliki senjata robot yang diberi nama "Knightmare".

Setelah kekalahannya dari Kerajaan Britania, warga Jepang kehilangan hak, kebebasan, harga diri, bahkan nama mereka. Seluruh warga jepang yang masih hidup tidak boleh menggunakan nama Jepang. Untuk nama penduduk Jepang diganti menjadi "Eleven" dan Negara Jepang diganti menjadi "Area 11".

Lelouch Lamperouge seorang pemuda Britania yang sekolah di Area 11 sebenarnya seorang pangeran Britania (Lelouch vi Britania) yang dihapus ingatannya dan dibuang ke Area 11 oleh Ayahnya (Charles zi Britania) setelah kematian Ibunya (Marianne vi Britannia). Lelouch yang akhirnya hidup di Area 11 bersama adiknya Nunally yang buta dan lumpuh setelah menyaksikan kematian Ibunya.

Suatu ketika Lelouch bertemu dengan seorang gadis misterius bernama "C.C" (dibaca : C-two). Setelah pertemuannya dengan C.C, Lelouch berhasil mendapatkan ingatan masa lalunya dan mendapatkan kekuatan Geass (Kekuatan Raja). Setelah mendapatkan kekutan dan ingatan masa lalunya, Lelouch berjanji di depan teman masa kecil "Kururugi Suzaku" untuk menghancurkan Kerajaan Britania dengan tangannya sendiri.

Lelouch Lamperouge yang memiliki nama asli Lelouch vi Britania, seorang pelajar di Ashford Academy yang dikenal oleh teman-temannya sebagai laki-laki yang santai, pintar, lemah dalam hal atletik, dan sering bolos untuk berjudi (dengan catur) melawan bangsawan Britania.

Namun jati diri Lelouch yang sebenarnya adalah seorang pangeran Britania sekaligus pemimpin "Kuro no Kishidan" (Pemberontak Britania). Untuk memimpin Kuro no Kishidan, Lelouch menyamar sebagai "Zero". Hal ini dikarenakan Anggota Kuro no Kishidan adalah Eleven (Warga Jepang) yang ingin memerdekakan Jepang dan Hak-nya sebagai warga Jepang.

Kururugi Suzaku merupakan sahabat Lelouch sejak kecil dan seorang juga anak dari mantan perdana mentri Jepang (Kururgi Genbu). Meskipun Suzaku seorang eleven, dia lebih memilih menjadi seorang tentara Britania, Setelah menjadi tentara Britania, Suzaku dipilih oleh Liyod untuk menjadi seorang pilot Knightmare (Lancelot) yang memiliki tekhnologi lebih canggih dari Knightmare lainnya.

Dalam pertempuran melawan Kuro no Kishidan, Suzaku dikenal dengan nama "Shiroi Shinigami" karena Knightmarenya sangat kuat dan cepat. Dalam pertempuran melawan Kuro no Kishidan, Suzaku tidak mengetahui bahwa sosok Zero yang dilawannya merupakan sahabatnya sendiri (Lelouch).

C.C merupakan seorang gadis miterius yang memberikan kekuatan Geass kepada Lelouch. Nama asli C.C. hanya diketahui oleh Lelouch saja (tidak disebutkan dalam anime). Meski memiliki wajah seperti gadis 16 tahun, sebenarnya C.C. telah hidup selama ratusan tahun. C.C sangat setia kepada Lelouch.

Kallen Stadtfeld atau Kouzuki Karen memiliki darah campuran Britania dan Jepang. Namun Karen lebih memilih menjadi seorang warga Jepang karena kebenciannya pada Britania. Selain itu Karen merupakan tangan kanan Zero sekaligus rival Suzaku. Karen berhasil menjadi lawan yang seimbang melawan Suzaku dengan Knightmarenya "Guren Nishiki" yang memiliki kecepatan dan kekuatan yang sama dengan Lancelot.