Untuk software jenis lain, mungkin fitur dan modul menjadi bahan pertimbangan terpenting. Tetapi khusus untuk software akuntansi dan keuangan, faktor keamanan sistem adalah yang terpenting. Di perusahaan (bisnis) manapun, data akuntansi dan keuangan adalah informasi vital—bukan saja harus akurat, tetapi juga harus aman (tidak sampai hilang, apalagi bocor ke luar perusahaan). Risiko ancaman keamanan menjadi semakin tinggi bagi perusahaan yang banyak melakukan pemindahan data secara online, misalnya dengan kantor cabang/pusat, divisi di luar lokasi perusahaan, terlebih-lebih bila banyak melakukan transaksi secara online dengan pelanggan.

Ada 2 sumber anacaman terhadap keamanan data akuntansi dan keuangan:

(a). Sumber Ancaman Dari Dalam (Internal Threats) – Ancaman dari dalam bisa berasal dari softwarenya itu sendiri (tidak bekerja secara akurat, conflict, sistim yang tidak stabil, bahkan tidak berfungsi), bisa juga dari usernya, manipulasi dan pencurian data misalnya. Untuk itu software akuntansi harus didukung oleh parameter dan logika kerja yang jelas sehingga menghasilan data yang akurat, menggunakan kode bahasa yang bersih (bebas conflict), stabil, dan mampu mengakomodasi sistim pengendalian intern perusahaan itu sendiri—setidak-tidaknya memiliki sistim otorisasi akases bertingkat.

(b). Sumber Ancaman Dari Luar (External Threats) – Ancaman dari luar tak kalah bahayanya, ragamnyapun cukup banyak: mulai dari spyware, trojan, virus dan berbagai jenis malware lainnya—yang bukan saja bisa merusak, tetapi juga mencuri data. Ini sangat berbahaya. Mungkin ada yang ingin mengatakan: “Bukankah software akuntansi dan keuangan memiliki data base tersendiri yang biasanya terpisah dari data lainnya di server?” Tidak sepenuhnya demikian. Kenyataannya, sebagian besar software akuntansi dan keuangan memiliki fasilitas export-import file yang bisa menjadi pintu masuknya malware. Khusus yang bertipe MRP, bahkan bisa tersinkronisasi dengan email—yang sudah terkenal sebagai pintu masuknya malware dari luar perusahaan. Software akuntansi yang bagus mesti terancang sedemikian rupa sehingga loopholes yang biasa menjadi target serangan malware samasekali tertutup. Tak kalah pentingnya, adalah ketersediaan sistem backup data.