Kasus “Papa Minta Saham” ternyata membawa buntut panjang setelahnya. Akibat dari kasus tersebut, Setya Novanto harus terpaksa turun dari kenyamanan singgasana kursi Ketua DPR RI.
Setelah kepergian Setya Novanto dari singgasana Ketua DPR, ternyata permasalahan tidak berhenti sampai disitu.

Mundurnya Setya Novanto dari jabatan sebagai Ketua DPR membuat internal DPR terbagi menjadi dua kubu, sebagian pro dengan mundurnya Novanto, sebagian lagi kontra Novanto mundur. Alhasil muncullah ide di Komisi III DPR untuk membentuk suatu Panitia Kerja (Panja) untuk mengawal kasus yang menyeret mantan Ketua DPR Setya Novanto tersebut.

Ide tersebut terlontar pertama kali pada saat Ketua Komisi III, Aziz Syamsudin, membacakan catatan dalam kesimpulan rapat mereka dengan Kejaksaan Agung. Catatan itu memuat akan dibentuknya Panja yang akan mengawasi penanganan hukum kasus Freeport.

Anggota Komisi III dari Fraksi Golkar, Bambang Soesatyo mengamini dan menyambut baik ide pembentukan panja tersebut. Ia mengatakan pembentukan panja penanganan kasus hukum Freeport bukanlah bentuk intervensi terhadap Kejaksaan Agung, melainkan merupakan bagian dari pengawasan Komisi III DPR dan bentuk solidaritas antar sesame anggota DPR.

Di sisi lain, Ruhut Sitompul, SH, politisi asal Partai Demokrat menentang secara keras adanya pembentukan Panja Freeport. “Aku bilang komisi III lebay. Kalau aku, udahlah Novanto ke laut saja," kata Ruhut. Ia pun mengatakan bahwa DPR sudah tidak memiliki wewenang lagi untuk menangani kasus ini, karena kasus ini sudah memasuki ranah hukum. DPR seharusnya sudah menyelesaikan kasus Novanto itu saat di Majelis Kehormatan Dewan.

Selain itu, Jaksa Agung, Muhammad Prasetyo pun sempat mempertanyakan catatan Aziz Syamsudin tersebut. Ia menganggap hal ini bisa membuat masyarakat berfikir DPR ingin mencampuri urusan hukum. "Proses politik sudah selesai dilakukan dengan MKD. Hukum dilakukan menurut jalurnya sendiri," kata Prasetyo.