Sejarah perlu dipahami secara utuh dan berkesinambungan. Pemahaman sejarah yang hanya dengan membaca potongan-potongan fragmen, sementara sebagian fragmen telah dipenggal dan ditutup-tutupi, akan melahirkan pemahaman menyimpang. Tidak hanya itu, bahkan bisa memutarbalikkan fakta dalam peristiwa. Hal itu terjadi di tengah bangsa ini dalam memahami sejarah pemberontakan PKI.

Dalam pandangan sejarah kontemporer yang tidak benar, PKI hanya dianggap membuat maneuver hanya tahun 1965. Itu pun juga tidak sepenuhnya diakui, sebab peristiwa berdarah itu dianggap hanya manuver TNI Angkatan Darat. Kemudian dibuat kesimpulan bahwa PKI tidak pernah melakukan petualangan politik. Mereka dianggap sebagai korban konspirasi dari TNI AD dan ormas Islam anti PKI seperti NU dll.

Pemberontakan PKI pertama kali dilakukan tahun 1926, kemudian dilanjutkan dengan Pemberontakan Madiun 1948 dan dilanjutkan kembali pada tahun 1965 adalah suatu kesatuan sejarah yang saling terkait. Para pelakunya saling berhubungan. Tujuan utamanya adalah bagaimana mengkomuniskan Indonesia dengan mengorbankan para ulama dan aparat negara.

Pemberontakan Madiun 1948 yang dilakukan PKI beserta Pesindo dan organ kiri lainnya menelan ribuan korban baik dari kalangan santri, para ulama, pemimpin tarekat, yang dibantai secara keji. Selain itu berbagai aset mereka seperti masjid, pesantren dan madrasah dibakar. Demikian juga kalangan aparat negara baik para birokrat, aparat keamanan, poliisi dan TNI banyak yang mereka bantai saat mereka menguasai Madiun dan sektarnya yang meliputi kawasan startegis Jawa Timur dan Jawa Tengah.

Anehnya, PKI menuduh pembantaian yang mereka lakukan itu hanya sebagai manuver Hatta. Padahal jelas-jelas Bung Karno Sendiri yang berkuasa saat itu bersama Hatta mengatakan pada Rakyat bahwa Pemberontakan PKI di Madiun yang dipimpin Muso dan Amir Syarifuddin itu sebuah kudeta untuk menikam republik dari Belakang, karena itu harus dihancurkan.Korban yang begitu besar itu ditutupi oleh PKI, karena itu tidak lama akemudian Aidit menerbitkan buku Putih yang memutarbalikkan Fakta pembantaian Madiun itu. Para penulis sejarah termakan oleh manipulasi Aidit itu. Tetapi rakyat, para ulama dan santri sebagai korban tetap mencatat dalam sejarahnya sendiri.

Karena peristiwa itu dilupakan maka PKI melakukan agitasi dan propaganda intensif sejak dimulainya kampanye Pemilu 1955, sehingga suasana politik tidak hanya panas, tetapi penuh dengan ketegangan dan konflik. Berbagai aksi teror dilakukan PKI. Para kiai dianggap sebagai salah satu dari setan desa yang harus dibabat. Kehidupan kiai dan kaum santri sangat terteror, sehingga mereka selalu berjaga dari serangan PKI.

Fitnah, penghinaan serta pembunuhan dilakukan PKI di berbagai tempat, sehingga terjadi konflik sosial yang bersifat horisontal antara pengikut PKI dan kelompok Islam terutama NU. Serang menyerang terjadi di berbagai tempat ibadah, pengrusakan pesantren dan masjid dilakukan termasuk perampasan tanah para kiai. Bahkan pembunuhan pun dilakukan. Saat itu NU melakukan siaga penuh yang kemudian dibantu oleh GP Ansor dengan Banser sebagai pasukan khusus yang melindungi mereka. Lagi-lagi Kekejaman yang dilakukan PKI terhadap santri dan kiai dan kalangan TNI itu dianggap hanya manuver TNI AD.

Sejarah dibalik. Yang selama ini PKI bertindak sebagai pelaku kekejaman, diubah menjadi pihak yang menjadi korban kekejaman para ulama dan TNI. Lalu mereka membuat berbagai maneuver melalui amnesti internasional dan mahkamah internasional, termasuk Komnas HAM. Karena mereka pada umumnya tidak tahu sejarah, maka dengan mudah mempercayai pemalsuan sejarah seperti itu. Akhirnya kalangan TNI, pemerintah dan NU yang membela diri dan membela agama serta membela ideologi negara itu dipaksa minta maaf, karena dianggap melakukan kekejaman pada PKI.

PKI telah menciptakan suasana sedemikian tegang ,sehingga sampai pada situasi to kill or to be killed (membunuh atau dibunuh), dalam sebuah perang saudara. Oleh karena itu kalau diperlukan perdamaian maka keduanya bisa saling member maaf, bukan permintaan maaf sepihak sebagaimana mereka tuntut, karena justeru kesalahan ada pada mereka dengan melakukan agitasi serta teror bahkan pembantaian.

Pemahaman sejarah yang menyimpang ini harus diluruskan karena telah menyebar luas. Bahkan tidak sedikit kader NU yang berpandangan demikian, karena itu harus diluruskan, karena ini menyangkut peran politik NU ke depan.

Demi membangun Indonesia ke depan yang utuh dan tanpa diskriminasi NU bersedia memaafkan PKI sejauh mereka minta maaf. NU boleh memaafkan PKI tetapi sama sekali tidak boleh melupakan semua petualangan PKI, agar tidak terjerumus dalam lubang sejarah untuk ketiga kali. Dengan demikian bisa bersikap proporsional, bersahabat, bekerjasama dengan semua pihak, namun tetap menjaga keberadaan agama, keutuhan wilayah, komitmen ideologi serta keamanan negara.