Di Balkan, lebih dari 581.000 bangsa Yugoslavia dibunuh oleh Nazi dan sekutu fasis Kroasia mereka di Yugoslavia.[275][276] Tentara Jerman, di bawah perintah dari Hitler,berjuang untuk memusnahkan etnis Serbia yang dianggap sebagai ras rendahan (Untermenschen).[277] Kolaborator Nazi, Ustaše, melakukan pemusnahan sistematis besar-besaran untuk alasan politik, agama atau ras. Korban yang paling banyak berasal dari etnis Serbia.

Etnis Bosnia, Kroasia dan etnis lainnya juga dikirim dan tewas di kamp konsentrasi Jasenovac. Museum Memorial Holocaust Amerika Serikat (USHMM) menyatakan bahwa: "Pihak berwenang Ustaša mendirikan sejumlah kamp konsentras di Kroasia antara tahun 1941 dan 1945. Kamp-kamp ini digunakan untuk mengisolasi dan membunuh orang-orang Serbia, Yahudi, Roma, Muslim Bosnia, dan minoritas non-Katolik lainnya, serta lawan politik dan agama di Kroasia."

USHMM dan Perpustakaan Virtual Yahudi melaporkan bahwa antara 56.000 hingga 97.000 jiwa tewas di kamp konsentrasi Jasenovac.[278][279][280] Sedangkan Yad Vashem menyatakan bahwa secara keseluruhan, lebih dari 500.000 etnis Serbia dibantai "dengan cara yang mengerikan dan sadis" oleh Ustaša.[281]

Menurut penelitian terbaru dalam Bosnjaci u Jasenovackom logoru ("Etnis Bosnia di kamp konsentrasi Jasenovac") oleh penulis Nihad Halilbegovic, setidaknya 103.000 orang Muslim Bosnia tewas selama Holocaust di tangan rezim Nazi dan Ustaše Kroasia. Menurut penelitian tersebut, "tidak diketahui berapa jumlah total etnis Bosnia yang dibunuh di bawah nama etnis Serbia atau Kroasia", dan "sejumlah besar Bosnia tewas dan terdaftar di bawah populasi orang Roma", sehingga tidak tercatat saat dijatuhi hukuman mati dan dimusnahkan.[282][283]

Dengan pengecualian etnis Slovenia yang berada di bawah pemerintahan Italia, antara 20.000 hingga 25.000 orang Slovenia dibunuh oleh Nazi atau fasis (dengan menghitung hanya jumlah korban sipil).[284]

Adanya kerjasama antara Nazi dan Albania diikuti oleh penganiayaan besar-besaran terhadap komunitas non-Albania (kebanyakan Serbia) oleh fasis Albania. Sebagian besar kejahatan perang dilakukan oleh Divisi SS Skenderbeg dan Balli Kombëtar. Fasis Albania membantai sekitar 40.000 hingga 60.000 orang Serbia dan 200.000 lainnya diusir dari Albania