Beranjak dua jam dari saat di mana film pertama berakhir, Berandal meneruskan kisah Rama (Iko Uwais), seorang calon ayah dan perwira polisi pemula yang selamat dari sebuah operasi penyerbuan maut dalam sarang seorang gembong narkoba yang berakhir fatal. Setelah berhasil keluar hidup-hidup dari bangunan yang penuh dengan kriminal dan gangster, Rama mengira ia bisa melanjutkan kehidupan dengan normal, namun dia salah. Setangguh apapun, lawan-lawan Rama di gedung naas itu ternyata tak lebih dari sekumpulan ikan kecil yang berenang di kolam yang jauh lebih besar dari yang ia bayangkan. Kemenangan kecilnya kini telah menarik perhatian binatang-binatang yang jauh lebih besar dan buas dalam rantai dunia kriminal Jakarta. Kini ia dan keluarganya ada dalam bayangan kematian, dan Rama hanya memiliki satu pilihan untuk melindungi bayi dan istrinya: Dia harus masuk dalam operasi penyamaran, memasuki dunia kriminal seorang diri dan mendaki melewati hirarki kekuatan yang penuh persaingan maut, sampai membawanya ke para figur politisi dan polisi korup yang menarik-ulur tali benang di puncak rantai dunia hitam. Rama pun memulai pengembaraan baru yang diwarnai kekerasan, sebuah perjalanan yang memaksa dia untuk menyisihkan kehidupan dan identitasnya, dan mengambil identitas baru sebagai seorang kriminal pelaku tindak kekerasan bernama "Yuda". Di penjara ia harus mendapatkan kepercayaan dari Ucok (Arifin Putra) untuk bergabung dengan gengnya, meletakkan nyawanya dalam sebuah pertaruhan terbesar atas semuanya, untuk mengakhiri seluruh kebusukan dalam tubuh kepolisian.

Nomura Shuhei (Kazuki Kitamura), seorang eksekutif muda asal Jepang yang karismatik dan disukai banyak orang, ternyata memiliki sisi gelap. Dia membunuh beberapa orang dan mendokumentasikannya ke dalam video. Selain itu, dia juga mengunggah video pembunuhan tersebut ke Internet agar dapat dilihat oleh semua orang demi kepuasan pribadinya.
Di sisi lain, ada pula Bayu Aditya (Oka Antara), seorang jurnalis asal Indonesia yang ambisius dan sedang terpuruk akibat obsesinya dalam menguak kasus politikus bernama Dharma (Ray Sahetapy). Hal ini mengakibatkan hubungan dengan Dina (Luna Maya) istrinya dan karirnya menjadi berantakan.
Saat hidupnya dipenuhi banyak masalah, Bayu melihat salah satu video Nomura dan mulai menemukan sisi lain dalam dirinya. Bayu merasa terinspirasi untuk melakukan hal yang sama, yaitu menjadi seorang pembunuh berantai. Dia mulai membentuk karakternya sendiri dan membunuh atas nama keadilan kemudian mengunggah video tindakannya ke Internet.
Tak disangka, video Bayu mendapatkan tanggapan, begitu pula dengan video Nomura. Lalu, mereka berdua pun terhubung melalui Internet dan ikatan antara mereka menjadi semakin rumit. Sejak saat itu, Nomura memutuskan untuk menemui Bayu

Rio (Marcel Chandrawinata), juara bertahan balap jalanan ilegal. Bersama beberapa temannya—jagoan mesin Monty (Daniel Topan), juara Bali Gde (Yogie Tan), dan Nanda (Kelly Tandiono)—Rio membentuk kelompok yang obsesinya kecepatan. Mereka berlomba melawan sesama pemilik mobil super di berbagai lokasi eksotis dan indah di seluruh negeri.
Musuh bebuyutan Rio adalah Nico ( Edward Gunawan), pewaris sebuah sindikat kejahatan Surabaya yang dijaga ketat. Ia pembalap nomor satu di kotanya. Ia terus mendorong Rio untuk pertandingan ulang setelah kekalahan memalukan di kandangnya.
Sayangnya prioritas Rio sudah berubah setelah bertemu Karina (Chelsea Islan), DJ yang manggung di salah satu klub. Persahabatan mereka berkembang menjadi sesuatu yang lebih serius. Untuk pertama kali dalam hidupnya Rio merasa dia bisa fokus pada sesuatu di luar balapan. Rio memutuskan berhenti balap.
Sampai pembalap Yopie (Edward Akbar) masuk arena. Yopie memendam kebencian terhadap Nico, yang keluarganya bertanggungjawab atas kematian ayahnya, seorang mafia di akhir tahun 90an. Satu-satunya kesempatan untuk pembalasan adalah dengan memaksa Nico balap di jalan, satu-satunya tempat di mana dia tidak dikelilingi pengawalnya. Yopie memaksa Rio untuk balap melawan Nico untuk terakhir kalinya, atau Karina, yang diculiknya, menjadi korban

Dalam keadaan diborgol di ruang interogasi kepolisian, Jake Travers (Kellan Lutz) mengaku sebagai asisten guru asing yang baru saja selamat dari ledakan bom. Tapi Hashim (Ario Bayu), seorang detektif dari kesatuan Densus 88, menaruh kecurigaan terhadap Jake. Jake adalah salah satu saksi kunci dalam insiden serangan bom bunuh diri yang terjadi di sebuah pesta amal di mana Sultana (Atiqah Hasiholan), seorang putri keraton yang cantik mempesona dan sangat populer, tewas terbunuh.
Kejadian-kejadian mengejutkan selalu mengikuti ke mana Jake dan Hashim melakukan penyelidikan, dan membuat Hashim semakin menaruh kecurigaan terhadap Jake. Ketika mobil polisi yang ditumpangi Jake dan Hashim diserang komplotan teroris, Jake menyelamatkan nyawa Hashim. Saat itu Jake menunjukkan kemampuan memegang senjata yang tidak mungkin dimiliki oleh seorang yang berprofesi sebagai asisten guru. Dengan diliputi keraguan, Jake dan Hashim terpaksa bekerjasama dan perlahan misteri di hadapan mereka mulai tersibak.
Sementara itu, istri dan anak-anak Hashim diculik. Kejadian demi kejadian penuh ketegangan dan aksi memperkuat kerjasama Jake dan Hashim untuk membongkar apa yang terjadi. Pertarungan semakin memanas dan puncaknya terjadi di Perayaan Waisak di Candi Borobudur. Di tengah keramaian festival pelepasan lampion akan terjadi pertukaran perhiasan dan sandera yang menjadi klimaks film.

Joe Taslim akan berperan sebagai Ito, seorang geng Enforcer yang kembali ke kelompok kriminal lokal di Jakarta setelah bertugas dengan geng terkenal Asia Tenggara, Triad. Dia kembali dan menemukan dirinya terperangkap dalam pengkhianatan dan kekacauan sebagai Triad yang bergerak menuju kampanye berdarah yang bertujuan untuk ekspansi teritorial.