Rumah James digerebek sekitar 06:00 pada pagi hari 26 Januari 2000, oleh agen dari Departemen Pertahanan, NASA dan polisi setempat. James secara resmi dijatuhi hukuman tahanan rumah enam bulan dan masa percobaan, dan diwajibkan untuk menulis surat permintaan maaf kepada NASA dan Departemen Pertahanan. Dia juga dilarang menggunakan komputer untuk tujuan rekreasi hacker.Namun,James kemudian melanggar masa percobaan bahwa ketika ia dites positif untuk penggunaan narkoba dan yang kemudian ditahan oleh Amerika Serikat Marshall Layanan dan diterbangkan ke Alabama federal. Namun, enam bulan di penjara atas pelanggaran dia memperoleh pembebasan bersyarat. James menegaskan bahwa dia jera dan mungkin memulai sebuah perusahaan keamanan komputer.

Pada tahun 2007, departemen rantai toko TJX adalah korban dari gangguan sistem komputer besar yang dikompromikan informasi pribadi dan kredit dari jutaan pelanggan. Lingkaran hacker juga berkomitmen gangguan di BJ Wholesale Club, Boston Market, Barnes & Noble, Sports Authority, Forever 21, DSW, OfficeMax, dan Dave & Buster, dan dilaporkan membuat jutawan keluar diduga sebagai pemimpin kelompok itu yaitu Albert Gonzalez. Meskipun ia menyangkal tidak melakukan apa-apa, James – yang berteman dengan beberapa hacker yang terlibat – diselidiki oleh Secret Service, yang menggerebek rumah james. Meskipun mereka ternyata tidak menemukan ada koneksi ke gangguan itu, mereka menemukan sebuah senjata api secara sah terdaftar dan catatan yang menunjukkan ia menganggap dirinya membunuh dirinya sendiri. ayah James ‘kemudian mengatakan bahwa anaknya telah rentan terhadap depresi. Pengaduan kriminal diajukan terhadap hacker TJX yang bertentangan menyebutkan sebuah konspirator, tambahan yang tidak disebutkan namanya yang tidak didakwa, yang diidentifikasi hanya dengan inisial “JJ”. Pada tahun 2004, co-konspirator ini membantu salah satu para hacker untuk mencuri nomor kartu kredit, nomor rekening, dan PIN encryped dari sebuah toko OfficeMax via Wi-Fi. Angka-angka ini kemudian diduga diberikan kepada Albert Gonzalez, untuk siapa “JJ” juga membuka maildrop.
Pada tanggal 18 Mei 2008, Jonathan James ditemukan tewas dari luka tembak . bunuh diri-Nya tampaknya didorong oleh keyakinan bahwa dia akan dituntut atas kejahatan yang tidak dia lakukan”Saya jujur, jujur tidak ada hubungannya dengan TJX,” tulis James dalam catatan bunuh diri, “Saya tidak punya sistem ‘keadilan’ Mungkin tindakan saya. Hari ini, dan surat ini, akan mengirim pesan kuat kepada publik. Disisi lain, aku telah kehilangan kontrol atas situasi ini, dan ini adalah satu-satunya cara saya untuk mendapatkan kembali kontrol. ”