Pembajakan bermula saat pesawat yang dikemudikan Kapten Herman Rante baru saja terbang dari Pelud Sipil Talang Betutu, Palembang seusai transit untuk menuju Bandara Polonia, Medan. Setelah lepas landas, dua penumpang bangkit dari tempat duduk mereka, satu menuju ke kokpit dan menodongkan senjata. Satu lagi berdiri di gang antara tempat-duduk pesawat. Pada pukul 10.10 pesawat tersebut dikuasai oleh lima pembajak, semuanya bersenjata api. Pembajak di kokpit memerintahkan pilot untuk terbang ke Kolombo, Sri Lanka, namun pilot berkata bahwa pesawat tersebut tidak memiliki cukup bahan bakar pesawat. Pesawat dialihkan ke Penang, Malaysia, untuk pengisian bahan bakar sebelum kemudian terbang lagi ke Thailand atas paksaan teroris dan penerimaaan pemerintah Thailand untuk mengizinkan pesawat tersebut mendarat di wilayahnya. Drama pembajakan pesawat Garuda DC-9 Woyla tersebut berlangsung empat hari di Bandara Don Mueang Bangkok dan berakhir pada tanggal 31 Maret setelah serbuan kilat Grup-1 Para-Komando yang dipimpin Letnan Kolonel Infanteri Sintong Panjaitan. Pilot pesawat Garuda, Kapten Herman Rante, dan Achmad Kirang, salah satu anggota satuan Para-Komando Kopassandha, meninggal dalam baku tembak yang berlangsung selama operasi kilat pembebasan pesawat tersebut.
Para teroris mengaku berasal dari kelompok Islam ekstremis bernama Komando Jihad. Pada saat terjadinya peristiwa ini, pasukan komando Indonesia belum memiliki pengalaman dalam menangani peristiwa terorisme pembajakan pesawat. Kelompok khusus militer Indonesia yang baru dibentuk saat itu, Kopassandha (Nama satuan Kopassus saat itu), meminjam sebuah pesawat DC-9 untuk mempelajari situasi.
DC-9 Woyla meninggalkan Malaysia setelah mengisi bahan bakar, menuju ke Bandara Don Mueang, Thailand. Seorang penumpang wanita lanjut usia diperbolehkan turun di Malaysia oleh para teroris. Para teroris kemudian membacakan tuntutan mereka, yaitu agar anggota Komando Jihad yang ditahan di Indonesia segera dibebaskan, dan uang sejumlah US$ 1,5 juta. Mereka juga meminta pesawat untuk pembebasan tahanan dan untuk terbang ke tujuan yang dirahasiakan. Mereka mengancam telah memasang bom di pesawat Woyla dan tidak segan untuk meledakkan diri bersama pesawat tersebut.

Operasi pembebasan pesawat DC-9 dikenal dengan sebutan Operasi Woyla yang dimulai sehari setelah tersiarnya kabar pembajakan tersebut. Pada pukul 21.00, 29 Maret, 35 anggota Kopassandha meninggalkan Indonesia dalam sebuah DC-10, mengenakan pakaian sipil. Pemimpin CIA di Thailand menawarkan pinjaman jaket anti peluru, namun ditolak karena pasukan Kopassandha Indonesia telah membawa perlengkapan mereka sendiri dari Jakarta.

Pukul 02.30 tanggal 31 Maret, prajurit bersenjata mendekati pesawat secara diam-diam. Mereka merencanakan agar Tim Merah dan Tim Biru memanjat ke sayap pesawat dan menunggu di pintu samping. Semua jendela pesawat telah ditutup. Tim Hijau akan masuk lewat pintu belakang. Semua tim akan masuk ketika kode diberikan.

Pada pukul 02.43, Tim Thailand ikut bergerak ke landasan, menunggu di landasan agar tidak ada teroris yang lolos. Kode untuk masuk diberikan, ketiga tim masuk, dengan Tim Hijau terlebih dahulu, mereka berpapasan dengan seorang teroris yang berjaga di pintu belakang. Teroris tersebut menembak dan mengenai Achmad Kirang, salah seorang anggota Tim Hijau di bagian bawah perut yang tidak terlindungi. Teroris tersebut kemudian ditembak dan tewas di tempat. Tim Biru dan Tim Merah masuk, menembak dua teroris lain, sementara penumpang menunduk. Para penumpang kemudian disuruh keluar. Seorang teroris dengan granat tangan tiba-tiba keluar dan mencoba melemparkannya tetapi gagal meledak. Lalu anggota tim menembak dan melukainya sebelum dia sempat keluar. Teroris terakhir dinetralisir di luar pesawat. Imran bin Muhammad Zein selamat dalam peristiwa baku tembak tersebut dan ditangkap oleh Satuan Para Komando Kopassandha.

Tim medis kemudian datang untuk menyelamatkan pilot pesawat DC-9 Woyla, Kapten Herman Rante, yang ditembak salah satu teroris dalam serangan tersebut. Namun Kapten Herman Rante meninggal di Rumah Sakit di Bangkok beberapa hari setelah kejadian tersebut. Kedua korban peristiwa terorisme ini kemudian dimakamkan di TMP Kalibata.

Operasi kontra terorisme ini dilakukan oleh Grup-1 Para-Komando dibawah pimpinan Letnan Kolonel Infanteri Sintong Panjaitan yang kemudian beserta tim-nya dianugerahi Bintang Sakti dan dinaikkan pangkatnya satu tingkat, kecuali Achmad Kirang yang gugur di dalam operasi terebut dinaikkan pangkatnya dua tingkat secara anumerta.