Nama aslinya adalah Raden Mas Jatmika, atau terkenal pula dengan sebutan Raden Mas Rangsang. Dilahirkan tahun 1593, merupakan putra dari pasangan Prabu Hanyokrowati dan Ratu Mas Adi Dyah Banowati. Ayahnya adalah raja kedua Mataram, sedangkan ibunya adalah putri Pangeran Benawa raja Pajang. Versi lain mengatakan, Sultan Agung adalah putra Pangeran Purbaya (kakak Prabu Hanyokrowati). Konon waktu itu, Pangeran Purbaya menukar bayi yang dilahirkan istrinya dengan bayi yang dilahirkan Dyah Banowati. Versi ini adalah pendapat minoritas sebagian masyarakat Jawa yang kebenarannya perlu untuk dibuktikan.

Sebagaimana umumnya raja-raja Mataram, Sultan Agung memiliki dua orang permaisuri. Yang menjadi Ratu Kulon adalah putri sultan Cirebon, melahirkan Raden Mas Syahwawrat. Yang menjadi Ratu Wetan adalah putri dari Batang keturunan Ki Juru Martani, melahirkan Raden Mas Sayidin (kelak menjadi Amangkurat I).
Gelar Sultan Agung
Pada awal pemerintahannya, Mas Rangsang bergelar Panembahan Agung. Kemudian setelah menaklukkan Madura tahun 1624, ia mengganti gelar menjadi Susuhunan Agung, atau disingkat Sunan Agung. Pada tahun 1641 Sunan Agung mendapatkan gelar bernuansa Arab untuk mengimbangi saingannya, yaitu Sultan Banten. Gelar tersebut diperoleh dari pemimpin Ka'bah di Makkah, yaitu Sultan Abdullah Muhammad Maulana Matarami. Untuk mudahnya, nama yang dipakai dalam uraian artikel di bawah ini adalah nama yang paling lazim dan populer, yaitu Sultan Agung.

Awal Pemerintahan
Sultan Agung naik tahta tahun 1613 dalam usia 20 tahun. Patih senior Ki Juru Martani wafat tahun 1615, dan digantikan oleh Tumenggung Singaranu. Ibu kota Mataram saat itu masih berada di Kotagede. Pada tahun 1614 dibangun istana baru di desa Kerta yang kelak ditempati pada tahun 1622. Saingan besar Mataram saat itu tetap Surabaya dan Banten. Pada tahun 1614 Sultan Agung mengirim pasukan menaklukkan sekutu Surabaya, yaitu Lumajang. Dalam perang di Sungai Andaka, Tumenggung Surantani dari Mataram tewas oleh Panji Pulangjiwa menantu Rangga Tohjiwa bupati Malang. Lalu Panji Pulangjiwa sendiri mati dalam perangkap Tumenggung Alap-Alap. Kemudian tahun 1615 Sultan Agung memimpin langsung penaklukan Wirasaba (Mojoagung, Jombang).

Pihak Surabaya mencoba membalas. Adipati Pajang berniat mengkhianati Mataram namun ragu-ragu. Akibatnya, tanpa bantuan Pajang, pasukan Surabaya dihancurkan pihak Mataram pada Januari 1616 di desa Siwalan. Kemenangan Sultan Agung berlanjut di Lasem, Rembang dan Pasuruan tahun 1616. Kemudian pada tahun 1617 Pajang memberontak tapi dapat ditumpas. Adipati dan panglimanya (bernama Ki Tambakbaya) melarikan diri ke Surabaya.

Menaklukkan Surabaya
Pada tahun 1620 pasukan Mataram mulai mengepung kota Surabaya secara periodik. Sungai Mas dibendung untuk menghentikan suplai air namun kota ini tetap bertahan. Sultan Agung kemudian mengirim Tumenggung Bahurekso (bupati Kendal) menaklukkan Sukadana (Kalimantan sebelah barat daya) tahun 1622. Dikirim pula Ki Juru Kiting (putra Ki Juru Martani) menaklukkan Madura tahun 1624. Pulau Madura yang semula terdiri atas banyak kadipaten kemudian disatukan di bawah pimpinan Pangeran Prasena yang bergelar Cakraningrat I.

Dengan direbutnya Sukadana dan Madura, posisi Surabaya menjadi lemah, karena suplai pangan terputus sama sekali. Kota ini akhirnya jatuh karena kelaparan. Pemimpinnya menyerah pada pihak Mataram yang dipimpin Tumenggung Mangun-oneng. Pemimpin Surabaya yang bernama Jayalengkara akhirnya meninggal karena usia tua. Putranya yang bernama Pangeran Pekik ditangkap dan diasingkan ke Ampel. Surabaya pun menjadi bawahan Mataram yang dipimpin Tumenggung Sepanjang sebagai bupati.