Museum Negeri Mpu Tantular Propinsi Jawa Timur merupakan kelanjutan dari Stedelijh Historisch Museum Surabaya, yang didirikan oleh Godfried Hariowald Von Faber tahun 1933.
Awalnya lembaga ini hanya memamerkan koleksinya, dalam suatu ruang kecil di Readhuis Ketabang. Atas kemurahan hati seorang janda bernama Han Tjong King, museum dipindahkan ke Jalan Tegal Sariyang memiliki bangunan lebih luas. Seiring perjalanan waktu, masyarakat pemerhati museum berinisiatif untuk memindahkan museum ke lokasi yang lebih memadai, bertempat di Jalan Pemuda No. 3 Surabaya. Diresmikan
pada tanggal 25 Juni 1937.
Sepeninggal Von Faber, museum dikelola oleh Yayasan Pendidikan Umum didukung Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Museum dibuka untuk umum pada tanggal 23 Mei 1972 dengan nama Museum Jawa Timur. 13 Februari 1974 museum berubah status menjadi museum negeri, yang diresmikan pada tanggal 1 November 1974 dengan nama Museum Negeri Propinsi Jawa Timur. Dengan bertambahnya koleksi, museum membutuhkan area yang lebih luas, hingga akhirnya pada tanggal 12 Agustus 1977, secara resmi museum menempati lokasi baru, di Jalan Taman Mayangkara No.6 Surabaya. Semakin bertambahnya usia, koleksi museum semakin bertambah, demikian juga banyaknya kegiatan edukatif kultural yang di laksanakan di museum. Sehingga membutuhkan lokasi yang lebih luas, akhirnya tanggal 14 Mei 2004 museum kembali diresmikan menempati lahan baru di Sidoarjo, di Jalan Raya Buduran, Kecamatan Buduran, Kabupaten Sidoarjo