Secara fisik, Conan terlihat seperti anak sekolah dasar (SD) berusia sekitar 6–7 tahun yang cerdas, mengenakan kacamata besar, dasi kupu-kupu merah, dan setelan jas biru. Namun, di balik wujud anak-anaknya, ia sebenarnya adalah Shinichi Kudo, seorang detektif SMA jenius berusia 17 tahun asal Tokyo.
​Tubuhnya mengecil setelah dipaksa meminum racun eksperimental bernama APTX 4869 oleh anggota Organisasi Hitam. Meskipun fisiknya menyusut, ingatan, kecerdasan luar biasa, analisis deduktif, dan kemampuan interpersonalnya sebagai detektif ulung tetap utuh. Untuk menyembunyikan identitas aslinya dari orang-orang terdekat demi keselamatan mereka, ia mengadopsi nama "Conan Edogawa" (diambil dari nama penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Rampo Edogawa).​Tujuan paling krusial Conan adalah melacak, mengungkap, dan menumbangkan Organisasi Hitam (Black Organization)—sindikat kriminal rahasia berskala internasional yang bertanggung jawab atas kondisi tubuhnya. Conan bertekad menyeret para anggota intinya (seperti Gin, Vodka, Vermouth, dan sang bos misterius) ke jalur hukum guna menghentikan kejahatan mereka.