Kemerdekaan Indonesia tidak bisa lepas dari perjuangan Santri dan Kiai dari pra sampai pasca kemerdekaan. Berdirinya Pondok Pesantren dengan berbagai variasinya merupakan salah satu kontribusi Kiai yang dapat kita saksikan dan rasakan dari zaman penjajahan bangsa Koloni sampai sekarang. Semenjak kedatangan bangsa Belanda untuk menjajah dan merampas wilayah kekuasaan bangsa Indonesia ada tujuan lainnya yang menjadi filosofi bangsa Koloni.  Dalam buku karya Ahmad Mansur Suryanegara yang berjudul Api Sejarah disebutkan 3 tujuan kedatangan bangsa Koloni ke daerah jajahannya. Ketiga hal tersebut yaitu gold yang berarti kekayaan berupa rempah-rempah dan sumber daya alam. Kedua adalah glory berupa kejayaan atau kekuasaan yang terdiri danri tanah rampasan dan gospel berupa penyebaran ideologi dan dogma agama melalui misionaris dan sistem pendidikan Sekuler.

Sistem pendidikan yang tidak menghubungkan aspek agama dalam pembentukan moral dan karakter. Tidak menjadikan sumber agama sebagai dasar berpikir atau pijakan awal sebelum menggunakan ilmu-ilmu logika yang bersumber dari filsafat dan cabang-cabangnya. Lembaga pendidikan berupa Pondok Pesantren yang diperuntukkan untuk semua golongan pribumi salah satu bentuk upaya perlawanan para Kiai dan Santri untuk menggagalkan rencana bangsa Koloni menyebarluaskan ideologi Sekuler yang jauh dari aspek agama dan dogma agama selain agama Islam. Walaupun bangsa Koloni atau penjajah mendirikan Sekolah, mereka hanya mendirikan Sekolah Negeri yang diperuntukkan untuk anak-anak Bupati dan pejabat pada masa itu yang pro dengan sistem pemerintahan Belanda walaupun mereka dari pribumi.

Jumlah jama'ah haji dan umrah yang terus bertambah dari zaman penjajahan Belanda memberikan rasa tidak aman bagi mereka. Dengan dibukanya Terusan atau Selat Suez (1869) membawa dampak besar terhadap mobilitas global, termasuk bagi masyarakat Nusantara yang ingin menunaikan ibadah haji dan umrah melalui jalur laut. Selain menunaikan ibadah haji dan umrah pada umumnya banyak dari masyarakat pribumi yang memepalajari dasar-dasar ilmu agama Islam. Terlebih lagi peran Kiai dan pemuka agama yang dapat memberikan pengaruh bagi masyarakat Indonesia dalam hal ideologi maupun perlawanan apabila mereka bekerja sama dengan penguasa pribumi pada masa itu. Islam dengan kitab suci yang selalu terjaga keotentikannya atau keasliannya mempermudah pengikutnya untuk menjaganya dan menerapkannya dalam kehidupan sehari-hari.

Berbeda dengan kitab suci ummat Kristen Katolik dan Protestan yang sudah diubah keasliannya oleh Paulus semenjak pengikut nabi Isa a.s. dengan sebutan Hawariyyin dalam Al-Qur'an dimusnahkan oleh penguasa Roma pada masa itu tanpa sisa sedikitpun. Pada zaman penjajahan bangsa Koloni, Pondok Pesantren tidak hanya berfungsi sebagai tempat mempelajari ilmu agama, tetapi juga sebagai basis perjuangan ummat, termasuk perlawanan terhadap penjajah serta tempat mengkader pejuang-pejuang bangsa. Bukti penting dari peran ini adalah pengakuan terhadap sejumlah Ulama yang ditetapkan sebagai pahlawan perjuangan dan kemerdekaan Indonesia. Para pendiri bangsa dari kalangan santri berperan besar dalam membentuk karakter bangsa dengan berbasis pendidikan di Pesantren.