Kepulauan Cook pertama kali menetap di abad ke-6 oleh orang-orang Polinesia yang bermigrasi dari Tahiti dekat, ke arah tenggara.

kapal Spanyol mengunjungi pulau-pulau di abad 16; catatan tertulis pertama dari kontak dengan Kepulauan datang dengan penampakan Pukapuka oleh pelaut Spanyol de Álvaro Mendaña pada 1595 yang menyebutnya San Bernardo (Saint Bernard). Portugal-Spanyol Pedro Fernández de Quirós, membuat pendaratan Eropa pertama yang tercatat di pulau ketika ia menginjakkan kaki di Rakahanga di tahun 1606, menyebutnya Gente Hermosa (Indah Orang).

Navigator Inggris Kapten James Cook tiba pada tahun 1773 dan 1777 dan menamakan pulau-pulau Kepulauan Hervey;. Nama "Kepulauan Cook", untuk menghormati Cook, muncul pada grafik angkatan laut Rusia yang diterbitkan dalam 1820

Pada tahun 1813, John Williams, seorang misionaris di Endeavour (bukan kapal sama dengan Cook), membuat penampakan resmi pertama dari pulau Rarotonga Pendaratan pertama yang tercatat di Rarotonga oleh orang Eropa itu. Pada tahun 1814 oleh Cumberland ;. masalah pecah antara para pelaut dan Kepulauan dan banyak terbunuh di kedua belah pihak Pulau-pulau tidak melihat lagi sampai misionaris Eropa datang dari Inggris pada tahun 1821. Kekristenan cepat memegang budaya dan banyak pulau terus menjadi orang Kristen hari ini.

Kepulauan Cook menjadi protektorat Inggris atas permintaan sendiri pada tahun 1888, terutama untuk menggagalkan ekspansionisme Prancis. Mereka kemudian dipindahkan ke koloni Inggris Selandia Baru pada tahun 1901. Mereka tetap protektorat Selandia Baru sampai tahun 1965, pada saat mana mereka menjadi wilayah yang berpemerintahan sendiri dalam asosiasi bebas dengan Selandia Baru. Pada tahun itu, Albert Henry dari Partai Kepulauan Cook terpilih sebagai Perdana Menteri pertama. Sir Albert Henry memimpin negeri ini sampai ia dituduh kecurangan. Ia digantikan pada 1978 oleh Tom Davis dari Partai Demokrat.

Hari ini, Kepulauan Cook pada dasarnya independen ("self-pemerintahan di asosiasi bebas dengan Selandia Baru") tetapi Selandia Baru bertugas mengawasi pertahanan negara.

Pada tanggal 11 Juni 1980, Amerika Serikat menandatangani perjanjian dengan Kepulauan Cook menetapkan batas maritim antara Kepulauan Cook dan Amerika Samoa dan juga melepaskan klaim terhadap pulau Penrhyn, Pukapuka, Manihiki, dan Rakahanga. [12] Pada tahun 1990, Cook Islands menandatangani perjanjian dengan Perancis yang dipisahkan batas antara Kepulauan Cook dan Perancis Polinesia.