Tatar Krimea menguasai Kekhanan Krimea dari 1441 sampai 1783, saat Krimea dianeksasi oleh Kekaisaran Rusia sebagai target ekspansionisme Rusia. Populasi pemakai bahasa Turkic di Krimea kebanyakan menganut Islam pada abad ke-14, setelah perpindahan agama Ozbeg Khan dari Gerombolan Emas. Ini adalah negara yang paling lama bertahan dari Gerombolan Emas. Mereka sering mengadakan konflik dengan Moskwa—dari tahun 1468 sampai abad ke-17, Tatar Krimea hampir sering mengadakan pencaplokan tahunan terhadap wilayah-wilayah Slavik, menangkap beberapa orang untuk dipakai dalam perdagangan budak—dan sangat berhadapan dengan kekuasaan Rusia yang baru. Sehingga, Tatar mulai meninggalkan Krimea dalam beberapa arus emigrasi. Antara 1784 dan 1790, dari total populasi sekitar satu juta, sekitar 300.000 Tatar Krimea pindah ke Kekaisaran Utsmaniyah.



Perang Krimea menimbulkan eksodus massal lainnya terhadap Tatar. Antara 1855 dan 1866, sekitar 500.000 Muslim, dan mungkin 900.000, meninggalkan Kekaisaran Rusia dan beremigrasi ke Kekaisaran Utsmaniyah. Dari angka tersebut, sekitar sepertiganya berasal dari Krimea, sementara sisanya berasal dari Kaukausus. Para emigran tersebut terdiri dari 15–23% dari total populasi Krimea. Kekaisaran Rusia memakainya untuk makin me-Rusifikasi-kan "Rusia Baru". Kemudian, Tatar Krimea menjadi minoritas di Krimea; pada 1783, mereka terdiri dari 98% dari populasi, namun pada 1897, angkanya turun menjadi 34,1%. Saat Tatar Krimea beremigrasi, pemerintah Rusia mendorong Rusifikasi semenanjung tersebut, mendudukinya dengan orang Rusia, orang Ukraina dan kelompok etnis Slavik lainnya; Rusifikasi tersebut berlanjut pada era Soviet.

Setelah Revolusi Oktober 1917, Krimea diberi status otonomi di dalam USSR pada 18 Oktober 1921, namun kolektivisasi pada 1920-an berujung pada bencana kelaparan dimana lebih dari 100.000 orang Krimea sekarat saat tanaman mereka dibawa ke kawasan-kawasan yang "lebih berpengaruh" di Uni Soviet. Pada satu perkiraan, tiga per empat korban bencana kelaparan adalah Tatar Krimea. Status mereka makin menurun setelah Joseph Stalin menjadi pemimpin Soviet dan mulai menerapkan beberapa penindasan yang akan berujung pada kematian sekitar 5,2 juta warga Soviet antara 1927 dan 1938.

Pada 1940, Republik Sosialis Soviet Krimea memiliki sekitar 1,126,800 penduduk, dimana 218.000 orang, atau sekitar 19,4% dari populasi, adalah Tatar. Pada 1941, Jerman Nazi menginvasi Eropa Timur, menganeksasi sebagian besar barat USSR. Hukuman mati dipakai untuk hukuman kolektif bagi mereka yang telah berkolaborasi dengan pasukan pendudukan Jerman pada Perang Dunia Kedua. Catatan-catatan Soviet dari akhir 1940an menyatakan bahwa Tatar adalah suku bangsa pengkhianat, tanpa meninggalkan keraguan terhadap alasan-alasan untuk deportasi mereka. Opini ini menyebar sepanjang periode Soviet dan masih timbul sampai saat ini. Klaim-klaim tersebut disangkal oleh para nasionalis Tatar Krimea.



Menurut sumber-sumber Soviet, lebih dari 20.000 Tatar Krimea didaftarkan dan dikirim untuk bertarung melawan pasukan Nazi pada serangan Jerman di Uni Soviet. Beberapa Tatar Krima yang ditangkap yang bertugas dalam Tentara Merah dikirim ke kamp-kamp tahanan peran setelah pasukan Rumania dan Nazi menduduki Krimea. Meskipun awalnya Nazi menyerukan pembunuhan seluruh "ras rendah Asiatik", kebijakan tersebut direvisi saat menghadapi pemberontakan dari Tentara Merah. Mereka mulai merekrut pada tahanan Soviet pada 1942. Dalam mode ini, tentara Jerman membuat beberapa angkatan pendukung berbeda dari para tahanan perang Soviet. Dari November 1941, otoritas Jerman mengijinkan mereka untuk mendirikan Komite Muslim di berbagai kota sebagai pengakuan simbolik terhadap beberapa otoritas pemerintahan lokal, meskipun mereka tak diberi kekuasaan politik apapun.



Beberapa Tatar Krimea juga dihimpun dalam brigade-brigade Schutzmannschaft (batalion kepolisian) dan Selbstschutz (pertahanan diri) untuk melindungi desa-desa Tatar Krimea dari serangan-serangan partisan serta mematahkan partisan-partisan Soviet. Namun, unit-unit tersebut biasanya berpihak pada siapapun yang terkuat di sebuah kawasan. Partisan-partisan tersebut juga menyerbu desa-desa mereka untuk meraih kolaborasi. Menurut bukti Jerman dan Tatar Krimea, pasukan Jerman menghimpun antara 15.000 dan 20.000 Tatar Krimea untuk membentuk batalion-batalion pertahanan diri.

Kebanyakan hiwis (pemberi bantuan), keluarga mereka dan seluruh orang yang berkaitan dengan Komite Muslim dievakuasi ke Jerman dan Hongaria atau Dobruca oleh Wehrmacht dan tentara Rumania dimana mereka bergabung dengan divisi Turkic Timur. Beberapa perwira Soviet juga mengakui hal ini dan menolak klaim bahwa mereka mengkhianati Uni Soviet secara massal. Namun, dengan penarikan Jerman, suara-suara yang menuntut penghukuman orang-orang Tatar makin bertumbuh. Selain itu, keberadaan Komite Muslim yang diorganisir dari Berlin oleh Edige Kirimal dan para anggota diaspora Turki dan Dobrucan lainnya utamanya nampak dipandang buruk pemerintah Soviet. Hubungan Tatar dengan Turki oleh para nasionalis juga makin dicurigai.

Namun, tak semua orang dari kelompok etnis tersebut ikut dalam kolaborasi; contohnya, Ahmet Özenbaşlı sangat menentang pendudukan dan menjalin kontak rahasia dengan gerakan pemberontakan Soviet untuk memberi mereka informasi politik dan strategis bernilai. Beberapa Tatar Krimea juga bertarung di sisi partisan seperti gerakan Tarhanov dari 250 Tatar yang bertarung sepanjang 1942 sampai kehancuran mereka. Pendakwaan terhadap Tatar Krimea berkembang disamping ribuan orang dari mereka masih bertugas dalam Tentara Merah saat tentara tersebut menyerang Berlin. Ini juga dipandang benar-benar terjadi karena rencana Stalin untuk meraih kekuasaan bulat atas Krimea. Soviet berencana untuk meraih akses ke Dardanelles dan menguasai wilayah di Turki dimana Tatar Krimea memiliki kekerabatan etnis, juga berujung pada kembalinya mereka dipandang berpotensi tak setia.



Lebih dari 130.000 orang tewas saat pendudukan Krimea oleh Blok Poros. Nazi menerapkan penindasan brutal, menghancurkan lebih dari 70 desa yang diduduki oleh sekitar 25% populasi Tatar Krimea. Ribuan Tatar Krimea dipaksa dipindah untuk bekerja sebagai Ostarbeiter di pabrik-pabrik Jerman di bawah naungan Gestapo di apa yang disebut sebagai "loka-loka karya budak", mengakibatkan hilangnya seluruh dukungan Tatar Krimea. Nazi menganggap Tatar Krimea dan berbagai suku bangsa lainnya sebagai "ras rendah". Pada April 1944, Tentara Merah memukul mundur pasukan Blok Poros dari semenanjung tersebut dalam Serangan Krimea

Karena dakwaan kolaborasi Blok Poros pada Perang Dunia II, hukuman dan dakwaan kolektif diterapkan pada sepuluh suku bangsa oleh pemerintah Soviet, salah satunya adalah Tatar Krimea. Beberapa suku bangsa tersebut dihukum dengan dideportasi ke kawasan-kawasan jauh Asia Tengah dan Siberia.



Pada 10 Mei 1944, Lavrentiy Beria merekomendasikan kepada Stalin bahwa Tatar Krimea harus dideportasi jauh dari kawasan perbatasan karena "tindakan-tindakan pengkhianatan" mereka. Disamping kenyataan bahwa 25.033 Tatar Krimea bertarung dalam Tentara Merah pada Perang Dunia II, sekitar 15.000 sampai 20.000 didorong untuk bergabung dalam unit-unit pertahanan diri yang melindungi desa-desa Tatar dan juga memburu para partisan. Delapan Tatar Krimea bahkan dianugerahi penghargaan Pahlawan Uni Soviet. Ini juga menghiraukan bahwa mayoritas kolaborator telah dievakuasi dari Krimea oleh Wehrmacht yang beretret. Menurut sumber-sumber Soviet, 20.000 Tatar Krimea dievakuasi dengan pasukan Jerman yang beretret. Beberapa perwira negara kemudian mengklaim bahwa Tatar Krimea yang singgah di semenanjung tersebut semuanya adalah orang-orang yang tak mengkhianati Uni Soviet. Bahkan meskipun Tatar Volga sebenarnya ikut serta dalam kolaborasi dalam jumlah melebihi Tatar Krimea, dengan 35.000–40.000 sukarelawan bertarung dengan Blok Poros, mereka terhindar dari jenis hukuman kolektif apapun. Beberapa etnisitas lainnya juga menjadi kolaborator Nazi, bahkan sejumlah Rusia dan Yahudi, yang menandakan bahwa beberapa orang di kawasan yang diduduki telah dicanangkan secara paksa.



Stalin mengeluarkan Perintah GKO No. 5859ss, yang menghimpun pemindahan Tatar Krimea. Deportasi tersebut hanya berlangsung dalam tiga hari, 18–20 Mei 1944, dimana para agen NKVD datang dari rumah ke rumah untuk mengumpulkan Tatar Krimea di bawah ancaman pistol dan memaksa mereka memasuki kereta-kereta sapi tersegel yang akan memindahkan mereka sejauh hampir 3.200 kilometres (2.000 mi) ke lokasi-lokasi terpencil di Republik Sosialis Soviet Uzbek. Tatar diijinkan untuk membawa 500 kg harta benda mereka per keluarga. Pada pukul 08.00 di hari pertama, NKVD membawa 90.000 Tatar Krimea ke 25 kereta. Keesokan harinya, 136.412 orang lainnya di bawah ke gerbong kereta. Mereka diantar ke gerobak-gerobak penuh sesak selama beberapa pekan dan mengalami kekurangan pangan dan air. Diperkirakan sekitar 228.392 orang dideportasi dari Krimea, dimana setidaknya 191.044 adalah Tatar Krimea dalam 47.000 keluarga. Semenjak 7.889 orang diantar dalam pemindahan panjang di gerbong-gerbong tersegel, NKVD mendaftarkan 183.155 Tatar Krimea yang datang ke tempat tujuan mereka di Asia Tengah. Mayoritas orang yang dideportasi berasal dari pinggiran Krimea. Hanya 18,983 orang yang diasingkan berasal dari kota-kota Krimea.



Pada 4 Juli 1944, NKVD resmi memberitahukan Stalin bahwa pemindahan telah rampung. Namun, tak lama setelah laporan tersebut, NKVD menemukan bahwa salah satu unitnya lupa untuk mendeportasi orang-orang dari Daratan Sempit Arabat. Disamping menyiapkan perpindahan tambahan dalam kereta-kereta, NKVD memasukkan ratusan Tatar Krimea ke sebuah perahu tua, membawa mereka ke tengah-tengah Laut Azov, dan menenggelamkan kapal tersebut, menenggelamkan seluruh orang di dalamnya pada 20 Juli. Orang-orang yang tidak tenggelam dihabisi oleh senapan mesin.



Secara resmi, tak ada Tatar Krimea yang tersisa di Krimea. Deportasi melibatkan setiap orang berdarah Tatar Krimea, termasuk anak-anak, wanita dan lansia, dan bahkan orang-orang yang telah menjadi anggota Partai Komunis atau Tentara Merah. Pada Maret 1949, sebanyak 8.995 mantan prajurit Tentara Merah berdarah Tatar Krimea didaftarkan dalam pemukiman istimewa. Di antara para veteran tersebut, terdapat 534 perwira, 1.392 sersan, dan 7.079 prajurit. Terdapat juga 742 anggota Partai Komunis Uni Soviet dan 1.225 anggota Komsomol. Menurut seorang saksi mata Rusia dari deportasi tersebut, beberapa pria masih berpihak di front Timur, namun deportasi tersebut menunggu mereka pada akhir perang. Ini secara khusus melucuti para pahlawan perang; contohnya, Ilyas Ablayev berjuang pada berbagai front dalam perang dan bertugas dalam Tentara Merah sampai Mei 1947, kemudian diasingkan ke kawasan Tashkent.

Pada pengusiran massal ini, otoritas Soviet merampas sekitar 80.000 rumah, 500.000 sapi, 360.000 hektare lahan, dan 40.000 ton hasil pertanian yang ditinggalkan Tatar Krimea. Selain itu, seluruh Tatar Krimea dipecat dari Tentara Merah. Disamping 191.000 Tatar Krimea yang dideportasi, otoritas Soviet juga mengusir 9.620 orang Armenia, 12.420 orang Bulgaria, dan 15.040 orang Yunani dari semenanjung tersebut. Semuanya secara kolektif dicap sebagai pengkhianat dan menjadi warga kelas dua selama berdekade-dekade di USSR. Diantara orang-orang yang dideportasi, terdapat juga 283 orang dari suku bangsa lainnya, orang Italia, orang Rumania, orang Karaim, orang Kurdi, orang Ceko, orang Hongaria, dan orang Kroasia. Pada 1947 dan 1948, 2.012 veteran lainnya yang pulang dideportasi dari Krimea oleh MVD lokal.

151.136 Tatar Krimea dideportasi ke RSS Uzbek; 8.597 ke Republik Sosialis Soviet Otonom Mari; dan 4.286 ke Republik Sosialis Soviet Kazakh; dan 29.846 sisanya dikirim ke berbagai wilayah pinggiran di RSFS Rusia. Saat Tatar Krimea datang ke tempat tujuan mereka di RSS Uzbek, mereka dihadapkan dengan penentangan dari para warga lokal Uzbek yang melempari batu ke mereka, bahkan anak-anak mereka, karena mereka mendengar bahwa Tatar Krimea adalah "pengkhianat" dan "kolaborator fasis." Orang-orang Uzbek juga memandang sinis karena mereka tak ingin menjadi "tanah buangan untuk bangsa-bangsa pengkhianat." Pada tahun-tahun berikutnya, beberapa serangan terhadap penduduk Tatar Krimea tercatat, beberapa bersifat fatal.

Deportasi massal Krimea diorganisir oleh Lavrentiy Beria, ketua kepolisian rahasia Soviet, NKVD, dan para bawahannya Bogdan Kobulov, Ivan Serov, B. P. Obruchnikov, M.G. Svinelupov, dan A. N. Apolonov. Operasi-operasi lapangannya dilakukan oleh G. P. Dobrynin, Kepala deputi sistem Gulag; G. A. Bezhanov, Kolonel Keamanan Negara; I. I. Piiashev, Mayor Jenderal; S. A. Klepov, Komisar Keamanan Negara; I. S. Sheredega, Letnan Jenderal; B. I. Tekayev, Letnan Kolonel Keamanan Negara; dan dua pemimpin lokal, P. M. Fokin, kepala NKGB Krimea, dan V. T. Sergjenko, Letnan Jenderal. Dalam rangka mengeksekusi deportasi tersebut, NKVD mengerahkan 5.000 agen bersenjata dan NKGB mengalokasikan 20.000 pasukan bersenjata tambahan, bersama dengan beberapa ribu prajurit reguler. Dua pengarahan Stalin dari Mei 1944 menyatakan bahwa setiap aspek pemerintah Soviet, dari keuangan sampai transit, terlibat dalam eksekusi operasi tersebut.

Pada 14 Juli 1944 GKO memerintahkan imigrasi 51.000 orang, kebanyakan orang Rusia, ke 17.000 lahan kolektif kosong di Krimea. Pada 30 Juni 1945, ASSR Krimea ditiadakan dan dimasukkan ke SFSR Rusia.

Propaganda Soviet berusaha untuk menyembunyikan transfer populasi tersebut dengan mengklaim bahwa Tatar Krimea telah "secara sukarela berpindah ke Asia Tengah". Pada kenyataannya, Krimea "dibersihkan secara etnis." Setelah tindakan tersebut, istilah "Tatar Krimea" dilarang dari pencatatan Rusia-Soviet, dan semua toponim Tatar (nama-nama kota, desa dan gunung) di Krimea diubah menjadi nama-nama Rusia di seluruh peta. Makam-makam Muslim dan obyek-obyek keagamaan di Krimea dihancurkan atau diubah menjadi tempat-tempat sekuler. Pada pemerintahan Stalin, tak ada orang yang diijinkan untuk menyatakan bahwa suku bangsa tersebut pernah ada di USSR. Ini lebih lanjut membuat beberapa orang dilarang menyatakan dirinya sendiri sebagai Tatar Krimea pada sensus-sensus Soviet 1959, 1970, dan 1979. Mereka hanya dapat menyatakan diri mereka sendiri sebagai orang Tatar. Pelarangan tersebut baru diangkat pada Sensus Soviet 1989.