Dalam pengakuannya yang ditulis dalam buku Detik-detik yang Menentukan: Jalan Panjang Indonesia Menuju Demokrasi (2006), Habibie megatakan pada 22 Mei 1998 kediamannya dan Istana Kepresidenan “dikepung” pasukan bersenjata tanpa sepengetahuan Panglima ABRI (Pangab) saat itu, Jenderal TNI Wiranto.

Kisah ini berawal saat Pangab Wiranto melaporkan kondisi lapangan, dan mengungkapkan ada pergerakan pasukan Kostrad dari luar Jakarta masuk ke Ibu Kota. “Dari laporan tersebut, saya berkesimpulan bahwa Pangkostrad bergerak sendiri tanpa sepengetahuan Pangab,” kata Habibie.

Habibie pun sempat curiga ada skenario tersendiri mengenai laporan yang baru disampaikan Pangab, dan berpikir untuk mengecek sendiri keadaan di lapangan. Namun, niat itu dibatalkan, dan Habibie memilih untuk percaya sepenuhnya kepada Wiranto.

Keputusan pun segera diambil. Habibie lantas meminta Wiranto untuk mencopot Prabowo dari jabatan Pangkostrad. “Sebelum matahari terbenam, Pangkostrad harus sudah diganti, dan kepada penggantinya diperintahkan agar semua pasukan di bawah komando Pangkostrad harus segera kembali ke basis kesatuan masing-masing,” ujar Habibie kepada Pangab Wiranto ketika itu.

Wiranto lantas bertanya, siapa yang akan menggantikan Prabowo. Ketika itu, Habibie menyerahkannya kepada Wiranto. “Terserah Pangab,” ujar Habibie.

Langkah pengamanan terhadap keluarga Presiden Habibie pun dilakukan. Semua anggota keluarga Presiden dikumpulkan di Wisma Negara, Istana Kepresidenan. Meski demikian, Habibie tetap beraktivitas seperti biasa, termasuk melakukan persiapan untuk mengumumkan Kabinet Reformasi Pembangunan.

Sebagai pengganti Prabowo, Wiranto mengusulkan Panglima Divisi Siliwangi Mayjen Djamari Chaniago. Namun, karena terkendala jarak, maka untuk sementara, Letjen Johny Lumintang ditunjuk sebagai Pangkostrad, selama 17 jam.

Sementara penasehat militer Habibie saat itu, Letjen Sintong Panjaitan mengatakan bahwa Habibie sempat memintanya untuk mengecek apakah ada penentangan terhadap pencopotan Prabowo itu.

Sintong kemudian melakukan tiga langkah. Pertama, Sintong bertanya kepada Jenderal Feisal Tanjung yang ketika itu baru dilantik menjadi Menteri Koordinator Politik dan Keamanan. “Kau saja bisa diganti. Apa susahnya mengganti jabatan tentara,” kata Feisal, seperti dikutip dari buku biografi Sintong Panjaitan, Perjalanan Seorang Prajurit Para Komando (2009).

Setelah itu, Sintong bertanya kepada Pangab Wiranto. Menurut Sintong, Wiranto yang agak tersinggung dengan pertanyaan itu menyanggupi, “Kenapa tidak?” Ketiga, Sintong kemudian bertanya kepada Kepala Staf Angkatan Darat Subagyo HS. Jawaban senada diucapkan oleh KSAD. Tiga jawaban ini pun meyakinkan Habibie bahwa tidak ada pergolakan berarti setelah Prabowo dicopot dari Pangkostrad.

Prabowo lantas menemui Habibie pada 23 Mei 1998. Saat itu, keduanya berdialog dalam bahasa inggris dan cukup panas. “Ini suatu penghinaan bagi keluarga saya dan keluarga mertua saya Presiden Soeharto. Anda telah memecat saya sebagai Pangkostrad,” kata Prabowo, seperti yang diungkap Habibie.