Secara umum, sejarah populasi Indonesia dibagi dalam lima gelombang migrasi yang diawali dengan migrasi populasi Negrito (populasi yang memiliki karakter phenotype seperti Orang Asli di semenanjung Melayu),

kemudian setelah sekian lama menghuni Sundaland, sebagian populasi Negrito tersebut mulai meninggalkan Sundaland menuju Sahul (yang kemudian sering disebut dengan populasi Papua/Melanesia/Australoid) dan ke arah utara menuju daratan Asia Tenggara (yang selanjutnya menjadi leluhur populasi penutur Austroasiatik dan Austronesia). Kemudian ketika Last Glacial Maximum (LGM) terjadi, sebagian dari populasi penutur Austroasiatik, yang menghuni daratan Asia Tenggara, kembali migrasi ke kepulauan Nusantara. Dan pada pertengahan era Holocene, penutur Austronesia juga kembali ke kepulauan Nusantara dan menyebar ke arah Pasifik. Gelombang migrasi terakhir terjadi pada masa sejarah, dengan hadirnya pendatang-pendatang dari Arab, Persia, Gujarat, India selatan dan timur, yang meninggalkan jejak genetik cukup kuat pada populasi Nusantara saat ini.

Gelombang pertama, menurut Karafet et al., (2010: Major east-west division underlies Y-chromosome stratification across Indonesia) berdasarkan garis keturunan maternal diwakili oleh mtDNA haplogroup M17a, M73, M47, N21, N22, R21, R22, dan R23,yang bisa ditelusuri kembali ke populasi macro-haplogroup M dan N serta R yang ada di Asia Tenggara.

Gelombang kedua, menurut Karafet et al., diwakili garis keturunan B4a, B4b, B4c, B4c1b3, B5a, B5b, B5b1, D dan E) yang berumur ~40.000 tahun. Bandingkan dengan Gelombang kedua dari Sunda ke Sahul (garis keturunan macrohaplogroup N yang menuju Australia, garis keturunan mtDNA R: P dan B di Wallacea dan Sahul; garis keturunan mtDNA M: M29’Q, M27, M28, serta M42a, M14 dan M15 di Australia). Berdasarkan keragaman yang berbeda dari masing-masing garis keturunan tersebut, sangat tidak mungkin bahwa setiap peristiwa migrasi membawa masing-masing garis keturunan tersebut ke Indonesia. Garis keturunan maternal tersebut memang sangat terkait dengan populasi Orang Asli di Semenanjung Melayu, namun berdasarkan data genetik, garis keturunan tersebut juga ditemukan di Indonesia. Mereka adalah populasi pertama Sundaland yang menyusuri sungai-sungai purba yang menghubungkan Semenanjung Melayu dengan Sundaland.

Gelombang ketiga, menurut Karafet et al. adalah migrasi Neolitik ke Asia Tenggara dan di sekitar Asia Tenggara. Beberapa diantaranya bisa jadi termasuk migrasi dari daratan Asia Tenggara, di bagian lain adalah perpindahan populasi dari pulau satu ke pulau yang lain di kepulauan Nusantara. Gelombang ketiga diwakili oleh garis keturunan mtDNA haplogroup M7b3, E1a1a, M7c3c, dan Y2. Saya berpendapat, bahwa gelombang ketiga di wakili oleh mtDNA haplogroup E (penanda genetik proto-Austronesia/proto-Malayo-Polynesia sebelum era Holocene) dan B4a1a yang dianggap sebagai penutur proto-Austronesia, bersama dengan mtDNA F1a1a dan N9a6 yang merupakan penanda genetik penutur Austroasiatik. Hal ini diperkuat oleh sebaran Y-DNA O2a1-M95, yang merupakan penanda genetik paternal penutur Austroasiatik. Gelombang ketiga ini seharusnya terjadi di masa LGM (~21-11.500 tahun yang lalu, sesuai dengan umur mtDNA dan Y-DNA yang terlibat).

Gelombang keempat, menurut Karafet et al. adalah migrasi di jaman sejarah, termasuk mereka yang terlibat dalam perdagangan maritim masa lalu, seperti India, Arab dan China. Meskipun frekuensinya rendah, garis keturunan paternal yang mewakili gelombang keempat ini banyak ditemukan di Indonesia bagian barat, sesuai dengan sebaran agama Hindu oleh para brahmana dari India timur, dan mungkin keturunan raja-raja India yang mendirikan dinasti di kerajaan-kerajaan Hindu di Nusantara, seperti dinasti Warman dari India selatan. Y-DNA H dan R1a1 dari India, dan J-M172 dari Arab/Persia, serta O-M134 dari China selatan. Menariknya, tidak ditemukan sebaran mtDNA dari masa sejarah dari luar Indonesia. Hubungan dagang dan penyebaran agama Hindu di Nusantara tidak melibatkan wanita migran. Konsekuensinya, pria migran tersebut mengambil istri dari populasi lokal. Saya berpandangan bahwa gelombang ke empat versi Karafet et al. adalah gelombang kelima, sedangkan gelombang ketiga versi Karafet adalah gelombang keempat. Karafet et al. tidak mempertimbangkan sebaran garis keturunan penutur Austroasiatik, yang frekuensinya cukup tinggi di Indonesia bagian barat (50-60%).

Catatan menarik dari Karafet et al. adalah bahwa garis keturunan mtDNA yang ditemukan di hampir seluruh wilayah Indonesia adalah M7c3c (yang menurutnya adalah penanda genetik maternal penutur Austroasiatik), garis keturunan yang juga ditemukan di Taiwan dan Filipina, namun tidak ditemukan di Oceania (Pasifik). Populasi Austronesia lebih terkarakterisasi dari keragaman genetiknya dibanding dengan kesamaan garis keturunan secara genetik. Dengan temuan ini, penutur Austronesia tidak hanya diwakili oleh Polynesian motif (B4a1a1a), sehingga bisa jadi B4a1a1a menyebarkan proto-Austronesia, sedangkan M7c3c lebih terkait dengan Malayo-Polynesia.



sumber: https://motherlanders.wordpress.com/...a-dan-pasifik/