Sejarah TAPAK SUCI dimulai jauh sebelum tahun 1963. Berawal dari aliran pencak silat Banjaran yang dikuasai oleh KH.Busyro Syuhada (lahir tahun 1827), yang bermukim di pesantren di Binorong, Banjarnegara, Jawa Tengah. Dalam sejarahnya, KH.Busyro adalah ulama yang patriotik, tidak menyukai penjajahan, dan berkali-kali menjadi buronan kolonial Belanda. Nama kecilnya adalah Ibrahim. Sekembalinya dari tanah suci Mekkah, beliau berganti nama menjadi KH. Busyro Syuhada.

KH.Busyro Syuhada mempunyai murid diantaranya yaitu; Achyat (H. Burhan), dan M. Yasin (H. Abu Amar Syuhada), dan Soedirman, yang kelak berkiprah dalam dunia milter dan dikenal sebagai Panglima Besar Jenderal Sudirman. KH. Abu Amar Syuhada sendiri adalah murid sekaligus teman seperjuangan KH. Ahmad Dahlan, pendiri Muhammadiyah.

Tahun 1921, dua kakak-beradik asal Kauman, Yogyakarta, A.Dimyati (kakak) dan M.Wahib (adik), belajar pencak kepada KH.Busyro Syuhada (aliran Banjaran), di Banjarnegara. Aliran yang semula berkembang di Banjarnegara, kemudian pindah ke Kauman, Yogyakarta, seiring dengan perpindahan KH.Busyro Syuhada dan H.Burhan.

Pada masa berguru, A.Dimyati dan M.Wahib ditunjuk oleh KH.Busyro untuk berkelana (mengembara), masing-masing ke arah barat (A.Dimyati), dan ke arah timur (M.Wahib) untuk adu kaweruh (adu ilmu), memperdalam ilmu beladiri dan agama, sekaligus berdakwah. Setelah bertahun-tahun berkelana, kemudian keduanya kembali ke Kauman, Yogyakarta.

Pada tahun 1925, atas restu KH. Busyro Syuhada, kedua kakak-beradik A.Dimyati dan M.Wahib mendirikan paguron (perguruan) yang diberi nama Paguron Kauman (Cikauman) yang beraliran Banjaran-Kauman. Pada waktu didirikan, telah digariskan dengan tegas dasar yang harus dipatuhi dan dilaksanakan oleh semua murid-murid Kauman, yaitu:
(1). Paguron Cikauman, berlandaskan Al Islam dan berjiwa ajaran KH.Ahmad Dahlan, membina pencak silat yang berwatak serta berkripadian Indonesia, bersih dari sesat dan sirik;
(2). Mengabdikan perguruan untuk perjuangan agama serta bangsa dan negara;
(3). Sikap mental dan gerak langkah anak murid harus merupakan tindak-tanduk Kesucian. Paguron ini memiliki landasan agama dan kebangsaan yang kuat, dan menegaskan seluruh pengikutnya untuk bebas dari syirik (menyekutukan Allah) serta mengabdikan perguruan untuk perjuangan agama dan bangsa.

Perguruan Cikauman melahirkan pendekar-pendekar yang tangguh, seperti misalnya M.Djuraimi pada generasi pertama. Kemudian pada generasi ke-2 tercatat M.Syamsuddin. Setelah tamat, M.Syamsuddin diberi restu untuk membuka perguruan dan mendirikan Paguron Seranoman (Kauman sebelah Utara). Setelah itu berlaku aturan bahwa murid yang telah lulus dari Paguron Seranoman, baru bisa diterima belajar di Paguron Kauman.

Pada generasi ke-3, tampil M.Zahid, pendekar yang dikenal cemerlang akalnya. Sayangnya, beliau tidak sempat membuka perguruan baru, namun begitu sempat melahirkan murid yang sama cermerlangnya, yaitu M. Barie Irsjad.

Generasi berikutnya, tercatat Moh.Djamiat Dalhar, yang tidak asing lagi di dunia olahraga Indonesia sebagai macan bola yang belum ada tandingannya. Pada generasi ini juga tampil Wasthon Sudjak dan M. Bakir Odrus.

Pada generasi ke-5, Ibu Pertiwi mencatat nama dua puluh orang murid Kauman di bawah pimpinan KH.Burhan, yang semuanya adalah anggota Laskar Angkatan Perang Sabil (APS), yang gugur sebagai kusuma bangsa ketika perlawananan senjata melawan Belanda di belahan barat Yogyakarta. Kelak untuk mewarisi jiwa patriotik itu, TAPAK SUCI membentuk kelompok inti yang terdiri dari 20 orang anggota, yang diberi nama KOSEGU (Korps Serba Guna). Untuk kali pertama KOSEGU secara aktif membantu penumpasan gerakan komunis pada tahun 60-an di Yogyakarta.

Pada generasi ke-6, tercatatlah M.Barie Irsjad, murid dari M.Zahid. Setelah lulus, diberi restu oleh Pendekar M.Wahib untuk menerima murid, lalu mendirikan Paguron Kasegu (di sebelah selatan). Sekalipun melahirkan paguron-paguron yang namanya berbeda, namun kesemua paguron itu berakar pada aliran pencak silat yang sama yaitu aliran Kauman-Banjaran, disamping kenyataan bahwa M.Barie Irsjad memang murid Seranoman, dan juga memang sebagai murid Cikauman.

Pada era Paguron Kasegu inilah, muncul gagasan untuk merealisasikan rencana mendirikan satu perguruan yang melebur serta melanjutkan paguron-paguron yang sealiran itu, yaitu satu perguruan yang berorientasi lebih luas, diorganisir dengan AD & ART, dengan materi latihan yang tersusun, teratur, dan memakai seragam. Gagasan ini disampaikan kepada Pendekar M.Wahib yang kemudian menyatakan bersedia untuk menilai ilmu yang akan diajarkan. Dengan dasar itulah, dan dengan pengertian dan maksud agar ada satu wadah yang menyatukan sehingga tidak selalu melahirkan paguron yang baru, Pendekar Besar A. Dimyati dan M. Wahib merestui bahwa Perguruan TAPAK SUCI adalah sebagai kelangsungan dari Paguron Kauman yang didirikan pada tahun 1925 dan berpusat di Kauman,Yogyakarta. Pada tahun 1963, murid-murid dari masing-masing paguron inilah yang bahu membahu mempersiapkan kelahiran TAPAK SUCI. Paguron TAPAK SUCI merupakan adalah amanat dari Pendekar-pendekar Cikauman (Kauman-Banjaran) kepada generasi penerus bangsa untuk dipelihara, dibina, dan dikembangkan dengan sebaik-baiknya pada jalan kebenaran.

Untuk merealisasikan rencana pendirian perguruan ini Pendekar M. Wahib mengutus tiga orang muridnya, yaitu: Ahmad Djakfar, Slamet, dan M.Dalhar Suwardi. Kemudian M. Syamsuddin mengirim dua orang muridnya yaitu M.Zundar Wiesman dan Anis Susanto. Sedangkan enam murid yang berasal dari Kasegu antara lain yaitu Drs. Irfan Hadjam, M. Djakfal Kusuma, Sobri Ahmad, dan M.Rustam. Keseluruhannya ini merupakan murid-murid pada generasi ketujuh, generasi yang berperan ketika TAPAK SUCI didirkan. Murid-murid generasi ketujuh ini mulai berlatih tahun 1957, dengan pembinaan yang dilakukan bersamaan dan berkelanjutan. Maka berdasarkan kenyataan-kenyataan itulah yang akhirnya mengilhamkan gagasan untuk merealisasikan perguruan yang menyatukan murid-murid dari ketiga perguruan, menjadi perguruan yang lebih besar, perguruan yang lebih kuat dan terorganisir, yang tidak lagi berorientasi kampung namun menjadi gerakan yang mendunia.

Atas izin Allah SWT, pada tanggal 10 Rabiulawwal 1383 H, atau bertepatan dengan 31 Juli 1963, di Kauman, Yogyakarta, dideklarasikan berdirinya Persatuan Pencak Silat TAPAK SUCI. Pada waktu deklarasi, digariskan bahwa;
(1) Tapak Suci berjiwa ajaran KH. Ahmad Dahlan;
(2) Keilmuan Tapak Suci metodis dinamis;
(3) Keilmuan Tapak Suci bersih dari syirik.

Nama Perguruan dirumuskan oleh Moh. Barie Irsjad, Moh.Rustam Djundab, dan Moh.Djakfal Kusuma, dengan mengambil dasar dari ajaran Perguruan Kauman. Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga dikonsep oleh Moh.Rustam Djundab. Tata tertib upacara disusun oleh Moh. Barie Irsjad. Doa dan Ikrar disusun oleh H. Djarnawi Hadikusuma. Lambang Perguruan diciptakan oleh M. Fahmie Ishom. Lambang Anggota diciptakan oleh Suharto Sudjak. Lambang Tim Inti Kosegu dibuat oleh Ajib Hamzah. Bentuk dan warna pakaian dibuat oleh M. Zundar Wiesman dan Anis Susanto.

Susunan pengurusnya yang pertama sebagaimana tersebut sebagai berikut:

Pelindung: H. Djarnawi Hadikusuma
Penasehat: Drs.Med. M. Diham Hadjam
Ketua I: Moh.Barie Irsjad
Ketua II: Drs.Irfan Hadjam
Sekretaris I: Moh.Rustam
Sekretaris II: M.Dalhar Suwardi
Bendahara I: M.Sobri Achmad
Bendahara II: M.Zundar Wiesman
Perlengkapan: Achmad Djakfar; M.Slamet
Anggota: Moh.Djakfal Kusuma; Anis Susanto
Bidang Keilmuan: A. Dimyati; M.Wahib
Bidang Medis: Dr.M.Baried Ishom

Pada usia enam bulan Tapak Suci dapat tampil yang pertama dihadapan masyarakat yaitu pada Pagelaran Pencak Silat dalam Ta'aruf Pembukaan Kongres Islam Asia Afrika di Kepatihan, Yogyakarta.

Setahun setelah berdiri, tepatnya tahun 1964, TAPAK SUCI secara de facto sudah merupakan gerakan Muhammadiyah. Lambang Sinar Matahari pun dimasukkan ke dalam Lambang TAPAK SUCI sebagai identitas bahwa TAPAK SUCI adalah gerakan Muhammadiyah. Sebutan perguruan dilengkapi menjadi TAPAK SUCI PUTERA MUHAMMADIYAH berdasar kenyataan bahwa Tapak Suci didirikan oleh putera-putera dari keluarga-keluarga Muhammadiyah. HR.Haiban Hadjid dipilih sebagai Ketua Umum, dan H.Djarnawi Hadikusuma duduk sebagai Penasehat. Di tahun 1964 dibukalah pendaftaran anggota untuk umum secara besar-besaran. Pada kesempatan ini cukup banyak anggota baru yang mendaftar, termasuk yang berasal dari aktifis PPI, KAPPI, KAMI, dan HMI, di Yogyakarta.

Aris Margono (pelajar SPG Muhammadiyah I Yogyakarta), adalah salah satu murid yang belajar Tapak Suci pada masa itu. Ia adalah aktifis KAPPI di Yogyakarta. Ia gugur pada tanggal 10 Maret 1966, dan kemudian diabadikan sebagai Pahlawan Ampera di Yogyakarta. Seorang aktifis lainnya, Aris Munandar (Pelajar SMP Muhammadiyah X, Yogyakarta), juga gugur pada hari yang sama.

Setelah meletusnya pemberontakan G30 S/PKI, Tapak Suci kembali ke sarang dan berkonsetrasi kembali pada organisasi. Kali ini organisasi mesti memenuhi kebutuhan untuk melatih di daerah-daerah. Beberapa daerah mengajukan permintaan untuk dibuka latihan Tapak Suci. Hal itu pulalah yang mendorong Tapak Suci cepat tersebar ke daerah-daerah. Beberapa praktisi beladiri yang berada di lingkungan Muhammadiyah pun ikut bergabung dengan Tapak Suci, sehingga dengan demikian menyemarakkan gegap gempita Tapak Suci baik dari sisi organisasi maupun keilmuan. Perguruan Tapak Suci yang awalnya hanya di Yogyakarta akhirnya berkembang keluar Yogyakarta dan masuk ke daerah-daerah lainnya. Tapak Suci betul-betul dihadapkan pada tantangan berupa kaderisasi dan manajemen organisasi.

etika Tapak Suci mengembangkan sayapnya ke wilayah timur, tepatnya di Jember, Jawa Timur, bertemulah Tapak Suci dengan perguruan Guntur. Perguruan Guntur dipimpin oleh H.Syeh Abussamad Alwi, Buchory Achmad, dan Hadiningram. Perguruan Guntur menyatakan akan bergabung dengan Tapak Suci apabila Tapak Suci memiliki kelebihan, melalui pembuktian, penampilan jurus, dan adu kaweruh. Atas ridho Allah SWT, cita-cita kedua perguruan ini pun dimuluskan oleh kehendak Allah SWT. Perguruan Guntur menyatakan bergabung dengan Tapak Suci. Jember menjadi Keluarga Pertama Tapak Suci yang berada di luar Yogyakarta.

Di tahun 1966 diselenggarakan Konferensi Nasional I Tapak Suci yang dihadiri oleh para utusan dari daerah-daerah. Pada saat itu berhasil dirumuskan pemantapan organisasi secara nasional, dan Perguruan Tapak Suci dikembangkan lagi namanya menjadi Gerakan dan Lembaga Perguruan Seni Beladiri Indonesia Tapak Suci Putera Muhammadiyah. Kemudian melalui Sidang Tanwir Muhammadiyah pada tanggal 28 Juli s.d 1 Agustus 1967 di Yogyakarta, Tapak Suci Putera Muhammadiyah diterima dan ditetapkan menjadi organisasi otonom ke-11 di Persyarikatan Muhammadiyah. Hal ini tidak bisa dilepaskan dari dukungan KH. Ahmad Badawi, yang kala itu menjabat sebagai Ketua Umum Pimpinan Pusat Muhammadiyah. Karena memiliki wawasan yang luas dan bijaksana, KH.Ahmad Badawi memandang bahwa TAPAK SUCI sangat efektif sebagai tempat pembinaan Kader Muhammadiyah.

Dari rintisan sejarah ini dapat kita temui bahwa Tapak Suci tidak dibesarkan oleh kehebatan orang perorang. Keilmuan Tapak Suci pun bukan keilmuan yang berasal dari kesaktian satu orang semata. Justru, Tapak Suci lahir dan tumbuh, serta menjadi besar, karena berjamaah. Tapak Suci lahir karena ridho dan kerelaan, yang direspon oleh kerja nyata yang ikhlas. Hal ini telah mengisyaratkan kepada anggotanya untuk berkarya nyata dengan ikhlas dan berserah diri kepada Allah, sebagai manifestasi dari tindak-tanduk kesucian.

Dalam Kejuaraan Nasional I Tapak Suci tahun 1967 di Jember, pertandingan Pencak Silat Tapak Suci dilaksanakan seperti tarung bebas. Hal ini memang merupakan tradisi perguruan sejak dulu yang dalam melakukan sabung (pertarungan) selalu menggunakan sistem full-body contact, kecuali mata dan kemaluan. Pada Kejurnas I di Jember itu pun sudah diperlombakan pencak silat seni, yang mana yang dilombakan adalah Kerapihan Teknik Permainan. Seiring dengan dimasukkannya pencak silat sebagai salah satu cabang olahraga, sistem tarung bebas seperti itu tidak dapat diterapkan dalam pertandingan olahraga karena dapat mengakibatkan cidera berat bahkan kematian. Karena itulah sistem pertandingan olahraga Tapak Suci terus mengalami penyempurnaan dengan tanpa meninggalkan kaidah dan tradisi. Hingga beberapa dasawarsa ke depan, sistem pertandingan olahraga Tapak Suci tetap tidak menggunakan pelindung badan (body-protector), dengan pengertian bahwa pelindung badan pesilat Tapak Suci adalah keilmuan dan ketangkasan si pesilat.

Ketika Tapak Suci memantapkan diri dalam gerakan olahraga dan seni, keilmuan Tapak Suci ditampilkan melalui 4 aspek; mental-spiritual, olahraga, seni, dan beladiri. Adapun ilmu pengebalan tubuh ataupun anggota tubuh berupa alat penyasar, mulai ditinggalkan. Hal ini mengingat adanya anjuran dari Majelis Tarjih Pimpinan Pusat Muhammadiyah agar ilmu tersebut disimpan, kalau toh itu ilmu yan haq, akan tetapi dikhawatirkan dapat menjadi satu kesombongan.

Pada masa-masa perkembangan Perguruan Tapak Suci yang telah merambah ke persada nusantara, maka dipandang perlu bagi Perguruan Tapak Suci untuk mencari induk organisasi pencak silat. Pada waktu itu sekurang-kurangnya ada tiga organisasi yang menamakan diri sebagai induk organisasi pencak silat Indonesia, yaitu: PPSI yang digerakkan dari Bandung, IPSI yang digerakkan dari Jakarta, dan BAPENSI yang digerakkan dari Yogyakarta, yang masing-masing mencari kekuatan pendukung.

Melalui Rapat Kerja Nasional yang dilaksanakan pada tanggal 19 s.d 20 April 1967 di Pekalongan, disamping memutuskan dan mengesahkan Anggaran Rumah Tangga, Tapak Suci berketetapan hati memilih Ikatan Pencak Silat Seluruh Indonesia (sekarang Ikatan Pencak Silat Indonesia) sebagai induk organisasi pencak silat. Untuk itu Tapak Suci didaftarkan kepada PB. IPSI dan langsung diterima menjadi anggota nasional. Tapak Suci didudukkan sebagai salah satu dari 10 Perguruan Historis IPSI, mengingat peran Tapak Suci yang menunjang tegak berdirinya PB. IPSI yang kala itu kondisinya sedang kritis.