Masalah Papua selalu di warnai masalah klasik yang hingga hari ini tetap menjadi pemicu untuk memisahkan diri dari Indonesia. Masalah tersebut meliputi, ekonomi, pendidikan, sosial, politik, hukum, pertahanan dan keamanan., seperti yang di rumuskan oleh para pakar ataupun hasil penelitian atas Masalah Papua. Selain itu, keterlibatan pihak luar yang memiliki tujuan khusus agar Indonesia terpecah terus memprovokasi masyarakat Papua untuk memisahkan diri dari NKRI.
Berbagai upaya telah maksimal dilakukan Pemerintah seperti :
1. Komunikasi Intensif terhadap tokoh intelektual Papua.
2. Meningkatkan taraf hidup dan kesejahteraan sosial, termasuk mengembangkan penerapan teknologi komunikasi di Papua.
3. Kerjasama dengan kaum intelektual di Tanah Air maupun luar negeri guna meningkatkan Percepatan Pembangunan
4. Kerjasama bilateral maupun multilateral terhadap negara lain dalam menangani masalah di Papua
5. Meningkatkan kepercayaan masyarakat Papua terhadap Indonesia
6. Evaluasi berbagai kebijakan yang telah dilakukan di Papua.

Namun, kiranya hal ini perlu di dukung oleh masyarakat Papua khususnya dan Masayarakat Indonesia pada umumnya. Berbagai upaya telah dilakukan oleh pemerintah guna menghadapi masalah ini. Salah satunya penerapan otonomi khusus di Papua , yang akan diperbaharui kembali dengan otonomi khusus plus. Untuk itu peran semua pihak dalam mensukseskan program-program pembangunan di Papua sangatlah diperlukan, dan yang terpenting Masyarakat Papua harus memahami bahwa terdapat kepentingan asing yang juga terus melakukan tindakan-tinndakan kontraproduktif terhadap kemajuan Papua dengan memanfaatkan segelintir orang Papua yang hanya mencari keuntungan pribadi dengan terus mendiskriditkan Pemerintah Indonesia.