Di perairan Utara Paleto Bay, ada sebuah UFO yang jatuh di bawah air yang cukup dalam. Sayangnya, tidak ada cara untuk masuk ke dalam pesawat UFO tersebut.

UFO berbetuk aneh ini terlihat di langit di atas Fort Zancudo AFB. Pemain dapat berusaha untuk meloncat ke atas UFO tetapi akan terlempar oleh kekuatan mesin UFO yang berputar di pusat pesawatnya.

Penampakan UFO ini hanya muncul setelah Anda menyelesaikan game ini hingga 100%. Caranya adalah pergi ke puncak Mount Chiliad kemudian Anda akan menemukan tempat untuk memandang kejauhan.

Pada pukul 3 pagi di dalam game, sebuah UFO akan muncul ketika Anda berdiri di atas panggung kayu, tetapi penampakan hanya akan terlihat ketika hari dalam keadaan hujan.

Untuk memicu turunnya hujan, Anda dapat menggunakan cheat berikut. Gunakan kode berikut sebanyak tujuh kali untuk mendapatkan hujan: (Xbox 360: RT A LB LB LT LT LT X. PS3: R2 X L1 L1 L2 L2 L2 Kotak).

Hologram kemudian akan muncul di kejauhan, tetapi jika Anda melangkah lebih dekat untuk menyelidikinya, akan menyebabkan UFO tersebut menghilang. UFO tersebut terlihat memiliki tanda 'FIB' khusus.

Ada penampakan UFO misterius lainnya yang muncul secara langsung di atas Hippy Camp di wilayah Sandy Shores. UFO ini juga memiliki tanda 'FIB'.

Namun jika Anda berada terlalu dekat dengan lokasinya, Anda atau helikopter yang Anda gunakan tiba-tiba akan terdorong jauh.

Jika menyelam di Pacific Ocean atau Samudera Pasifik, Anda akan menemukan bangkai UFO yang jatuh namun tidak akan bisa masuk ke dalamnya.