Agar Tata Cara Pemeriksaan bisa sejalan dengan Undang-Undang KUP, maka sejak 3 Mei 2011 berlaku beberapa prosedur baru dalam pemeriksaan pajak sebagaimana diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan No.82/PMK.03/2011.

Berikut catatan atas perubahan tersebut :

Jangka Waktu Pemeriksaan

Walau jangka waktu pemeriksaan, baik pemeriksaan kantor maupun pemeriksaan lapangan tidak berubah. Tetapi "argo" awal pemeriksaan berubah dari sejak tanggal SP2 menjadi sejak tanggal Surat Pemberitahuan. Memang tidak signifikan karena prakteknya dua surat tersebut biasanya memiliki tanggal yang sama.


Perubahan yang cukup signifikan di jangka waktu pemeriksaan adalah adanya alasan tertentu jika jangka waktu pemeriksaan diperpanjang. Selain harus ada alasan yang cukup kuat, sekarang pemeriksa harus memberitahukan secara tertulis tentang perpanjangan jangka waktu pemeriksaan kepada wajib pajak. Ini hal baru dalam tata cara pemeriksaan. Setelah diperpanjang, artinya setelah 6 bulan untuk pemeriksaan kantor atau 8 bulan untuk pemeriksaan lapangan, pemeriksa belum menyelesaikan juga, maka menurut Pasal 5A ayat (4) pemeriksa harus menerbitkan dan menyampaikan Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan (SPHP) kepada wajib pajak dalam jangka waktu 7 hari. Ini juga aturan baru yang memaksa pemeriksa menyelesaikan pemeriksaan paling lama 8 bulan.

Kuesioner
Pemeriksa wajib menyampaikan kuesioner kepada wajib pajak. Dulu kuesioner disampaikan pada akhir pemeriksaan dan tidak diwajibkan. Sekarang, pemeriksa pajak akan memberikan sekurang-kurangnya 3 dokumen kepada Wajib Pajak saat pertama kali datang, yaitu :
a. Surat Pemberitahuan Pemeriksaan
b. Kuesioner
c. Salinan Surat Perintah Pemeriksaan

Berita Acara Hasil Pertemuan
Sekarang diwajibkan untuk dibuat oleh Pemeriksa. Isi berita acara menerangkan langkah-langkah pada saat pemeriksa datang pertama kali, seperti: menerangkan tujuan pemeriksaan, menerangkan hak dan kewajiban pemeriksa serta hak dan kewajiban Wajib Pajak. Format berita acara hasil pertemuan diatur lebih lanjut di Peraturan atau Surat Edaran Dirjen Pajak.


Sumber: [url]http://finance.detik..com/read/2011/08/01/083013/1693438/9/aturan-main-pemeriksaan-pajak[/url]