Ancaman terorisme di Indonesia telah berlangsung cukup lama, serius dan mengganggu. Terakhir aksi-aksi teror semakin berani membunuh polisi dan juga anggota TNI. Terdapat dua kelompok khusus teroris di Indonesia, yaitu teroris yang merupakan kelanjutan gerakan dari Jamaah Islamiyah, Jamaah Anshorut Tauhid, terurai menjadi kelompok sempalan kecil dan aktif. Ciri khas mereka melakukan serangan dengan bom rakitan serta penembakan anggota polisi. Target pengeboman adalah kantor dan pos-pos polisi, target perorangan adalah polantas dan polisi pembinaan masyarakat.
Kelompok teror kedua terkait dengan separatisme, khususnya di Papua. Kelompok ini semakin berani menyerang dengan melakukan penyerangan dan penembakan khususnya terhadap anggota TNI, serta mengintimidasi pegawai freeport. Korban beberapa anggota TNI AD telah berjatuhan di Papua.
Sejak beberapa tahun terakhir, penanganan teror kelompok ideologis JI ditangani oleh satuan khusus Polri, Densus-88. Dalam penanganan khusus, semisal penyisiran kawasan hutan di Poso, dilibatkan satuan-satuan wilayah dari TNI. Untuk penanganan teror di Papua, walau polisi tetap bertangung jawab masalah keamanan, yang berhadapan langsung dengan kelompok separatisme adalah satuan TNI dari satuan wilayah.
Seperti diketahui, masalah terorisme hanya dapat diselesaikan dengan langkah intelijen strategis, yang ditautkan dengan intelijen taktis. Intelijen taktis untuk memenangkan pertempuran, sedang intelijen strategis akan memenangkan peperangan. Terorisme, termasuk di Indonesia juga beberapa terkait dengan jaringan terorisme internasional, disinilah peran penting Bais dan Koopssus TNI. Oleh karena itu kita tunggu wacana cerdas yang sudah disampaikan oleh Jenderal Moeldoko. Yang menjadi kunci sukses penanggulangan teror di Indonesia adalah kebesaran hati mereka yang selama ini mendapat tugas menanggulangi terorisme.
Kepercayaan terhadap Mabes Polri, BNPT dan Mabes TNI apabila dapat disatukan dengan semangat baru akan lebih mampu, efektif dan sukses mengordinir lembaga-lembaga terkait lainnya dalam menyelesaikan keinginan presiden untuk menyelesaikan terorisme yang diterakan melalui PP 46/2010. Tanpa semangat dan menghilangkan persaingan yang sudah umum, nampaknya penanggulangan terorisme ya akan terus begini-begini saja.