Tahun 2008, UGM berada pada peringkat 360 Dunia (Terbaik di Indonesia), disusul Universitas Indonesia pada posisi kedua dan Institut Teknologi Bandung di posisi ketiga. Pada Tahun 2010, Posisi UGM meningkat menjadi Peringkat 250 Dunia, Peringkat dibuat menurut versi Times Higher Education Supplement World University Rankings. Rangking Webometric Universitas Dunia menempatkan UGM di Rangking 72 di Asia, Posisi UGM merupakan Rangking Pertama di Indonesia secara konsisten dalam 5 tahun berturut-turut : 2007, 2008, 2009, 2010, dan 2011. Peringkat Dunia UGM tidak hanya unggul pada level Universitas. Pada level Fakultas (atau Kelompok Keilmuan), UGM mendominasi Peringkat Terbaik di Indonesia.
Peringkat 47 Dunia untuk Kategori Ilmu Sosial (Terbaik di Indonesia): meliputi Fakultas Ekonomika dan Bisnis, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Hukum dan Fakultas Psikologi. Peringkat 70 Dunia untuk Kategori Ilmu Humaniora (Terbaik di Indonesia) : meliputi Fakultas Ilmu Budaya dan Fakultas Filsafat. Peringkat 73 Dunia untuk Kategori Ilmu Hayati dan Biomedis (Terbaik di Indonesia): meliputi Fakultas Kedokteran, Fakultas Kedokteran Gigi, Fakultas Kedokteran Hewan, Fakultas Biologi, Fakultas Farmasi, Fakultas Pertanian, Fakultas Peternakan, Fakultas Teknologi Pertanian, dan lain-lain.
Universitas Gadjah Mada merupakan Universitas dengan Sistem Penjaminan Mutu Terbaik di ASEAN bersama dengan National University of Singapore dan Chulalongkorn University.
ugm.ac.id

Pada tahun 2009/2010 UII mempunyai 17.000 Mahasiswa yang tersebar di berbagai program study. Saat ini UII memiliki 8 fakultas, 5 program diploma,21 program strata 1, 3 program profesi, 6 program strata2, tiga program strata3, sebagian program yang ditawarkan telah mendapatkan Akreditasi A dan B.
untuk info lebih jelasnya,nih situs resmi uii
http://uii.ac.id/

Universitas Muhammadiyah Yogyakarta (UMY) berhasil meraih akreditasi A dari Badan Akreditasi Nasional-Perguruan Tinggi (BAN-PT) Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.standardisasi pendidikan yang diberlakukan pun setara nasional bahkan internasional. Dengan raihan akreditasi ini maka UMY merupakan satu-satunya perguruan tinggi Muhammadiyah di Jawa Tengah dan DIY yang meraih akreditasi A.
untuk info lebih lengkapya umy.ac.id

Memiliki kelas internasional pada beberapa Prodi di FMIPA dan FE.

Sebagian besar dosen telah bersertifikasi profesi,Sebagian besar program studi memiliki akreditasi A,Memiliki mahasiswa asing yang mengikuti pendidikan degree dan nondegree,Merupakan salah satu universitas eks IKIP yang layak menjadi perguruan tinggi bertaraf internasional,Memiliki dan mengembangkan Museum Pendidikan, Laboratorium Pembelajaran, dan Laboratorium Alam sebagai sumber belajar,Merupakan universitas induk penyelenggara sertifikasi guru,Salah satu universitas yang ditunjuk KEMDIKBUD sebagai penyelenggara Pendidikan Profesi Guru (PPG),Memperoleh penghargaan dari Menpora RI sebagai Kampus Prima Olahraga.
uny.ac.id

Universitas Ahmad Dahlan (UAD) merupakan pengembangan dari Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Muhammadiyah Yogyakarta, Institut Keguruan dan Ilmu Pnedidikan Muhammadiyah Yogyakarta sebagai lembaga Pendidikan Tinggi merupakan pengembangan FKIP Muhammadiyah Cabang Jakarta di Yogyakarta yang didirikan pada tanggal 18 November 1960. FKIP Muhamadiyah merupakan kelanjutan kursus BI Muhammadiyah di Yogyakarta yang didirikan tahun 1957, pada waktu itu kursus BI memiliki Jurusan Ilmu Mendidik, Civic Hukum dan Ekonomi.
uad.ac.id

Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY) adalah lembaga pendidikan tinggi swasta yang didirikan oleh kaum awam Katolik dan dikelola oleh Yayasan Slamet Rijadi – Yogyakarta, di bawah lindungan Santo Albertus Magnus. Universitas Atma Jaya Yogyakarta lahir pada tanggal 27 September 1965, dengan tujuan untuk ikut serta mencerdaskan kehidupan bangsa melalui pendidikan yang berdimensi serta berorientasi global.
Sejak 31 Agustus 1973 Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya Cabang Yogyakarta melepaskan diri dari Universitas Katolik Indonesia Atmajaya di Jakarta, dan berdiri sendiri sebagai UNIVERSITAS ATMA JAYA YOGYAKARTA.
uajy.ac.id

niversitas Kristen Duta Wacana (UKDW) didirikan pada tahun 1985 sebagai pengembangan dari Sekolah Tinggi Theologia Duta Wacana yang berdiri sejak 31 Oktober 1962 hasil penggabungan antara Akademi Theologia Jogjakarta dan Sekolah Theologia Bale Wiyata, Malang.
Selanjutnya berkembang hingga sekarang menjadi Universitas Kristen Duta Wacana dengan 5 fakultas dan 13 program studi.
ukdw.ac.id

Periode ini dimulai dengan Penegerian Fakultas Agama Universitas Islam Indonesia (UII) menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAIN) yang diatur dengan Peraturan Presiden Nomor 34 Tahun 1950 Tanggal 14 Agustus 1950 dan Peresmian PTAIN pada tanggal 26 September 1951. Pada Periode ini, terjadi pula peleburan PTAIN (didirikan berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 34 Tahun 1950) dan ADIA (didirikan berdasarkan Penetapan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 1957) dengan diterbitkannya Peraturan Presiden Nomor 11 Tahun 1960 Tanggal 9 Mei 1960 tentang Pembentukan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) dengan nama Al-Jami’ah al-Islamiyah al-Hukumiyah.
uin-suka.ac.id

Ide untuk mendirikan Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG) oleh Prof. Moh. Yamin, S.H. (Menteri Pendidikan, Pengajaran, dan Kebudayaan RI) pada tahun 1950-an disambut baik oleh para imam Katolik, terutama Ordo Societas Jesus (Serikat Yesus yang lazim disingkat S.J.). Waktu itu Ordo ini telah membuka kursus-kursus B1, antara lain B1 Mendidik (Yayasan De Britto) di Yogyakarta yang dikelola oleh Pater H. Loeff, S.J. dan B1 Bahasa Inggris (Yayasan Loyola) di Semarang yang dikelola oleh pater W.J. Van der Meulen, S.J. dan Pater H. Bastiaanse, S.J. Dengan dukungan dari Conggregatio de Propaganda Fide, selanjutnya Pater Kester yang waktu itu menjabat sebagai Superior Misionaris Serikat Yesus menggabungkan kursus-kursus ini menjadi sebuah perguruan tinggi dan lahirlah PTPG Sanata Dharma pada tanggal 20 Oktober 1955 dan diresmikan oleh pemerintah pada tanggal 17 Desember 1955
usd.ac.id

nstitut Seni Indonesia Yogyakrata atau dikenal dengan ISI Jogja adalah sebuah lembaga pendidikan tinggi seni negeri yang berstatus perguruan tinggi penuh, dan memiliki kewenangan untuk menyelenggarakan pendidikan sampai ke jenjang tertinggi dan merupakan perguruan tinggi seni terbesar & terbaik di Indonesia. ISI Jogja dibentuk atas Keputusan Presiden RI No: 39/1984 tanggal 30 Mei 1984, dan diresmikan berdirinya oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Prof. Dr. Nugroho Notosusanto, pada tanggal 23 Juli 1984.
isi.ac.id