1. Dana Kakaban

Danau Kakaban terletak di tengah Pulau Kakaban, Berau, Kalimantan Timur. Danau ini merupakan danau prasejarah dengan air laut yang terperangkap di dalamnya sejak 2 juta tahun silam. Danau Kakaban sangat unik karena merupakan danau air payau dengan biota yang mengalami evolusi selama puluhan ribu tahun sehingga memiliki sifat dan tampilan fisik yang berbeda dengan spesies sejenisnya di laut. Di dalam Danau Kakaban tersebut terdapat ratusan ubur-ubur yang tidak menyengat. Selain itu terdapat berbagai jenis hewan yang hanya terdapat di danau itu.

2. Danau Labuan Cermin

Danau Labuan Cermin, terletak di Desa Biduk-Biduk, Kabupaten Berau, Kalimantan Timur. Danau ini sangat unik karena merupakan campuran antara danau air tawar dan air asin. Danau ini di permukannya merupakan air tawar sementara di dasarnya terdapat aliran air asin. Anehnya, kedua jenis air ini tidak tercampur. Adanya dua jenis air di danau ini membuat kita bisa menemukan Ikan air tawar yang hidup di permukaan sedangkan di bagian bawahnya ada ikan-ikan yang sering di jumpai di laut. Danau ini diberi nama Labuan Cermin karena airnya jernih sekali sehingga kita bisa bercermin di atasnya.

3. Danau Kelimutu

Danau Kelimutu teletak di puncak Taman Nasional Kelimutu,Pulau Flores, Provinsi NTT. Danau Kelimutu ini terdiri dari 3 danau yang masing-masing punya warna yang berbeda-beda. Danau Kelimutu merupakan satu-satunya danau di dunia yang airnya dapat berubah sendiri warnanya setiap saat. Terkadang air danau Kelimutu berubah jadi cokelat, kehitaman, hingga kekuningan.

4. Danau Merah Pagaralam

Danau merah terletak di sekitar perbukitan Raje Mandare perbatasan antara Kota Pagaralam dan Kaur, Provinsi Bengkulu. Keunikan danau ini karena permukaan air berwarna merah seperti darah. Anehnya, meskipun dilihat dari permukaan berwarna merah, tapi ketika air diambil menggunakan tangan dan diangkat ke permukaan, justru warnanya bening seperti biasa.

5. Danau Satonda

Danau Satonda terletak di tengah pulau Satonda, Dompu, NTB. Danau ini mempunyai keunikan karena kadar garam air danau ini lebih tinggi daripada kadar garam air laut. Danau ini juga unik karena memiliki lingkungan yang menyerupai lautan purba ditandai dengan adanya stromatolit di Satonda. Stromalit merupakan bakteri yang hidup dalam lingkungan ekstrem yang muncul pada Zaman Kambrium. Danau satonda menjadi satu-satunya tempat di bumi ini yang sempurna bagi stromatolit ini untuk berkembang pada masa ini.

6. Danau Toba

Danau Toba adalah sebuah danau vulkanik dengan ukuran panjang 100 kilometer dan lebar 30 kilometer yang terletak di Provinsi Sumatera Utara, Indonesia. Danau ini merupakan danau terbesar di Indonesia dan Asia Tenggara. Di tengah danau ini terdapat sebuah pulau vulkanik bernama Pulau Samosir. Danau Toba sejak lama menjadi daerah tujuan wisata penting di Sumatera Utara selain Bukit Lawang, Berastagi dan Nias, menarik wisatawan domestik maupun mancanegara.

Diperkirakan Danau Toba terjadi saat ledakan sekitar 73.000-75.000 tahun yang lalu dan merupakan letusan supervolcano (gunung berapi super) yang paling baru. Bill Rose dan Craig Chesner dari Michigan Technological University memperkirakan bahwa bahan-bahan vulkanik yang dimuntahkan gunung itu sebanyak 2.800 km³, dengan 800 km³ batuan ignimbrit dan 2.000 km³ abu vulkanik yang diperkirakan tertiup angin ke barat selama 2 minggu. Debu vulkanik yang ditiup angin telah menyebar ke separuh bumi, dari Cina sampai ke Afrika Selatan. Letusannya terjadi selama 1 minggu dan lontaran debunya mencapai 10 km di atas permukaan laut.