Permainan Harvest Moon Back to Nature memiliki alur cerita berupa kehidupan seorang pemuda yang kembali ke desa Mineral Village, yaitu suatu desa yang dahulu ditempati kakeknya. Bertahun-tahun lalu, karakter utama, Jack, datang ke kebun kakeknya ketika musim panas. Namun, Kakeknya terlalu sibuk mengurusi perkebunan sehingga tidak sempat mengurusi Jack. Maka Jack dapat berjalan-jalan bebas di desa itu. Jack lalu berkenalan dengan seorang gadis kecil yang seusia dengannya, lalu mereka pun berteman dekat.
Ketika musim panas usai, Jack pun harus kembali ke kota, tapi dia berjanji kepada gadis kecil itu kalau ia akan kembali suatu hari nanti. Ketika kakek Jack meninggal beberapa tahun lalu, Jack telah tumbuh menjadi seorang pemuda, maka dia kembali ke desa itu untuk mengambil alih perkebunan tersebut. Namun, perkebunan tersebut telah menjadi kacau balau.
Walikota (mayor) desa tersebut berkata kepada Jack bahwa ia bisa menjadi pemilik tetap apabila ia bisa mengembalikan kebun itu kembali seperti semula. Tapi jika Jack gagal memperbaiki perkebunan itu atau tidak bisa bersahabat dengan penduduk desa maka Jack harus pergi dari desa itu. Jack diberi waktu 3 tahun untuk mengembalikan kebun kakeknya menjadi baik seperti semula.
Permainan ini memiliki 4 musim dalam satu tahun. Setiap musim terdapat festival yang diselenggarakan dan dihadiri oleh seluruh warga desa. Jack dapat berpartisipasi dalam festival tersebut. Hal ini akan menambah tingkat sosialisasi dengan warga desa. Bila memenangi festival tersebut maka akan ada hadiah yang diberikan. Semakin berganti waktu dan musim akan semakin banyak pula kejadian-kejadian tak terduga yang terjadi. Setiap kejadian tersebut, kita diberikan pilihan yang berbeda. Apapun yang kita pilih akan menghasilkan kejadian yang berbeda pula.
Di akhir tahun ke-3, permainan kita akan dinilai. Bila kita memiliki banyak teman maka Jack akan diizinkan untuk tinggal didesa tersebut oleh penduduk desa, bila kita tidak melakukannya dengan baik maka kita akan diusir dari desa tersebut dan permainan selesai.