PT Tiki Jalur Nugraha Ekakurir didirikan pada tanggal 26 November 1990 oleh Soeprapto Suparno. Perusahaan ini dirintis sebagai sebuah divisi dari PT Citra van Titipan Kilat (TiKi) yang bergerak dalam bidang jasa kurir internasional.

Dengan delapan orang dan kapital 100 juta rupiah JNE memulai kegiatan usahanya yang terpusat pada penanganan kegiatan kepabeanan, impor kiriman barang, dokumen serta pengantaranya dari luar negeri ke Indonesia.

Pada tahun 1991, JNE memperluas jaringan internasional dengan bergabung sebagai anggota asosiasi perusahaan-perusahaan kurir beberapa negara Asia (ACCA) yang bermakas di Hong Kong yang kemudian memberi kesempatan kepada JNE untuk mengembangkan wilayah antaran sampai ke seluruh dunia.

Karena persaingannya di pasar domestik, JNE juga memusatkan memperluas jaringan domestik. Dengan jaringan domestiknya TiKi dan namanya, JNE mendapat keuntungan persaingan dalam pasar domestik. JNE juga memperluas pelayanannya dengan logistik dan distribusi.

Selama setahun-tahun TiKi dan JNE berkembang dan menjadi dua perusahaan yang punya arah diri sendiri. Karena ini dua-duanya perusahaan menjadi saingan. Akhirnya JNE menjadi perusahaan diri sendiri dengan manajemen diri sendiri. JNE menlancar logo sendiri dan membedakan dari TiKi.

JNE juga membeli gedung-gedung pada tahun 2002 dan mendirikan JNE Operations Sorting Center. Kemudian gedungnya untuk pusat kantor JNE juga dibelikan dan didirikan pada tahun 2004. Dua-duanya berada di Jakarta.