Seorang profesor berusaha menciptakan pokemon kloningan dengan mengklon DNA dari Mew. Terciptalah seekor pokemon baru yang diberi nama Mewtwo. Mewtwo mengetahui bahwa dirinya hanyalah seekor pokemon percobaan, sehingga Mewtwo mengamuk dan menghancurkan laboratorium. Giovanni pun menawarkan bantuan kepada mewtwo sehingga mewtwo mampu memaksimalkan kekuatannya. Mewtwo yang sudah bisa memaksimalkan kekuatannya tidak mau berada dalam kekuasaan Giovanni. Mewtwo pun menghancurkan markas Giovanni.

Mewtwo menculik Suster Pokemon Center dan mengirim undangan kepada trainer2 hebat ke new island. Mewtwo menguji para trainer dengan badai. Akhirnya hanya 3 trainer yang berhasil sampai ke New Island. Setelah itu Ash, Brock, dan Misty pun tiba di New Island. Mewtwo akhirnya menunjukkan diri dan memamerkan kekuatannya dengan mengalahkan gyarados dan Rhyhorn dengan pyschic powernya. Mewtwo juga menunjukkan 3 pokemon starter hasil kloningan yaitu Venasaur, Blastoise, dan Charizard dan menantang Ash dan dua trainer lainnya yang memiliki blastoise dan Venasaur untuk bertarung dengan hasil klon. Trio Starter Kloningan berhasil mengalahkan Trio starter asli. Karena menang, Mewtwo menangkap semua pokemon milik trainer untuk di klon. Pikachu pun akhirnya tertangkap dan ash mengejar hingga ke mesin klon. setelah mesin mengklon semua pokemon, ash berhasil merebut pikachu dan merusak mesin klon. Mewtwo pun menunjukkan semua pokemon hasil klon, namun Ash dan pokemon asli juga ikut muncul untuk menghalangi niat jahat mewtwo.

Ash berlari dan ingin memukul Mewtwo tapi Mewtwo mementalkan Ash ke udara. Ash yang hampir menabrak bangunan diselamatkan oleh mew. Mewtwo menantang Mew untuk menunjukkan siapa yang lebih hebat. Pertarungan antara pokemon dan hasil kloningan pun bertarung tanpa ada yang mengalah. Mew dan Mewtwo juga bertarung Hebat. Ash yang melihat pertarungan sadis tersebut berusaha melerai Mew dan Mewtwo. Ash pun terperangkap dalam serangan antara Mew dan Mewtwo. Ash menjadi batu. Pikachu mencoba membangunkan Ash tetapi gagal. Usaha pikachu membuat semua pokemon termasuk kloningan merasa terharu dan akhirnya air mata semua pokemon mampu membangunkan Ash. Akhirnya Ash dan yang lainnya dikembalikan ke pokemon center dan Mewtwo beserta Kloningan pergi dengan damai.

Meowth bertemu dengan kloningannya, dan hendak bertarung. Tapi mereka mengurungkan niatnya. di sinilah terjadi percakapan yang luar biasa(meowth klon cuma bisa bilang meow)

Mewtwo dan Mew saling melepas serangan. Ash pun berlari ke tengah-tengah untuk melerai. Namun Ash malah terkena serangan mew dan Mewtwo. Ash pun berubah menjadi batu. Namun, air mata para pokemon membangunkan Ash. Mewtwo heran dengan aksi Ash. sumpah gan, ane terharu liat scene ini.