Tobi adalah hasil manipulasi DNA yang dibuat oleh uchiha Madara untuk melanjutkan visi Madara sesaat sebelum madara tewas.
Madara membuat manipulasi yang kini kita lihat sebagai Tobi.
Dan Tobi ini adalah orang kepercayaan Madara.

ketika dulu Hashirama dan Madara bertarung d'Lembah Kematian, Madara ketika itu hampir mati ( sekarat ) sedangkan Hashirama mungkin saat itu juga sedang sekarat karena kehabisan chakra. setelah Madara membuat Manipulasi DNA yg bernama Tobi, Tobi mengambil sedikit DNA hashirama ( bisa melalui rambut, darah, kulit, dll ) dari sisa pertarungan di lembah kematian untuk d'bawa ke tempat rahasia yang hanya diketahui Madara & Tobi. Sesampainya di'sana Tobi lalu menggunakan keahlian Ninja Medisnya untuk menyembuhkan luka Madara ( bukti bahwa Tobi bisa mempunyai keahlian Ninja Medis saat dia mentranspilasikan Mata Rinnegan Nagato ke matanya sendiri ). Setelah Madara sembuh, Madara mengetahui bahwa umurnya tidak akan lama lagi, lalu Tobi diajarkan Oleh madara & d'pelajarinya prasasti klan uchiha ( ditempat rahasia klan uchiha ) untuk mencari cara untuk mengaktifkan rinnegan menggunakan EMS ( karena kata Madara dgn menggunakan EMS dapat membaca 3/4 batu prasasti tulisan Rikudou Sennin ). Kemungkinan setelah Madara mengetahui cara mendapatkan rinnegan lalu ia mengambil beberapa sampel DNA Hashirama yg didapatkan Tobi itu untuk mengaktifkan Rinnegan. Akhirnya setelah bisa menguasai Rinnegan ia pun membuat Zetsu dari hasil sisa sampel DNA Hashirama juga... Jadilah 1 Manipulasi Lagi yaitu Zetsu..... (Bukti Tobi dapat memanipulasi DNA dan menciptakan Zetsu dapat dilihat Pada Video 254 dimana Tobi menunjukkan Kabuto ciptaannya berupa 100.000 Ribu Zetsu putih).
Dan itulah mengapa Zetsu bisa menggunakan teknik Mokuton (karena DNA Hashirama / element kayu)...

Setelah beberapa lama Madara pun berlatih menggunakan Rinnegan dan ia juga menyadari bahwa kekuatan Rinnegan membuat umurnya bertambah pendek. Dan saat itu Madara juga yakin kalau umurnya tidak akan bisa bertahan lebih lama setelah menggunakan Rinnegan selain itu mungkin Madara mengakui kehebatan Hashirama sehingga dia ingin menunggu Hashirama mati dulu baru menjalankan visi & misinya. Akhirnya Madara memutuskan untuk mencari '' wadah baru '' untuk pengguna Rinnegan. Lama mencari namun tak ada yg cocok lambat laun Madara pun wafat akibat penggunaan Rinnegan yg berlebihan.

Sebelum Madara wafat ia pun menyampaikan Visi & Misinya dan memberitahukan kepada Tobi untuk mencari wadah baru untuknya, Dan ketika wadah baru tersebut sudah bisa menguasai rinnegan dgn sempurna maka gunakanlah jutsu Rinne Tensei ( dalam kasus ini untuk menghidupkan 1 org = Madara Uchiha) dan menunggu era Hashirama berakhir agar lebih leluasa menjalankan visi & misinya. Tobi yg notabenya sangat loyal pada tuannya itu pun mulai menjalankan Amanat dari Madara,.
Puluhan tahun Tobi mencari namun tak ada yg cocok sebagai wadah baru tersebut. Akhirnya ditemukannya seorang bayi dari klan Uzumaki yaitu Nagato ( mengapa klan Uzumaki yg d'pilih, karna slain mempunyai chakra yg cukup besar untuk menguasai Rinnegan). Ketika Tobi sudah menemukan wadah baru dia pun mentranspilasikan Mata Rinnegan Madara ke Nagato ( pada saat itu Madara mungkin masih hidup dengan bantuan sel Hashirama yg membuatnya awet muda ). Akibat dari transpilasi mata itu Madara pun meninggal dunia sambil menunggu d'ibangkitkan melalui Rinne Tensei saat era Hashirama telah berakhir. Itulah mengapa Rinnegan Nagato kecil permanen alias tidak bisa d'non-aktifkan seperti punya Madara ET..

Ketika Nagato sudah menguasai Rinnegan dengan sempurna entah mengapa Tobi tidak langsung menyuruh Nagato untuk membangkitkan Madara. Malah Tobi sendiri mengambil Mata Rinnegan Nagato dengan masih menyamar menjadi Madara. Oleh karna itu dia pernah bilang bahwa dia hanya ingin mengambil matanya yg dititipkan pada Nagato ( padahal itu mata rinnegan Madara yg dititipkan ke Nagato )..

Setelah mendeklarasikan perang dengan 5 negara shinobi, Kabuto yg sudah merencanakan sesuatu pun bernegosiasi dengan Tobi ( tujuan Kabuto adalah untuk mengambil tubuh Sasuke ). Tobi pun menolak mentah2 tawaran Kabuto, tapi Kabuto ternyata telah mempersiapkan kartu AS nya dan di dalam peti Edo Tensei itu adalah Mayat dari MADARA YANG ASLI.

_--- Itulah mengapa Tobi ketakutan saat melihat Madara yg asli karena amanat Madara Tidak d'jalankan dengan baik oleh Tobi shg Tobi ketakutan jika Madara Menyerang Tobi nantinya. Dan keika Madara bangkit dia pertama kali menyebutkan nama Nagato karena dia mengira dia d'bangkitkan oleh Nagato. Padahal yg membangkitkannya adalah Kabuto.. dengan menggunakan Edo Tensei. Madara yg merasakan keanehan pun menanyakan pada Muu ( ketika bangkit Muu berada d'dekat Madara ).. siapa yg membangkitkannya. Kabuto melalui perantara Muu lalu kurang lebih menjawab bahwa Kabuto lah yg membangkitkan Madara menggunakan Edo Tensei.

Jadi Tobi bukan Uchiha Madara apalagi Uchiha Obito dan uchiha Lainnya.