Kepulauan Raja Ampat terletak di Provinsi Papua dan terdiri dari 1.500 pulau kecil yang mengelilingi empat pulau besar, yakni Misool, Salawati, Batanta, dan Waigeo. Kepulauan Raja Ampat memiliki Tanjung Cenderawasih, yang merupakan taman laut terbesar di Indonesia

Pulau Ambon merupakan pulau yang terletak di Kepulauan Maluku, di selatan Pulau Seram. Sebagian pulau ditutupi hutan hujan dan merupakan bagian dari eko-region hutan hujan Seram. Pulau Ambon mempunyai beragam spesies mamalia dan burung, serta kaya akan ragam spesies serangga, terutama kupu-kupu. Ambon juga merupakan salah satu lokasi penyelaman favorit di Indonesia, meskipun arus perairannya cukup kencang dan deras.

Pulau Bacan adalah sebuah pulau yang terdapat di Kepulauan Maluku tepatnya di sebelah barat daya Pulau Halmahera. Secara administratif, Pulau Bacan masuk ke dalam wilayah Kabupaten Halmahera Selatan Provinsi Maluku Utara.

Bunaken adalah sebuah pulau seluas 8,08 km² di Teluk Manado, yang terletak di utara pulau Sulawesi, Indonesia. Pulau ini merupakan bagian dari Kota Manado, Ibu Kota Provinsi Sulawesi Utara, Indonesia. Di sekitar Pulau Bunaken terdapat Taman Laut Bunaken yang merupakan bagian dari Taman Nasional Bunaken.

Rinca, sebuah pulau kecil yang terletak di dekat Pulau Komodo merupakan bagian dari kepulauan di Nusa Tenggara Timur. Pulau Rinca juga memiliki populasi komodo, tapi tidak sebanyak di Pulau Komodo. Namun karena itulah, pulau ini merupakan tempat tepat melihat komodo di habitat aslinya tanpa terganggu banyak orang yang sudah ramai di Pulau Komodo.

Pulau Moyo terletak di mulut Tanjung Saleh, sebelah utara Pulau Sumbawa, Nusa Tenggara Barat. Pulau ini memiliki cagar alam Taman Nasional Pulau Moyo yang berada beberapa kilometer dari pantai utara, dikelilingi terumbu karang cantik, serta habitat untuk babi hutan, biawak berikut 21 jenis kelelawar, rusa liar, terdapat juga kelompok kera pemakan kepiting, sapi liar, rusa, babi hutan dan berbagai macam spesies burung, ikan hiu dan kura-kura. Pulau yang dikelilingi terumbu karang di bawah laut ini sebaiknya dikunjungi saat musim kemarau antara Juni hingga Agustus.

Bangka adalah sebuah pulau di sebelah timur Pulau Sumatra yang dipisahkan oleh Selat Bangka. Pulau ini bersama Pulau Belitung membentuk sebuah provinsi kepulauan. Kebanyakan pulau terdiri dari dataran rendah, rawa-rawa, bukit-bukit kecil, pantai berpasir putih, kebun merica, dan tambang timah.

Mayoritas pengunjung Pulau Nias adalah para peselancar. Pulau Nias dihuni mayoritas suku Nias yang sebagian besarnya masih menganut budaya megalitik. Nias terkenal dengan festial rakyatnya yang beragam, salah satunya Tarian Perang yang kerap dipertunjukkan terutama saat banyak wisatawan mengunjungi kepulauan ini.

Pulau Komodo adalah sebuah pulau yang terletak di Kepulauan Nusa Tenggara. Pulau Komodo dikenal sebagai habitat asli hewan komodo. Pulau ini juga merupakan kawasan Taman Nasional Komodo yang dikelola oleh Pemerintah Pusat. Pulau Komodo berada di sebelah timur Pulau Sumbawa, yang dipisahkan oleh Selat Sape.