1. Perebutan perbatasan/wilayah
2. Masalah TKI
3. Pengklaiman Tradisi/warisan budaya

Beberapa pengamat hubungan internasional berpendapat bahwa konflik yang terjadi merupakan hasil dari beberapa tunggangan sekelompok orang yang merasa diuntungkan dengan adanya konflik diantara kedua negara.
Ane juga menduga adanya pihak asing memicu konflik Indonesia-Malaysia.
Banyak pihak pula menyayangkan mengapa negara yang bertetangga ini sering sekali bersitegang padahal secara historis latar belakang indonesia-malaysia bagaikan saudara sedarah.