Kontroversi dan dugaan pelanggaran HAM[sunting | sunting sumber]

Pada tahun 1983, Prabowo disinyalir pernah mencoba melakukan upaya penculikan sejumlah petinggi militer, termasuk Jendral LB Moerdani yang diduga hendak melakukan kudeta terhadap Presiden Soeharto [10], namun upaya ini digagalkan oleh Mayor Luhut Panjaitan, Komandan Den 81/Antiteror[11]. Prabowo sendiri adalah wakil Luhut saat itu.
Prabowo juga diduga terlibat dalam peristiwa pembantaian Kraras yang terjadi pada tahun 1983 di Timor Timur.[12][13] Namun Prabowo membantah tuduhan ini, ia meyakini bahwa tuduhan tersebut adalah tuduhan tak berdasar dan merupakan kampanye yang dilakukan oleh barisan orang korup di Indonesia mengenai pencalonan dirinya sebagai Presiden dalam Pemilihan umum Presiden Indonesia 2014.[14]
Pada tahun 1997, Prabowo juga dituduh sebagai salah satu dalang penculikan terhadap sejumlah aktivis pro-Reformasi[15] menjelang Pemilihan Umum tahun 1997 dan Sidang Umum Majelis Permusyawaratan Rakyat tahun 1998. Prabowo sendiri mengakui memerintahkan Tim Mawar untuk melakukan penangkapan kepada sembilan orang aktivis sesuai perintah atasan dan menganggapnya sebagai tindakan yang benar dalam pandangan rezim saat itu.[16] Namun demikian, Prabowo belum diadili atas kasus tersebut walau sebagian anggota Tim Mawar sudah dijebloskan ke penjara.[17]
Pada Mei 1998, menurut kesaksian Presiden Habibie dan purnawirawan Sintong Panjaitan[18], Prabowo melakukan insubordinasi dan berupaya menggerakkan tentara ke Jakarta dan sekitar kediaman Habibie untuk kudeta. Karena insubordinasi tersebut ia diberhentikan dari posisinya sebagai Panglima Kostrad oleh Wiranto atas instruksi Habibie.
Masalah utama dari kesaksian Habibie ialah bahwa sebenarnya, pasukan-pasukan yang mengawal rumahnya adalah atas perintah Wiranto, bukan Prabowo. Pada briefing komando tanggal 14 Mei 1998, panglima ABRI mengarahkan Kopassus mengawal rumah-rumah presiden dan wakil presiden. Perintah-perintah ini diperkuat secara tertulis pada tanggal 17 Mei 1998 kepada komandan-komandan senior, termasuk Sjafrie Sjamsoeddin, Pangdam Jaya pada waktu itu.[rujukan?]
Prabowo yakin ia bisa saja melancarkan kudeta pada hari-hari kerusuhan di bulan Mei itu. Tetapi yang penting baginya ia tidak melakukannya. “Keputusan mempercepat pensiun saya adalah sah,” katanya. “Saya tahu, banyak di antara prajurit saya akan melakukan apa yang saya perintahkan. Tetapi saya tidak mau mereka mati berjuang demi jabatan saya. Saya ingin menunjukkan bahwa saya menempatkan kebaikan bagi negeri saya dan rakyat di atas posisi saya sendiri. Saya adalah seorang prajurit yang setia. Setia kepada negara, setia kepada republik”[19].