Selain stasiun, pada masa lalu dikenal juga stasiun kecil atau bisa juga disebut halte kereta api yang memiliki fungsi nyaris sama dengan stasiun kereta api. Untuk daerah/kota yang baru dibangun mungkin stasiun portabel dapat dipergunakan sebagai halte kereta. Pada umumnya, stasiun kecil memiliki tiga jalur rel kereta api yang menyatu pada ujung-ujungnya. Penyatuan jalur-jalur tersebut diatur dengan alat pemindah jalur yang dikendalikan dari ruang PPKA. Selain sebagai tempat pemberhentian kereta api, stasiun juga berfungsi bila terjadi persimpangan antar kereta api sementara jalur lainnya digunakan untuk keperluan cadangan dan langsir.

Pada stasiun besar, umumnya memiliki lebih dari 4 jalur yang juga berguna untuk keperluan langsir. Pada halte umumnya tidak diberi jalur tambahan serta percabangan. Pada masa lalu, setiap stasiun memiliki pompa dan tangki air serta jembatan putar yang dibutuhkan pada masa kereta api masih ditarik oleh lokomotif uap.

Karena keberadaan stasiun kereta api umumnya bersamaan dengan keberadaan sarana kereta api di Indonesia yang dibangun pada masa zaman Belanda, maka kebanyakan stasiun kereta api merupakan bangunan lama yang dibangun pada masa itu. Sebagian direstorasi dan diperluas, sedangkan sebagian yang lain ditetapkan sebagai bangunan cagar budaya. Kebanyakan kota besar, kota kabupaten, dan bahkan kecamatan di Jawa dihubungkan dengan jalur kereta api sehingga di kota-kota tersebut selalu dilengkapi dengan stasiun kereta api.

Pada zaman Belanda, jalur rel selalu bermuara di Pelabuhan (Tj. Priok dan Tj. Perak, Belawan) karena dimaksudkan lebih utama mengangkut hasil bumi. Sedangkan stasiun kecil di pedalaman merupakan pusat pengumpul hasil bumi. Sekarang kereta api lebih diutamakan untuk angkutan penumpang

Peron adalah tempat naik-turun para penumpang di stasiun, jadi peron adalah lantai pelataran tempat para penumpang naik-turun dan jalur rel melintas di stasiun. Sekarang ada dua macam konstruksi lantai peron, yaitu yang dibuat sebelum Perang Dunia II umumnya dengan lantai rendah, memang pada waktu itu belum ada pemikiran peron tinggi yang memudahkan para penumpang naik-turun kereta. Sedangkan bentuk kedua adalah yang dibangun setelah Proklamasi umumnya dengan lantai modifikasi yang ditinggikan. Di beberapa stasiun seperti stasiun Tanah Abang, seperti halnya kebanyakan stasiun kereta di Jepang, para penumpang tidak dapat menyeberang jalur begitu saja, melainkan harus melalui jembatan penyeberangan.

Kereta buatan sebelum tahun 1920 umumnya mempunyai tangga untuk turun ke bawah. Sedangkan kereta buatan sebelum tahun 1941 mempunyai tangga di dalam. Karena pada umumnya stasiun didirikan sebelum Perang Dunia II, maka lantai peron sama dengan lantai stasiun. Akibatnya para penumpang akan sulit turun-naik dari peron lama yang rendah, sedangkan kereta yang beroperasi kini pada umumnya dibuat setelah tahun 1965 yang berlantai dengan tangga yang tinggi. Pada peron lama, para penumpang dengan leluasa menyeberang dan melintas jalur rel, dan hal ini sangat berbahaya sekali bahwa para penumpang menjadi berbaur dengan kereta api.

Sebagian dari peron lama kemudian dilakukan penyesuaian tinggi dengan kereta yang baru. Akibatnya terlihat ada dua ketinggian peron dewasa ini di stasiun besar, hal ini karena PT KAI ingin memberi pelayanan yang baik. Pada umumnya peron tinggi dimaksudkan untuk melayani para penumpang kelas Bisnis dan Eksekuif. Sedangkan stasiun yang melayani kelas ekonomi tidak terdapat peron tinggi.